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大腸菌1gにつき900,000GBのデータを格納できる手法が開発」記事へのコメント

  • 未来の巨大データアーカイブが
    大腸菌入りチューブ満載のディープフリーザー群で構成されてる絵は
    中々に楽しそうです。ただ

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    元スライドをざっと見た感じ

    元データを2ビットでエンコードしてATGCに置き換えた上でさらに圧縮をかける。
    できあがった配列どおりのDNAを合成してプラスミドの形で大腸菌に導入。
    復号時はプラスミドを抽出してDNAシークエンサーで読む。

    こんな感じみたいですね。

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    ツッコミどころとして、ふつう大腸菌は「1匹2匹」じゃなく
    「同じ遺伝情報を持つ大腸菌クローンの菌液何ml」
    という、同一性が保証されている何億匹だかをひ

    • by tslashn (37583) on 2010年11月27日 21時56分 (#1865194)

      ふつう大腸菌は「1匹2匹」じゃなく
      「同じ遺伝情報を持つ大腸菌クローンの菌液何ml」

      いろんな遺伝情報を持つ大腸菌のライブラリー10^6種類分とか普通に使いますよ。

      1gの大腸菌がぜんぶ違うデータを持ってるって前提でしょ?

      一種類につき50万細胞以上入れる前提の様です。

      何種類も大腸菌入れといたら接合(有性生殖)して遺伝子混ざっちゃいますよ

      F-の菌株をつかうので接合なんかしませんよ。

      DNA分子の立体構造とか結合強度は配列依存だから、そのせいで元データの配列にも制限が生じるんじゃない

      圧縮することによって、ランダムに近いパターンを保証しようというストラテジーですが、単に符号化レベルの問題ですね。

      1kb位は商業的に問題なく作ってくれますね。遺伝子合成サービス。謝辞にIDTが入っているのが合成やでしょう。
      実際は内部ではもっと短い断片を化学合成して、混ぜてPCRすることによって作っていると思います。

      大腸菌でDNA増やすと無視できない頻度で変異が確実に入るんだけどとか

      シークエンサーの読み取り精度も完璧じゃないよねとか

      この辺は、磁気システムだっていろいろなエラーがあるのを信号処理と、符号化などなどで実用的なレベルに抑えているのでがんばればできそうですよね。

      問題は、経済性ではとても太刀打ちできないというところでしょうね。
      DNA合成だけでも、1bitに数円以上払わないと記録できないんでしょう。

      親コメント
      • by Anonymous Coward
        1KBもあれば、暗号の鍵を保管するのには、使えそうですね。
        たとえば公開鍵を大腸菌に仕込んで、それを配布するみたいな。

ナニゲにアレゲなのは、ナニゲなアレゲ -- アレゲ研究家

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