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素人ですが、理研が小保方氏を採用したことはともかく、不正が発覚した発見について1年もの期間と人員・費用をかけて検証することについては説明が必要だと感じていました。今回の笹井氏の会見では、その点をきちんと説明してもらえたと思ってよいのでしょうかね。
何とも言えないですが、多能性の獲得と断言は難しいですが、Oct4-GFP発現までは正しいと思いますので、それだけで検証の意味はあるような気がします。未知の現象でしょうから。
＞Oct4-GFP発現までは正しいと思いますので
正しくないですよ．今日笹井先生が配られた資料を見てびっくりしました．「遺伝子発現パターンの詳細解析でも、STAP細胞は、ES細胞や他の幹細胞とも一致せず」若山先生もトランスクリプトーム解析でSTAPは他の細胞と違うと仰っていました．ところが，その「トランスクリプトーム解析」で分かることは，STAP細胞と呼ばれるもの同士ですら「遺伝子発現パターン」が様々であることです．
アーティクルの方では酸処理後３日でES細胞マーカー遺伝子がある程度ESの発現に近くなり７日でほぼ匹敵するという図になっています．しかしレターの方ではSTAP細胞におけるこれらの遺伝子発現はES細胞よりはるかに少ないという結果が示されています(Ext.Fig.3b)．レターの方ではトランスクリプトーム解析は２セット行われていますが，もう片方はESに非常に近いどころかマーカー遺伝子の発現がESより多いほどです．トランスクリプトーム解析はOct4-GFP発現を確認した細胞で行っているものではなく細胞塊をつくった細胞で観察したということですが，少なくともそれぞれの図ごとに非常に異なる遺伝子発現をもつ別種の「STAP細胞」があるということを示しています．しかし同じ図に使われるデータ同士は似通っているので，作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．そうであれば他の幹細胞と一致しないのは当然だと思います．「STAP細胞」と同じ名で呼んでいながらその性質は日々変わることになりますから．
また，ESよりはるかに少ないマーカー遺伝子の発現でもSTAP現象と称するならば，GFPによる蛍光の観察はOct4やその他のマーカー遺伝子とはリニアな関係でなく，Oct4の発現がほぼ０に等しくてもGFPが観察されたり細胞塊を形成したりするのだろうということになります．トランスクリプトーム解析ではこの論点を出す前に私の愚かなミスで自滅したので書きませんでしたが，他の方にも是非生データから解析を行って見比べていただきたいと思います．
既にご承知かもしれませんが、先日、kaho先生の日記に下記のコメントを残された方が、http://srad.jp/comments.pl?sid=626449&cid=2571312 [srad.jp]分子生物学会の大隅先生の呼びかけに応えて、仮説を補強したものを大隅先生にメールで送られたようです (匿名で公表されています)。http://nosumi.exblog.jp/d2014-04-18/ [exblog.jp]
もしご興味がおありのようでしたら、大隅先生にご連絡されると良いかと存じます。
これこれ。このコメントがずっと気になってて、笹井会見で私はこれを聞きたかったのです。もし質問できていたとしても、当日の彼のスタンスだと若山研 (小保方氏もいたのだし)内の話にされたでしょうけど。ここを越えればもうES説に無理がない。
そんなの、意味ないって。ここのスレットも意味ないな。
しかし、不思議なのは６月１２日のコメントがあったと思うが、いまは、削除されてない。どうしてかな？遺伝子解析のかなり専門的な記事だったと思うが。
あっそうか。やはり意味ナイト、判断したんだな。そうです。意味ないのです。いかに、貴方の内容が立派でも、元の遺伝子のデータがメチャクチャなのです。
なので、そんなデータについての議論が意味ないことが、やっと貴方もわかったようですね。
先走って議論するのはやめたが良い。いま、丹羽チームリーダーが検証実験をやっています。この７月には中間発表をします。
これで、すこしは目鼻立ちがハッキリしてくるでしょう。貴方が議論するのはそれからでよいのでは？
貴方は”STAP細胞は存在しない。”と断罪してますが、そうですか？それでよいのですか？その発言に自信はありますか？
私は５分５分とミテイマス。
7日目までの4段階の各ステップの説明が何か不連続なように感じたのは、それを意識して喋っていたからかもしれないですね。発現の量的な質問も出ていたのですが、どうもうやむやに説明されて理解不能だったのでスルーしてしまいました。
『非常に異なる遺伝子発現をもつ別種の「STAP細胞」があるということを示しています．』
