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STAP細胞の非実在について#4」記事へのコメント

  • by Anonymous Coward on 2014年03月08日 9時48分 (#2558818)

    Nature Letterの Fig.4のChip-seq解析において、著者らはこの図でSTAP, ES, STAP-SCと、FI-SC, TSとの間のヒストンメチル化パターンの違いを主張したかったのではないでしょうか。CD45+細胞はあまり重要な対照ではなかったと著者らは弁解するかもしれません。不適切なコントロールであることにはかわりはありませんが、CD45+細胞の性やstrainが違っても、”STAP細胞の非実在”とまで言えるほどのミスではないように思えます。
    Chip-seqやRNA-seq以外の実験(多能性確認実験、qPCRなど)では、Oct-GFP+のSTAP細胞を用いていますので。

    一番の問題点は、Chip-seqやRNA-seqでも、Oct-GFP+のSTAP細胞だけをFACSでpurifyして、実験しなかったことですね。

    Nature Letterの Fig.4 http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7485/fig_tab/nature12969_F4.html [nature.com]

    • by Anonymous Coward on 2014年03月08日 11時33分 (#2558851)

      小保方氏のSTAP細胞に関するNature Letter論文のExt Data Fig3のaのTranscriptome解析(RNA-seq)において、TSだけCD1 strainで、
      それ以外のは、C57BL/6 x 129/sv ですね。これが問題であるかどうかについては、よくわかりません。

      また、Chip-seqおよびRNA-seqのSTAP細胞、STAP幹細胞の両方とも、データベースでの説明をみると、 strain はC57BL/6 x 129/sv マウス、development stageは Oct3/4 expressing cells とあります。
      kaho氏のChip-seqのinputデータの解析結果にあるようにC57BL/6 x 129/sv とは、cag-GFPマウスである可能性が高いのですが、それなのに、cag-GFPマウス由来のSTAP細胞/幹細胞のstageがOct3/4 expressing cellsとはいったい何を意味しているのでしょうか?
      development stageが Oct3/4 expressing cellsとあるからには、Oct3/4陽性の細胞をFACSで選別してChip/RNA-seqの実験に用いたように解釈してしまいますが、cag-GFPマウス由来だと選別は無理ですよね?やはり、ごちゃまぜの細胞を使用した?

      親コメント
    • by Anonymous Coward

      >CD45+細胞は重要でないコントロールだったと弁明するかもしれませんね?

      ちょっと考えると、一番重要なネガコン(その他の細胞と比べて一番差の大きいことが予想されるサンプル)なんですけどね。

      あんまり詳しくないのですが、strainが違う場合に、Chip-seqで、H3K4, H3K27のメチル化パターンを比較することは可能というか、意味あることなんでしょうか?

      あと同様の質問ですが、おそらく継代数にもよるでしょうが、C57BL/6 x 129/svのmixed backgroundの場合、メンデルの法則により、どちらの系統の染色体をどのくらいもっているかがマウスごとに違ってきてしまうので、実

コンピュータは旧約聖書の神に似ている、規則は多く、慈悲は無い -- Joseph Campbell

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