新薬開発にスパコン「京」を活用。新薬開発競争を優位に 52
ストーリー by hylom
速ければ速いほど良い 部門より
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あるAnonymous Coward 曰く、
新薬開発にスパコン「京」が使われるとのこと。うまく行けばこれまで3年半かかっていた新薬候補の絞り込みを半年程度に短縮できるという（産経MSNニュース）。
新薬開発において臨床試験には一定の期間が必要であるため、研究開始から発売まで10～20年弱必要とされている。このため、有望な新薬候補を絞り込む段階の期間短縮が早期の新薬投入のカギを握るが、これまでは病気に関連するタンパク質と化合物を反応させる実験を手作業で繰り返し、新薬候補を選んでいたため選定に時間がかかっていた。
今回、スパコン「京」を利用する大日本住友製薬は、すでに社内のコンピューターを使ったバーチャル（仮想現実）実験で、新薬候補の絞り込み期間短縮を図ってきた。しかし、薬効を正確に評価するには、1日に1タンパク質に対して1化合物を解析するのが限界だったという。これに対し、京を使用すれば、1日に100化合物以上の解析ができるようになる。低迷する日本の新薬開発だが、これにより海外勢に対して優位に立つことができるとしている。
道具は使ってなんぼ (スコア:2, すばらしい洞察)
先端最高性能！世界一！！というものはいろいろあるけど、
そのまま使用できないものの方が多いような。
京の場合は(記録的には2位になった)、実物をつかってその恩恵を受けられるんですね。
道具は実用してなんぼ…だよなぁ。
Re:道具は使ってなんぼ (スコア:2, 参考になる)
> 道具は実用してなんぼ…だよなぁ。
というわけで利用案内 [hpci-office.jp]。
「京」以外にも、旧帝大を中心とする各大学に設置されているスパコンの利用もできるようです。
ただし、申請→審査があるのでなんでもかんでもというわけにはいきません。
が、学問的・産業的に意味があることならリソースが空いていれば認められるんじゃないでしょうか？
Re: (スコア:0)
でもどうせ全ノード使ってぶん回すわけでなし、スパコン一般の恩恵ではあっても京の恩恵かどうか……
Re: (スコア:0)
それでもたかだか2倍違えば全然違うんでないかい？
採算が合えば、商用になるわけだし、最初に採算があったところが商用化できるわけだ。
Re: (スコア:0)
京の半分の能力のスパコンを2台揃えるのは京を1台揃えるより安いはずですが。
Re:道具は使ってなんぼ (スコア:2)
少なくとも、これまでの実績からすると、およそ10年後に京の250倍以上の能力、20年後に京の60000倍以上の能力に増強しないといけないよ。
10年落ちを1/200の値段で200台買ったとして、それの運用チームの採算はとれて、そのような人材を10年以内に育成することはできるのかな？
20年落ちを1/60000で買って、、、
「発売後1年以内は自国で使います,1年たったら半額で売ります」って言われたらコスト負け。少なくとも1年落ちを半分よりずっと安く手に入れ続けないといけない。
競争をやめてライバルが独占しても、その程度の価格決定力を維持できるのかな？
Re:道具は使ってなんぼ (スコア:2)
24時間、フルに廻し続けるのは、どんなシステムでもムリ。
京の半分の能力しか使っていないからといって、半分の能力のスパコンに乗り換えたとしても、24時間、フルに廻し続けるのはやっぱり、ムリでしょ。
いや、少しでも効率よく運用する努力を否定するものではないし、高価なものなんだから、元が取れるかよく検討する必要はあると思うが。
Re: (スコア:0)
> 24時間、フルに廻し続けるのは、どんなシステムでもムリ。
じゃあやっぱり京1台より1/10能力の京を10台揃えた方がいいってことじゃん。
Re: (スコア:0)
京の半分の能力のスパコン2台と京1台の能力が釣り合うの？
Re: (スコア:0)
Re: (スコア:0)
キミの頭の中の京はどんな構成のスパコンなんだ？
Re: (スコア:0)
今なら、とうか京を作っている最中に新しいCPUを富士通が発表していたから
