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STAP細胞の非実在について#4」記事へのコメント

  • RNA-seq解析の疑問 (スコア:2, 参考になる)

    by Anonymous Coward on 2014年03月08日 12時58分 (#2558889)

    kahoさんが、
    >このRNA-seqデータは調べたい内容に対して不適当なほど長い配列を読んでおり,扱いづらい(計算時間がかかる)のですが,今知りたいのは大まかなアウトラインなので先頭の50塩基だけを使った解析を行いました.

    と述べられております。
    実は私はまだまだ初級者なのですが、何か面白いことがわからないかと、以前RNA-seqのデーター解析にトライしておりました。

    もともとのデーターがペアエンドのRNA-seqデーターなのですが、元データーが(fastqファイル片側のリードで6GBくらい)がそんなに大きくなさそうなのに、BowtieをかけるとすぐWarning: Exhausted best-first chunk memory for read (中略); skipping read
    というエラーが出て困っておりました(片側だけならBowtieは何とかかかりました)。

    もしかするとkahoさんがいわれている「調べたい内容に対して不適当なほど長い配列」のせいなんでしょうか?
    「不適当なほど長い配列」って何を意味するのでしょうか?ゲノムDNAのコンタミとかなのでしょうか?

    ビギナーのナィーブな疑問でごめんなさい。ただ「不適当なほど長い配列」の存在が、サンプルのクォリティに関するものであるなら、RNA-seqのデータに基づいた議論に影響を与えるものではないでしょうか?

計算機科学者とは、壊れていないものを修理する人々のことである

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