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STAP細胞の非実在について#4」記事へのコメント

  • by Anonymous Coward

    NCBIのデータにもあるそうですが、kahoさんが指摘されていたように、CHIP-seqで使用している細胞のマウス系統がばらばらのようなので、

    CD45+cell(derived from Oct3/4::gfp C57BL/6)
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393440 [nih.gov] [nih.gov]
    ESCell(derived from C57BL/6 x 129/sv )
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393446 [nih.gov] [nih.gov]
    STAP Cell(derived from C57BL/6 x 129/sv)
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393449 [nih.gov] [nih.gov]
    STAP Stem Cell (derived from C57BL/6 x 129/sv)
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393452 [nih.gov] [nih.gov]

    RNA

    • by Anonymous Coward on 2014年03月09日 11時58分 (#2559429)

      そもそもなんでChip-seqの解析に使用する細胞のほとんどが、B6と129のmix backgroundのマウス由来なのかなとおもっておりました。Blastcyst injectionの必要性からにやむなくでしょうか?

      以前にやった免疫系の実験の経験だと、バッククロスの継代数が少ないと個体差(マウスによってB6由来の染色体と129由来の染色体の構成比が違うため)が実験条件の差より大きいことがあり苦労しました。

      ネットで似た例がないか検索すると、ちょうど長田重一先生の「以前私達はMFG-E8ノックアウトマウスは129/B6 mixed backgroundでSLE-typeの自己免疫疾患を発症することを報告した。しかし、今回、B6 backgroundではその発症は認められなかった。」なんて文章がみつかりました(http://www.jst.go.jp/kisoken/crest/report/heisei23/pdf/pdf19/19-004.pdf)

      Chip-seqでもおなじでしょうか?

      そうすると、ほとんどの細胞がB6と129のmix backgroundのマウス由来だと、Chip-seqのデーターの解釈はmix backgroundの影響も加味しないといけませんね。

      LetterのFig4のB6由来のCD45+細胞とB6X129由来の残りの細胞のヒストンメチル化のChip-seqデータも、もしかすると一部はこういったmix backgroundの違いで説明できるやもしれず、いやらしいですね。さらにコントロールのCD45+細胞はバックグラウンドが違っていますから、遺伝的バッククラウンドの違いはさらに複雑になるでしょうし。。

      kahoさんの日記2,3にあった分析にもありましたが、Chip-seqに使用している細胞のオリジンの問題は、すくなくともNature LetterのFig4のデーターの妥当性にはクリティカルな気がしますね。

      親コメント

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