ストレスによってこのようなこと、つまり、バラバラ、ランダムな遺伝子発現が起きるとしたら、超面白いことですよ。
しかも日替わりw
少なくともそれぞれの図ごとに非常に異なる遺伝子発現をもつ別種の「STAP細胞」があるということを示しています．しかし同じ図に使われるデータ同士は似通っているので，作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．
http://srad.jp/comments.pl?sid=629003&cid=2583602 [srad.jp]
面白い、面白い。初期化が起きなくて、万能細胞ができなくて、応用できなくても、面白い。
今の生物学の主流は「平均」の生物学。「分散の生物学」はこれから。
理研で単一細胞の遺伝子発現プロファイルを調べる方法を開発している人がいたと思うけど、single cell biologyから発展して、社会生物学みたいなものが(再び？)流行りだすのではないかな。
ちょっと間違えた。X社会生物学○細胞社会学
刺激を与えてタイミングを合わせるような操作をしても、細胞を個別に見ればバラバラに動いているということがわかっています。マイクロアレイなどは複数の細胞をすりつぶして平均化して発現を見ているから、個別の動きが見えない。シングルセルで発現を見る方法が精力的に研究されているのは、そういうミックスジュース的なものでは生命の解析には足りないからです。さらに言えば、シングルセルでも足りません。細胞内局在等もあります。
そうですね。細胞を構成している遺伝子の数だけみても、非常に多い(2万以上？)ので、それらの発現がすべての細胞できっちり揃うというほうが、むしろありえない話だとおもいます。
STAPの場合は多くの細胞が死んでしまうような強いストレスなので、よけい平均(は死んでしまう)からかけ離れた細胞が出てくる、ということなのでしょう。それが初期化した細胞になるべき生物学的意味というのは私には分かりませんが。
kaho さん、もうあの人を「先生」なんて呼ばないでいいですよ。
Kaho さん、いつも応援しています。私も先生が、STAP およびSTAP 幹細胞がES cell と相当遺伝子配列が類似性しているも出した解析を読んでいたので、笹井さんの会見にはかなり疑問符でした。笹井さんが言ってる「STAPが有力な仮説」と言わしめる根拠を早く崩したいです。先生の論文はアクセプトされましたでしょうか？首を長くして楽しみに待ってます。
kahoさんが御指摘されている内容からすると、御自身でこれまで提唱されてきた「STAP = ES」説を御自身で否定することになりますが、そういう解釈でよろしいのでしょうか？
STAP = ES なら、トランスクリプトーム解析の結果（例えば上で挙げているExt.Fig.3b）は、同じパターンになるはずですよね？
何か馬鹿なコメントばっかりぶら下がっているみたいなのでここに書いておきますが、kaho 氏がいいたいのは「解析ごとに適当にESだのTSだの混ぜものだの何だの適当に使い分けて捏造実験したからこういう結果になってるんだろ」ってことですよ。
NHK見ました。応援してます。徹底的に証拠で締め上げて下さい。頑張ってください！
NHK見ました。
http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html [nhk.or.jp]これですね。
なんだ、自分に都合の悪い記事は消すのか。
上の記事を消すと、消すとズバリその事を証明する事になるのでがまんして、消さなかっただけの事だな。
それに大本のこのごちゃごちゃしたわけのわからん「掲示板」が悪いわ。こんなバカナ掲示板を設計した人誰？？
それに中身がみんな先走り。つまりSTAP細胞をこき下ろしたいのが本音のようです。７月に丹羽氏が中間報告をします。
それで、少し輪郭がハッキリしてきます。
こき下ろすのはそれ以降でよいのでは。
「STAP細胞は存在する。」となったら皆さんどうするの？
あっそうか、切腹する覚悟は出来てるのね。よしよし。
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物事のやり方は一つではない -- Perlな人
「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説」 (スコア:1)
素人ですが、理研が小保方氏を採用したことはともかく、不正が発覚した発見について1年もの期間と人員・費用をかけて検証することについては説明が必要だと感じていました。
今回の笹井氏の会見では、その点をきちんと説明してもらえたと思ってよいのでしょうかね。
Re: (スコア:4, 興味深い)
何とも言えないですが、多能性の獲得と断言は難しいですが、Oct4-GFP発現までは正しいと思いますので、それだけで検証の意味はあるような気がします。未知の現象でしょうから。
