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Nature Letterの Fig.4のChip-seq解析において、著者らはこの図でSTAP, ES, STAP-SCと、FI-SC, TSとの間のヒストンメチル化パターンの違いを主張したかったのではないでしょうか。CD45+細胞はあまり重要な対照ではなかったと著者らは弁解するかもしれません。不適切なコントロールであることにはかわりはありませんが、CD45+細胞の性やstrainが違っても、”STAP細胞の非実在”とまで言えるほどのミスではないように思えます。Chip-seqやRNA-seq以外の実験(多能性確認実験、qPCRなど）では、Oct-GFP+のSTAP細胞を用いていますので。
一番の問題点は、Chip-seqやRNA-seqでも、Oct-GFP+のSTAP細胞だけをFACSでpurify
小保方氏のSTAP細胞に関するNature Letter論文のExt Data Fig3のaのTranscriptome解析（RNA-seq）において、TSだけCD1 strainで、それ以外のは、C57BL/6 x 129/sv ですね。これが問題であるかどうかについては、よくわかりません。
また、Chip-seqおよびRNA-seqのSTAP細胞、STAP幹細胞の両方とも、データベースでの説明をみると、 strain はC57BL/6 x 129/sv マウス、development stageは Oct3/4 expressing cells とあります。kaho氏のChip-seqのinputデータの解析結果にあるようにC57BL/6 x 129/sv とは、cag-GFPマウスである可能性が高いのですが、それなのに、cag-GFPマウス由来のSTAP細胞/幹細胞のstageがOct3/4 expressing cellsとはいったい何を意味しているのでしょうか？development stageが Oct3/4 expressing cellsとあるからには、Oct3/4陽性の細胞をFACSで選別してChip/RNA-seqの実験に用いたように解釈してしまいますが、cag-GFPマウス由来だと選別は無理ですよね？やはり、ごちゃまぜの細胞を使用した？
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アレゲは一日にしてならず -- アレゲ見習い
Oct-GFP+のSTAP細胞 (スコア:1)
Nature Letterの Fig.4のChip-seq解析において、著者らはこの図でSTAP, ES, STAP-SCと、FI-SC, TSとの間のヒストンメチル化パターンの違いを主張したかったのではないでしょうか。CD45+細胞はあまり重要な対照ではなかったと著者らは弁解するかもしれません。不適切なコントロールであることにはかわりはありませんが、CD45+細胞の性やstrainが違っても、”STAP細胞の非実在”とまで言えるほどのミスではないように思えます。
Chip-seqやRNA-seq以外の実験(多能性確認実験、qPCRなど）では、Oct-GFP+のSTAP細胞を用いていますので。
一番の問題点は、Chip-seqやRNA-seqでも、Oct-GFP+のSTAP細胞だけをFACSでpurify
Re:Oct-GFP+のSTAP細胞 (スコア:1)
小保方氏のSTAP細胞に関するNature Letter論文のExt Data Fig3のaのTranscriptome解析（RNA-seq）において、TSだけCD1 strainで、
それ以外のは、C57BL/6 x 129/sv ですね。これが問題であるかどうかについては、よくわかりません。
また、Chip-seqおよびRNA-seqのSTAP細胞、STAP幹細胞の両方とも、データベースでの説明をみると、 strain はC57BL/6 x 129/sv マウス、development stageは Oct3/4 expressing cells とあります。
kaho氏のChip-seqのinputデータの解析結果にあるようにC57BL/6 x 129/sv とは、cag-GFPマウスである可能性が高いのですが、それなのに、cag-GFPマウス由来のSTAP細胞/幹細胞のstageがOct3/4 expressing cellsとはいったい何を意味しているのでしょうか？
development stageが Oct3/4 expressing cellsとあるからには、Oct3/4陽性の細胞をFACSで選別してChip/RNA-seqの実験に用いたように解釈してしまいますが、cag-GFPマウス由来だと選別は無理ですよね？やはり、ごちゃまぜの細胞を使用した？