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納豆ビュー [pitecan.com]とか。
でもこれ今ダウンロードできるところあるのかな。 Googleで検索すると軒並みリンク切れてるんですよね。
有償でよければ LEDA [algorithmi...utions.com]や yFiles [yworks.com]が あります.住商エレクトロニクスが代理店をやっているっぽいです.
ところで,graphViz って複雑なグラフを描こうとすると, 極端に遅くなりませんか? 酵母の遺伝子間相互作用をグラフ化しよう としてハマりました
ノード数が1000を超えるあたりから、既存のツールはボロボロ脱落して いきますね(応答性という観点では)。 私の場合はTouchGraph [touchgraph.com]が候補 だったのですが、1000~2000ノードは出したいという要求には合いませんで、 結局自分で作りました。ブロック分割してカットオフするなど、 いろいろ盛り込みましたが、そろそろSMPマシン向けに、計算を分割する事を 考えねばらならない状況です。
もっとも、あらかじめグラフを階層化するなどして、 グラフの(描画)密度を下げるなどの前処理がやはり不可欠です。 私の場合、4000万ノード→100万ノードにクラスタリング→ 1000ノード程度の部分グラフを抽出、といった形をとっています。
参照先: Web Community Browser [titech.ac.jp]
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アレゲは一日にしてならず -- アレゲ見習い
グラフ可視化ソフト (スコア:5, 参考になる)
ネットワーク図の出力だけではなく、
一般のグラフの可視化ソフトとしてとても優れたソフトです。
配置も賢くて、ちょっとノードのグルーピングをしてあげれば
ほぼ望んだようなグラフが出てきます。
表示例 [att.com]の画像をクリックするとテキストのソースが表示されますが
とてもシンプルで最初に見たときには驚きました。
他にフリーで入手可能な同種のツールとしては
Otter [caida.org]やTulip [tulip-software.org]などがありますが
前者は配置があまり賢くなく、後者はダウンロードに登録が必要で試していません(^^;
せっかくの機会なので、他に優れたツールがあったら知りたいです~
納豆ビュー (スコア:2, 参考になる)
納豆ビュー [pitecan.com]とか。
でもこれ今ダウンロードできるところあるのかな。 Googleで検索すると軒並みリンク切れてるんですよね。
Re:納豆ビュー (スコア:0)
Re:グラフ可視化ソフト (スコア:1)
ノードとエッジから構成される有向だったり無向だったりするグラフのことです。
棒グラフや折れ線グラフや円グラフのグラフではありません……
もしかして、「グラフ」って世間的にはマイナーな用語なのでせうか。
日本語で「グラフ 可視化」などで検索すると GnuPlot とかが
引っかかるんですよね(汗)
Re:グラフ可視化ソフト (スコア:0)
Re:グラフ可視化ソフト (スコア:1, 参考になる)
有償でよければ LEDA [algorithmi...utions.com]や yFiles [yworks.com]が あります.住商エレクトロニクスが代理店をやっているっぽいです.
ところで,graphViz って複雑なグラフを描こうとすると, 極端に遅くなりませんか? 酵母の遺伝子間相互作用をグラフ化しよう としてハマりました
Re:グラフ可視化ソフト (スコア:1)
png や gif 出力などのレンダリングが必要なものでは非常に遅くなりました。
そういうときは size を指定するといいのかもしれません。
なお、ps 出力では 2500 ノードの疎なグラフならサイズ無指定でもまったく問題なく出力できてます。
もっとノード数の桁が上がると使えなくなるのかもしれませんが……
Re:グラフ可視化ソフト (スコア:1)
ノード数が1000を超えるあたりから、既存のツールはボロボロ脱落して いきますね(応答性という観点では)。 私の場合はTouchGraph [touchgraph.com]が候補 だったのですが、1000~2000ノードは出したいという要求には合いませんで、 結局自分で作りました。ブロック分割してカットオフするなど、 いろいろ盛り込みましたが、そろそろSMPマシン向けに、計算を分割する事を 考えねばらならない状況です。
もっとも、あらかじめグラフを階層化するなどして、 グラフの(描画)密度を下げるなどの前処理がやはり不可欠です。 私の場合、4000万ノード→100万ノードにクラスタリング→ 1000ノード程度の部分グラフを抽出、といった形をとっています。
参照先: Web Community Browser [titech.ac.jp]
Re:グラフ可視化ソフト (スコア:1)
平面グラフの列挙とかもしているので、テストデータの作成 (列挙されているので作成する必要がほとんど無い)
とかは楽です。
プラグインとかも作れるとのこと。
#中野研究室と非常に深い関係があるのですが、あえてID
Re:グラフ可視化ソフト (スコア:0)