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STAP細胞の非実在について#4」記事へのコメント

  • by Anonymous Coward on 2014年03月08日 12時41分 (#2558882)

    NCBIのデータにもあるそうですが、kahoさんが指摘されていたように、CHIP-seqで使用している細胞のマウス系統がばらばらのようなので、

    CD45+cell(derived from Oct3/4::gfp C57BL/6)
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393440 [nih.gov] [nih.gov]
    ESCell(derived from C57BL/6 x 129/sv )
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393446 [nih.gov] [nih.gov]
    STAP Cell(derived from C57BL/6 x 129/sv)
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393449 [nih.gov] [nih.gov]
    STAP Stem Cell (derived from C57BL/6 x 129/sv)
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393452 [nih.gov] [nih.gov]

    RNA-seqの方もばらばらなのかと思いきや、
    こちらは、C57BL/6 x 129/svでそろっているようですね(もしかしてTruSeqとSMARTerとでバックグラウンドがちがうのかと思いました)。

    ところでChip-seqでもRNA-seqでも利用しているES細胞はC57BL/6 x 129/svマウス由来なのですが、彼らのマニュアルの一文「C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2), and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16)」からすると、cfg-gfpマウスに関連したものではないかと思われます。

    この辺あまり詳しくないのですが(ちがっていたらごめんなさい)、ES細胞って普通B6、とか129とか純粋な系統のものを利用することが多い気がします。従来はcag-gfpのようなCAGのトランスジェニックマウスを作る場合、129系統のESに入れてキメラマウスを作ったのち、B6にバッククロスしていく気がします。

    もしそうならcag-gfpのESはもともと129バッククラウンドのはず。このES細胞は、バッククロスした後(例えばF1マウス)、再度ES細胞を取り直したということなのでしょうか?

    何のために?遺伝的バックグラウンドをそろえるため?そこまでやってなんでChip-seqのCD45+細胞だけが、Oct4-gfpなのか?という疑問が残ります。

    • by Anonymous Coward

      そもそもなんでChip-seqの解析に使用する細胞のほとんどが、B6と129のmix backgroundのマウス由来なのかなとおもっておりました。Blastcyst injectionの必要性からにやむなくでしょうか?

      以前にやった免疫系の実験の経験だと、バッククロスの継代数が少ないと個体差(マウスによってB6由来の染色体と129由来の染色体の構成比が違うため)が実験条件の差より大きいことがあり苦労しました。

      ネットで似た例がないか検索すると、ちょうど長田重一先生の「以前私達はMFG-E8ノックアウトマウスは129/B6 mixed backgroundでSLE-typeの自己免疫疾患を発症することを報告した

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