Re:「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説」 (スコア:5, 参考になる)
＞Oct4-GFP発現までは正しいと思いますので
正しくないですよ．
今日笹井先生が配られた資料を見てびっくりしました．
「遺伝子発現パターンの詳細解析でも、STAP細胞は、ES細胞や他の幹細胞とも一致せず」
若山先生もトランスクリプトーム解析でSTAPは他の細胞と違うと仰っていました．
ところが，その「トランスクリプトーム解析」で分かることは，STAP細胞と呼ばれるもの同士ですら
「遺伝子発現パターン」が様々であることです．
アーティクルの方では酸処理後３日でES細胞マーカー遺伝子がある程度ESの発現に近くなり７日で
ほぼ匹敵するという図になっています．しかしレターの方ではSTAP細胞におけるこれらの遺伝子
発現はES細胞よりはるかに少ないという結果が示されています(Ext.Fig.3b)．
レターの方ではトランスクリプトーム解析は２セット行われていますが，もう片方はESに非常に近い
どころかマーカー遺伝子の発現がESより多いほどです．
トランスクリプトーム解析はOct4-GFP発現を確認した細胞で行っているものではなく細胞塊をつくった
細胞で観察したということですが，少なくともそれぞれの図ごとに非常に異なる遺伝子発現をもつ
別種の「STAP細胞」があるということを示しています．しかし同じ図に使われるデータ同士は似通っ
ているので，作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．
そうであれば他の幹細胞と一致しないのは当然だと思います．「STAP細胞」と同じ名で呼んでいながら
その性質は日々変わることになりますから．
また，ESよりはるかに少ないマーカー遺伝子の発現でもSTAP現象と称するならば，GFPによる蛍光の
観察はOct4やその他のマーカー遺伝子とはリニアな関係でなく，Oct4の発現がほぼ０に等しくても
GFPが観察されたり細胞塊を形成したりするのだろうということになります．
トランスクリプトーム解析ではこの論点を出す前に私の愚かなミスで自滅したので書きませんでしたが，
他の方にも是非生データから解析を行って見比べていただきたいと思います．
kaho
Re:「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説」 (スコア:3, 参考になる)
既にご承知かもしれませんが、
先日、kaho先生の日記に下記のコメントを残された方が、
http://srad.jp/comments.pl?sid=626449&cid=2571312 [srad.jp]
分子生物学会の大隅先生の呼びかけに応えて、
仮説を補強したものを大隅先生にメールで送られたようです (匿名で公表されています)。
http://nosumi.exblog.jp/d2014-04-18/ [exblog.jp]
もしご興味がおありのようでしたら、
大隅先生にご連絡されると良いかと存じます。
Re:「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説」 (スコア:2)
これこれ。このコメントがずっと気になってて、笹井会見で私はこれを聞きたかったのです。もし質問できていたとしても、当日の彼のスタンスだと若山研 (小保方氏もいたのだし)内の話にされたでしょうけど。ここを越えればもうES説に無理がない。
Re: (スコア:0)
そんなの、意味ないって。ここのスレットも意味ないな。
しかし、不思議なのは６月１２日のコメントがあったと思うが、いまは、削除されてない。
どうしてかな？遺伝子解析のかなり専門的な記事だったと思うが。
あっそうか。やはり意味ナイト、判断したんだな。そうです。意味ないのです。
いかに、貴方の内容が立派でも、元の遺伝子のデータがメチャクチャなのです。
なので、そんなデータについての議論が意味ないことが、やっと貴方もわかったようですね。
先走って議論するのはやめたが良い。
いま、丹羽チームリーダーが検証実験をやっています。
この７月には中間発表をします。
これで、すこしは目鼻立ちがハッキリしてくるでしょう。
貴方が議論するのはそれからでよいのでは？
貴方は”STAP細胞は存在しない。”と断罪してますが、そうですか？それでよいのですか？
その発言に自信はありますか？
私は５分５分とミテイマス。
Re:「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説」 (スコア:2)
7日目までの4段階の各ステップの説明が何か不連続なように感じたのは、それを意識して喋っていたからかもしれないですね。発現の量的な質問も出ていたのですが、どうもうやむやに説明されて理解不能だったのでスルーしてしまいました。
