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STAP細胞の非実在について#4」記事へのコメント

  • by Anonymous Coward

    Nature Letterの Fig.4のChip-seq解析において、著者らはこの図でSTAP, ES, STAP-SCと、FI-SC, TSとの間のヒストンメチル化パターンの違いを主張したかったのではないでしょうか。CD45+細胞はあまり重要な対照ではなかったと著者らは弁解するかもしれません。不適切なコントロールであることにはかわりはありませんが、CD45+細胞の性やstrainが違っても、”STAP細胞の非実在”とまで言えるほどのミスではないように思えます。
    Chip-seqやRNA-seq以外の実験(多能性確認実験、qPCRなど)では、Oct-GFP+のSTAP細胞を用いていますので。

    一番の問題点は、Chip-seqやRNA-seqでも、Oct-GFP+のSTAP細胞だけをFACSでpurify

    • by Anonymous Coward on 2014年03月09日 13時01分 (#2559465)

      >CD45+細胞は重要でないコントロールだったと弁明するかもしれませんね?

      ちょっと考えると、一番重要なネガコン(その他の細胞と比べて一番差の大きいことが予想されるサンプル)なんですけどね。

      あんまり詳しくないのですが、strainが違う場合に、Chip-seqで、H3K4, H3K27のメチル化パターンを比較することは可能というか、意味あることなんでしょうか?

      あと同様の質問ですが、おそらく継代数にもよるでしょうが、C57BL/6 x 129/svのmixed backgroundの場合、メンデルの法則により、どちらの系統の染色体をどのくらいもっているかがマウスごとに違ってきてしまうので、実験によっては、個体差の影響が結構出る気もするのですが、Chip-seqで、H3K4, H3K27のメチル化パターンの比較の場合はどうなんでしょうか?

      ざっくり考えると、解析する部位によっては、実験条件(CD45+、STAP、ESなどの各種細胞)よりもマウスの遺伝的背景の違い(個体間の)が大きくなる気がしました。

      どなたか経験のあるかたはいらっしゃいませんか?

      もしかすると、C57BL/6 x 129/svのCD45+細胞のデーターはあるけれども、個体差の影響が大きくて、比較するときれいなデーターになりにくかったとということなのでしょうか?かといってそこだけ差し替えるというのもどうかなと思いますが。。

      おっしゃるとおり、「Chip-seqやRNA-seqでも、Oct-GFP+のSTAP細胞だけをFACSでpurifyして、実験」がベストだと思います。

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