半分のCPUで京と同等の性能は作れるかもね。
でも、京を入れる為の箱（専用のサイエンスパーク）にも多大なお金がかかっているから
スパコンのみ安くなっても、結局周りの利権に群がった人がむさぼった税金はそんなに減らないかも
Re: (スコア:0)
そういう事言うなら、安価なPCを大量に揃えりゃ良いだろう。
京の十万分の1の性能のPCを10万台用意した方が、機械のコストだけ見れば安い
Re:道具は使ってなんぼ (スコア:1)
> 京の十万分の1の性能のPCを10万台用意した方が、機械のコストだけ見れば安い
実際やったら実効性能が0近くまで落ちて全く使い物にならないんだけどね。
TomOne
Re: (スコア:0)
Re: (スコア:0)
全ノード使ってぶん回すこともできる。
ってのが重要なんですよ。
1/2京が二台では1/2京以上の仕事は絶対にできないので。
Re: (スコア:0)
それは飽く迄単位時間当たり。
自社専有でない限り、待ちが発生したり共用によるパフォーマンスダウンが発生したりする事を考えると、単純には良いとも言えない。
だからこそ、大企業は自社でスパコンを手配している訳で。
今回の話にしても、要望を持った製薬会社が複数社いたらどうなるんだか？って事に。
関連のお役所に覚え目出度い企業ばかりが優遇されるってのでは、納得しない所も多々あろう。
かといって平等化すればそれはそれで意味が薄れる。
Re: (スコア:0)
スパコン世界一という称号あればいいのなら目的は達成していますが。
Re: (スコア:0)
実際に金にうるさい民間企業が高い京を使わせろと言ってきているのに、それでも京は高すぎる俺のほうが正しいって、いったいどういう神経してるんですかねえ
Re: (スコア:0)
金にうるさい民間企業だから国にせびって高い京を作らせたのだと思うのだが。
それともあれって利用料だけでペイできるの？
Re: (スコア:0)
それなら十分「国益」には適っていますね
遅い (スコア:2, すばらしい洞察)
今頃にになってこんな話が出てくるのは遅い
もう企業が絡む大方の工学系の分野では京ほどの超高性能のスパコンの必要性は薄れてる
日本で実利に直結するのは創薬ぐらいしかないのは最初から分かってたことなんだから................
Re: (スコア:0)
日本が１番じゃなきゃダメなんですか！
欧米が開発した薬のジェネリックでいいじゃないですか！
というのが今の日本ですが。
Re: (スコア:0)
＞日本で実利に直結するのは創薬ぐらいしかない
住友ゴムがタイヤの設計に使う [impress.co.jp]とか発表してますが実利に直結しないんですかねこれ。あと非公開も相当多いと思いますよ。
昔は少しでも国の援助を得ると公開しなければならなかった。しかし京からは非公開による商用利用の要件が大幅に緩和されてます。
京の宣伝も兼ねて公開してくれる所ばかりでは無いと言う事を知った方がいいですよ。
企業がHPCを使うと言うのはまず間違いなく最先端の戦略技術開発に直結してますから公開されるほうが珍しいです。
リソース余ってんなら (スコア:2)
じゃんじゃん使おうよ
# 使用料とかいろいろあると思うけど、使ってもらって成果が出れば次に繋げやすいと思うんだよね
# なにもしなかったら「計算能力が世界１ってだけでなにも出来ないじゃないですかっ！！」とか言う議員が出てこないとも限らないし
医療系 (スコア:2, 興味深い)
製薬・医療系のシミュレーション利用(たとえばDFT計算)って実際結構あるそうですが、業界の都合あまりマテリアルサイエンス系の学会には情報は降りてこないので、本当のところの現場での利用方法は結構（シミュレーション界隈の）関係者でも不明な事が多いです。無論、まれに製薬系系業界の人が話すときもありますけど。学術的な意味では結構クローズドに感じることが多いです。（業界違いなだけかもしれないが）
で、彼らが、ごついスパコンを利用するようになって何が変わるか？
というのは・・・なんだろ？当然、
1) 計算規模(モデルとして現実に近くなる)
2) 近似の範囲(電子相関とかの近似の範囲をより現実に）
