STAP論文ではこの論文をマウスを作成した論文として引用していました。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12781694 [nih.gov] Dev Biol. 2003 Jun 1;258(1):209-25. Identification and characterization of stem cells in prepubertal spermatogenesis in mice small star, filled. >we have established transgenic mice carrying EGFP (enhanced green fluorescence protein) cDNA under control of an Oct4 18-kb genomic fragment containing the minimal promoter and p
データの読み方 (スコア:0)
kahoさんが本文中で示されたデータから、
「CD45+細胞だけがOct4-GFPのトランスジェニックマウスで,それ以外は違う細胞を使っています」
との結論に至る理由がわからないのですが、どなたか説明できますか?
Oct4-GFP TgマウスはOct4プロモータにGFPをつないだトランスジーンをゲノム上に複数個有するマウスだと理解しています。
解析例はChIP-Seqのinput リードをマウスのリファレンス配列にマッピングした結果だと思いますが、
Oct4プロモータ領域の配列だけが極端に多く読まれている、ということでしたら先の結論も納得できるのですが、そのような図には見えません。
私は理研とは全く関わりがありませんし、小保方氏の論文についても懐疑的ですが、気になったのでコメントさせていただきました。
Re:データの読み方 (スコア:4, 参考になる)
これについて回答します.
論文中にはどのマウスを使ったか書かれていませんので正確には分かりません(こういう不備も多い論文です)が,一般論としてレポーター遺伝子(今回はGFP)を導入する場合はターゲットの遺伝子の上流のプロモーターだけではなく,周辺(上流下流両方)のエンハンサー配列も一緒に導入します.そのためプロモーターだけでなく,もっと広い範囲の配列が観察できます.
実際JAX labや理研BRCで入手できるOct4-GFPマウスはエンハンサー領域も含めた導入がされていることがデータベースからわかります.
また,レポーター遺伝子の発現がよく分かるように,マルチコピーで導入されることもよくあります.
今回の図はOct4のプロモーター及びエンハンサーがゲノム中に複数挿入されていることを示すものです.
それ以外にもGFPの配列も存在するため,論文で使われているもののうちOct4-GFPであろうと考えました.
kaho
Re: (スコア:0)
kahoさん
上記質問をした者です。ご回答ありがとうございます。
その後、理研が公開したプロトコルにGOF18-GFPマウスを使用したと書かれているのに気づき、
Oct4のコード領域を含む18kbの領域が制御領域として使われていることを知りました。
トランスジーンにOct4のExon配列が含まれるはずがないとの思い込みがあり、先の疑問を抱きましたが、
私の理解不足でした。どうかご容赦ください。
Re: (スコア:0)
STAP論文ではこの論文をマウスを作成した論文として引用していました。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12781694 [nih.gov]
Dev Biol. 2003 Jun 1;258(1):209-25.
Identification and characterization of stem cells in prepubertal spermatogenesis in mice small star, filled.
>we have established transgenic mice carrying EGFP (enhanced green fluorescence protein) cDNA under control of an Oct4 18-kb genomic fragment containing the minimal promoter and p