まだkernel再構築はしていません。
　あのあといろいろやってみましたが、どうやらプライマリ、セカンダリともマスター側のHDDだけを接続した状態なら問題なく認識するようです。スレーブ側をつなぐと両方とも認識しなくなります。

　起動時に出るエラーはこんな感じ。

hde: set_drive_sppeed_status : status=0xff { Busy }
hde: drive not ready for commant

　新しくHDDを付け足す方法によるとbootパラメーターでIDEカードのI/Oportアドレスを指定しないといけないようなのでやってみました。

　cat /proc/pci してATA133カードのI/Oportアドレスは以下のとおりだったので

    Bus 0, device 18, function 0:
        Unknown mass storage controller: Promise Technology, Inc. 20269 (rev 2).
            IRQ 5.
            Master Capable. Latency=32. Min Gnt=4.Max Lat=18.
            I/O at 0xd400 [0xd407].
            I/O at 0xd800 [0xd803].
            I/O at 0xdc00 [0xdc07].
            I/O at 0xe000 [0xe003].
            I/O at 0xe400 [0xe40f].
            Non-prefetchable 32 bit memory at 0xe0120000 [0xe0123fff].

　/etc/lilo.conf に次のように追加しました。

append ="ide2=0xd400,0xd802 ide3=0xdc00,0xe002"

・・・が、状況かわらずです。
　やっぱりkernel再構築かあ