「「細菌の一生」の完全シミュレーションに成功」記事へのコメント

いつものことですが・・・

[kaho (2741)]

朝日デジタルの記事はちょっと端折りすぎて誤解を受けやすいですね．
"complete computer model"を訳しているのでしょうが，「完全再現」というのは日本語のニュアンスでは
間違った印象を受けると思います．細胞「全体」のコンピュータモデル，という方が適切だと思います．

この分野の研究はそれなりの歴史があるのですが，モデルを正確にするための生化学反応の情報が増えれば
増えるほどパラメタの組み合わせが多くなり，計算量が爆発的に増えるという問題がありました．このため，
細胞全体を一度に計算することは難しく，個別の反応だけに限定したり，ごく単純な細胞だけ（例えば核の
ない赤血球など）を対象にしたりしていました．
今回，細胞内で起きる反応を28のモジュールに分割し，それぞれのモジュールは１秒以内の反応は独立して
いるという仮定をおくことで組合せ爆発の問題を抑えこみ，その上で構築したモデルを使って新たな生物学的
発見を導き出すこともできた，というのがこの研究の成果です．

具体的にはこれまでは重要でないと思われていた遺伝子LpdAが，欠失すると細胞の増殖にシビアな影響が
あるということをモデルを使って予測し，確認実験でもその通りになった，という点が高く評価されている
部分だと思います．

この方法の応用を期待されているのは，ある遺伝子に変異があった場合，それが細胞にどのような影響を
もたらすかを実験することなく予測することができるかもしれないということです．
ここでようやくガンの研究とのつながりが出てくるのですが，特定の細胞において，何らかの影響で特定の
遺伝子が働かない場合，その細胞がガン化へのプロセス（DNAメチル化の大きな変化やがん遺伝子の活性化など）
へ進むかのシミュレーションで導きだせたらいいね，という話になります．

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kaho

Re:

[Anonymous Coward]

>モデルを使って予測し，確認実験でもその通りになった，という点が高く評価されている部分だと思います.
>この方法の応用を期待されているのは，ある遺伝子に変異があった場合，それが細胞にどのような影響を
>もたらすかを実験することなく予測することができるかもしれないということです．

予測面での応用を期待するなら、予測の正答率が問題になるような気がしますが、
今回の研究ではそのあたりについても触れられているのでしょうか？
たまたま1個あたったところで、他の100個が外れていたら意味が無いですよね。