Re:「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説」 (スコア:1)
『非常に異なる遺伝子発現をもつ別種の「STAP細胞」があるということを示しています．』
ストレスによってこのようなこと、つまり、バラバラ、ランダムな遺伝子発現が起きるとしたら、超面白いことですよ。
Re: (スコア:0)
しかも日替わりw
http://srad.jp/comments.pl?sid=629003&cid=2583602 [srad.jp]
Re:「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説」 (スコア:1)
面白い、面白い。
初期化が起きなくて、万能細胞ができなくて、応用できなくても、面白い。
今の生物学の主流は「平均」の生物学。
「分散の生物学」はこれから。
理研で単一細胞の遺伝子発現プロファイルを調べる方法を開発している人がいたと思うけど、single cell biologyから発展して、社会生物学みたいなものが(再び？)流行りだすのではないかな。
Re:「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説」 (スコア:1)
ちょっと間違えた。
X社会生物学
○細胞社会学
Re: (スコア:0)
刺激を与えてタイミングを合わせるような操作をしても、細胞を個別に見ればバラバラに動いているということがわかっています。
マイクロアレイなどは複数の細胞をすりつぶして平均化して発現を見ているから、個別の動きが見えない。
シングルセルで発現を見る方法が精力的に研究されているのは、そういうミックスジュース的なものでは生命の解析には足りないからです。
さらに言えば、シングルセルでも足りません。細胞内局在等もあります。
Re:「STAP現象は検証する価値のある合理性の高い仮説」 (スコア:1)
そうですね。細胞を構成している遺伝子の数だけみても、非常に多い(2万以上？)ので、それらの発現がすべての細胞できっちり揃うというほうが、むしろありえない話だとおもいます。
STAPの場合は多くの細胞が死んでしまうような強いストレスなので、よけい平均(は死んでしまう)からかけ離れた細胞が出てくる、ということなのでしょう。それが初期化した細胞になるべき生物学的意味というのは私には分かりませんが。
Re: (スコア:0)
kaho さん、もうあの人を「先生」なんて呼ばないでいいですよ。
Re: (スコア:0)
Kaho さん、いつも応援しています。私も先生が、STAP およびSTAP 幹細胞がES cell と相当遺伝子配列が類似性しているも出した解析を読んでいたので、笹井さんの会見にはかなり疑問符でした。
笹井さんが言ってる「STAPが有力な仮説」と言わしめる根拠を早く崩したいです。
先生の論文はアクセプトされましたでしょうか？首を長くして楽しみに待ってます。
Re: (スコア:0)
kahoさんが御指摘されている内容からすると、御自身でこれまで提唱されてきた「STAP = ES」説を御自身で否定することになりますが、そういう解釈でよろしいのでしょうか？
STAP = ES なら、トランスクリプトーム解析の結果（例えば上で挙げているExt.Fig.3b）は、同じパターンになるはずですよね？
Re: (スコア:0)
何か馬鹿なコメントばっかりぶら下がっているみたいなのでここに書いておきますが、
kaho 氏がいいたいのは
「解析ごとに適当にESだのTSだの混ぜものだの何だの適当に使い分けて捏造実験したからこういう結果になってるんだろ」
ってことですよ。
Re: (スコア:0)
NHK見ました。応援してます。徹底的に証拠で締め上げて下さい。
頑張ってください！
Re: (スコア:0)
NHK見ました。
http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140603/k10014947431000.html [nhk.or.jp]
これですね。
Re: (スコア:0)
なんだ、自分に都合の悪い記事は消すのか。
Re: (スコア:0)
上の記事を消すと、消すとズバリその事を証明する事になるので
がまんして、消さなかっただけの事だな。
それに大本のこのごちゃごちゃしたわけのわからん「掲示板」が悪いわ。
こんなバカナ掲示板を設計した人誰？？
それに中身がみんな先走り。つまりSTAP細胞をこき下ろしたいのが本音のようです。
７月に丹羽氏が中間報告をします。
それで、少し輪郭がハッキリしてきます。
こき下ろすのはそれ以降でよいのでは。
「STAP細胞は存在する。」となったら皆さんどうするの？
あっそうか、切腹する覚悟は出来てるのね。よしよし。