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kahoさんが、＞このRNA-seqデータは調べたい内容に対して不適当なほど長い配列を読んでおり，扱いづらい（計算時間がかかる）のですが，今知りたいのは大まかなアウトラインなので先頭の50塩基だけを使った解析を行いました．
と述べられております。実は私はまだまだ初級者なのですが、何か面白いことがわからないかと、以前RNA-seqのデーター解析にトライしておりました。
もともとのデーターがペアエンドのRNA-seqデーターなのですが、元データーが（fastqファイル片側のリードで６GBくらい）がそんなに大きくなさそうなのに、BowtieをかけるとすぐWarning: Exhausted best-first chunk memory for read （中略）; skipping readというエラーが出て困っておりました（片側だけならBowtieは何とかかかりました）。
もしかするとkahoさんがいわれている「調べたい内容に対して不適当なほど長い配列」のせいなんでしょうか？「不適当なほど長い配列」って何を意味するのでしょうか？ゲノムDNAのコンタミとかなのでしょうか？
ビギナーのナィーブな疑問でごめんなさい。ただ「不適当なほど長い配列」の存在が、サンプルのクォリティに関するものであるなら、RNA-seqのデータに基づいた議論に影響を与えるものではないでしょうか？
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皆さんもソースを読むときに、行と行の間を読むような気持ちで見てほしい -- あるハッカー
RNA-seq解析の疑問 (スコア:2, 参考になる)
kahoさんが、
＞このRNA-seqデータは調べたい内容に対して不適当なほど長い配列を読んでおり，扱いづらい（計算時間がかかる）のですが，今知りたいのは大まかなアウトラインなので先頭の50塩基だけを使った解析を行いました．
と述べられております。
実は私はまだまだ初級者なのですが、何か面白いことがわからないかと、以前RNA-seqのデーター解析にトライしておりました。
もともとのデーターがペアエンドのRNA-seqデーターなのですが、元データーが（fastqファイル片側のリードで６GBくらい）がそんなに大きくなさそうなのに、BowtieをかけるとすぐWarning: Exhausted best-first chunk memory for read （中略）; skipping read
というエラーが出て困っておりました（片側だけならBowtieは何とかかかりました）。
もしかするとkahoさんがいわれている「調べたい内容に対して不適当なほど長い配列」のせいなんでしょうか？
「不適当なほど長い配列」って何を意味するのでしょうか？ゲノムDNAのコンタミとかなのでしょうか？
ビギナーのナィーブな疑問でごめんなさい。ただ「不適当なほど長い配列」の存在が、サンプルのクォリティに関するものであるなら、RNA-seqのデータに基づいた議論に影響を与えるものではないでしょうか？