ってのがあると思いますが(2)はきりがないと言いますが、学術的な色彩の方が強いので、現場では(1)かと。で、問題は、ペタコンで何処までリソースを使わせてもらえるかにもよりますが、実際の並列化を考えると、既存のコードを超並列にぶち込んでもたいていは効率も悪くあまり意味もないです。並列の規模が大きくなると全くの別物。特にペタコンのような超並列系はかなりコードに依存する。大規模ならば大規模なりのコードが必要です。
ですが、その手のコードは公開されていても結構その筋の人がコードをいじりながらでないとまともに動かないことも多いですし、意外に一筋縄ではいきません。当然、製薬会社系がその手のコードを開発するわけはあり得なくて、どこかと共同研究になる。製薬会社的には、新薬開発でどこぞの大学と共同研究（しかも発表できない）って・・・なんか、敷居が高そうです。
で、もしくは、既存のコード(商用のコードとか)をつかって今までと似たような計算をする。つまりペタコンの莫大なノード・CPUを細切れにして、そこそこのリソースの計算機がたくさんあるという使い方です。これならば今までの方法論とコードのままで純粋に計算リソースが増えた状態になる。今までより時間が短縮できるというのは何か新しいと言うよりは、こっちの臭いを感じなくもない。
実際安いスパコンを数そろえた方が良いって議論もペタコン仕分けの時には結構あったと思うが、安いスパコンの数打ち作戦の方が有効な計算を・・・わざわざペタコンやるというのには、意味があるようなないような。
「その計算にペタコンを使う意味はあるのか？、今のスパコンで十分に出来る仕事だ」とか怒られそうです。計算時間短縮というよりは「ペタコンでないと出来ない」ことを求められることが多いので。製薬会社が使うとなると宣伝効果があるので、まぁ、その手のしばりは関係ないんだろうが。
いやまぁ、なんかもっと考えているのかもしれませんが。
広告塔って印象がぬぐえないです。
Re:医療系 (スコア:2)
いやぁ、何というか、実際のところ、本当に
> 「ペタコンでないと出来ない」
計算をしようとしている人がどの程度いるのか、っていう疑問もありますよ。ちなみに、この記事における計算は FMO を使ったタンパク質+基質の全原子の HF/DFT 計算というそれなりに規模がでかくて、(この手の計算の中では)並列効率をあげやすい部類に入るモノじゃないかなぁ。個々の計算はまぁそこまで大規模じゃないかも。個々の化合物は独立に計算できるはずなので、1 日に 100 化合物できるなら、別に京じゃなきゃ、ってわけでもないかな。まぁ、使えるだけ使って可能な限り速く結果を出したい、と考えたときには現時点での最善解は京になるかもしれない。
コードについては、審査の段階である程度の効率が見込めないと蹴落とされる、というウワサが聞こえてくるので、
> その筋の人がコードをいじりながら
やってると思います。既存のコードを使う場合でも、それを誰かが京用に直してないと使わせてもらえないと思う…?
あと、薬屋さんは商売やってるんだし、彼らが開発にかけるカネは異常なモノがあるので(当たった時のリターンもすごいが)、クローズドになるのはしょうがないと思う。ていうかオープンにしてたら逆に心配になる。
Re:医療系 (スコア:1)
製薬会社が非臨床試験を開始して、上市に至る割合は、およそ13%です。これをほんの0.13%増加できれば、期待される売上が1割増加します。製薬業界は人件費などに比べて製造原価がめちゃくちゃ低いのが特徴です。製薬業界の研究開発比/売上比率は12%です。上市できた新薬がたかだか1割増えただけで十分時間が立つとこの比率が半減します。
数値計算で勝率がほんの0.13%上昇するなら、会社全体の人件費の3割くらい余計に計算機屋に投資してもよいのです。
Re: (スコア:0)
13%の一割は、1.3%なんだが。
スパコン以前の問題だな。
Re: (スコア:0)
うーん，どっちが正しいかわからないけど，上市に至る割合と売上上昇率は別と考えることも可能だよね．(勝敗が絡むので)
'つーことで，親コメントの回答期待．
勿論，親コメントの計算ミスというのもありますが．
こういうのって、ビジネスと連携できないの？ (スコア:0)
