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STAP細胞の非実在について#2」記事へのコメント

  • 私が勘違いしているのかもしれませんが、DNA-Chipではなく、RNA seqのデータですよね。STAP細胞と比較しているCD45+細胞が、STAPの由来となった細胞とは違うということをおっしゃりたいのだと思います。ただ、一般的なCD45+細胞とmRNA発現パターンを比較しているとすれば、決定的な問題というわけでもなさそうです。もちろん、理想的には由来となったCD45+細胞をコントロールにするのが筋ではあります。TCRに関しては、元論文でも、TCRのrearrangementがSTAP細胞塊のうち、どの程度の頻度で起こっているのか分かりませんので、このRNA-Seqのデータのみ

    • by Anonymous Coward on 2014年03月06日 9時20分 (#2557138)

      私見では,完全にあなたが勘違いされていると思います.私もChip-seqを自分でやるわけではないので,何か勘違いしている可能性がありますが,Chip-Seqだからこそゲノム情報が分かるんだと思いますが..Chip-Seqするときはinputといって,抗体を使って特定のタンパク質が結合する部位をenrichする前のゲノム断片も一緒にシーケンスして,このInputに対してどのくらいのenrichmentがあるかを見るもんだと思います.つまり,inputというのは基本的にゲノムDNAを断片化しただけのものなんで,これらの配列情報を読めば基本的にはゲノムの情報がわかることになるわけですね.ただ,Chip-Seqするときは,本気でゲノムを読むときほどリード数を多く読まないので,完全にゲノム配列を再構成できるほどにはならないのでしょう.その辺でkahoさんは工夫されたんだと思います.

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