青函トンネルを通過する北海道新幹線では、青函トンネル内で貨物列車と線路を共用していることが課題とされている。そのため、国土交通省は貨物列車を青函トンネルから全面撤退させることを検討していたが、コスト上昇を懸念する農業界や運転手不足の問題を抱える運送業界などからの反対を受けて断念することにしたという（北海道新聞、カーゴニュース）。

青函トンネル内で新幹線と貨物列車がすれ違う際、貨物列車が新幹線の風圧によって荷崩れれしたり脱線するおそれがあるという。そのため、青函トンネル内では新幹線が減速走行する対応が行われているが、これによって所要時間が増加するという問題が発生している。そのため、トラックと船を使った輸送に切り替えるという案も出ていたが、これに対しては大きな損失が発生するとの試算が出ていた。また、貨物専用の新幹線の導入も検討されているが、こちらも課題は多いという（北海道新聞の7月11日付け記事、東洋経済）。