高性能な最新PCやスマホでガチャとか無駄すぎ。
Re:こういうのって、ビジネスと連携できないの？ (スコア:1)
Re: (スコア:0)
UIはガチャで、実は裏で計算させてるとか
それはありかもしれない
ゲームやってる間はずっと動いてて
有効な反応に当たるとレアが出るとか？
Re: (スコア:0)
グリット向けの計算と並列向けの計算って違いますので、
SETIのような分散コンピューティングが役に立つとは限らない。
Re: (スコア:0)
固定回線のPCならともかく、
そろそろ従量制課金が始まろうというスマホに、
分散コンピューティングをやらせるには、
誰が通信費用を持つかという問題があるでしょう。
あれだけ騒いだのに (スコア:0)
誰も使ってくれない。
空き時間が余って仕方ないので海外に激安で使ってもらうという体たらく。
一位じゃないから海外からデータを買うことになる！！！という話だったが、一位を取ったのに海外にデータを売ったという話もない。
スパコンで新薬開発が加速するといっていたが、この一件だけで成果にするつもりなのか・・・・。
Re:あれだけ騒いだのに (スコア:1)
> 一位を取ったのに海外にデータを売ったという話もない。
だって運用開始前のテスト期間中だし。
で、京はテスト期間中に2位に転落。1位でないと研究出来ないと言ってた人たちどこ行った?
TomOne
Re:あれだけ騒いだのに (スコア:1)
＞1位でないと研究出来ないと言ってた人たちどこ行った?
そのへんなひとたちは、まだ貴方の脳内にいるのです。たぶん。
Re:あれだけ騒いだのに (スコア:1)
（作る側は）「1位を目指さないと」が（使う側は）「1位じゃないと」に化けたんですかね？
Re:あれだけ騒いだのに (スコア:2)
> （作る側は）「1位を目指さないと」が（使う側は）「1位じゃないと」に化けたんですかね？
蓮舫「2位じゃ駄目なんですか?」
反論者「はぁ? 1位でなきゃ駄目に決まってんじゃん。でないと研究でトップ取れないじゃん。馬鹿なのこいつ?」
ってのいっぱい見てきたんで。
TomOne
Re: (スコア:0)
研究出来ないと言った人はみたことないけどねぇ。
ソースよろしく
Re: (スコア:0)
Re: (スコア:0)
1を超えてても実際に使用するときにその数が捌けなければ意味がないでしょ。
＃フルに使うような計算ってそうそうないと思いますが・・・
Re: (スコア:0)
半分の性能ならぎゅうぎゅうずめにできるの？
Re: (スコア:0)
×ずめ
○づめ
それはさておき
>1を超えてても実際に使用するときにその数が捌けなければ意味がないでしょ。
と
>半分の性能ならぎゅうぎゅうずめにできるの？
は話がズレすぎてるのでは。
この流れでとりあえず確認したいのは
>誰も使ってくれない。
の正否でしょ。
Re: (スコア:0)
一応、他の記事。
http://www.asahi.com/business/update/0927/TKY201209270567.html [asahi.com]
> 理化学研究所のスーパーコンピューター「京」が２８日、本格稼働を開始する。
今日から本格運用みたいですね。
> 研究課題の公募に対して製薬や化学、ゼネコン、自動車メーカーなど、産業界から２５件が採択され、利用が始まる。
とのこと。こちらの記事ではゼネコンに焦点をあててましたが、利用分野はいろいろありそうなんじゃないですか。
Re: (スコア:0)
でって電気代だけでも馬鹿にならないから・・・
社内にスーパーコンピューターがあるのも凄いが、どっちが安く済むかが重要ですよね。
結局100台並べた方が電気代が安くすんだってなれば意味がないし・・
あと京自体もう古いかも？
既に次世代機が富士通から出ていて、こっちの方が性能も電気代も安く済むならわざわざ京を使う意味もないですからねぇ
アルゴリズムの最適化 (スコア:0)
実際問題として、アルゴリズムの最適化はどのくらい進んでいるんだろう。
Re:アルゴリズムの最適化 (スコア:2, おもしろおかしい)
現実問題として、最適化すべき問題かどうか判断するまでに一定量の計算実績をこなさないと、、、
Re: (スコア:0)
お姉さんに教えてあげなくちゃ