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バイオインフォマティクスプログラミングコンテスト BIP2004開催」記事へのコメント

  • 最近のどのバイオの研究発表会なんかに行っても、必ず最後は「これからはバイオとITの融合が必要です」という一言が締めくくりになることがとても多いのです。一方、「これからのITはバイオだ!」と言うようなことはあまり聞くことがない。

    つまり、バイオからITに対しての「片思い」がすごい。

    でも、その片思いをしているバイオの先生方は、ITの業界もバイオの業界のように「論文」「権威」「学会」だけが重視されている世界と勘違いしている。それにSEとプログラマの区別もつかないくらい、ITの業界を知らないし、知りたいとも思っていない。

    バイオの先生方の下心としては、ITのバブルが起きたようにバイオのバブルも起こって、センセイ方のフトコロも、ちょっとはあっためてもらいたい、という感じですね。本当はそうあってほしかったのに、ITバブルの収束とともにバイオバブルもなくなり、さらにSeptember11で食い詰めかかっているんだよね。

    ゆえに、タイミングの悪さもあって、大変にお気の毒なんだけど、特に日本のバイオはITとの融合も果たすことができず、センセイ方のフトコロも温まらず、ということで、ここ数十年はガマンしてもらうしかないと思います。

    そんなこんなでバイオでは「ITの人材、来たれ!(ホンネはITのお金来たれ!なんだが)」と言うのだけれども、お金にならないことがわかってるから、普通は行かない。

    現実はキビシイ。
    • by nekonyan (3158) on 2004年02月14日 20時27分 (#495784) 日記
      > つまり、バイオからITに対しての「片思い」がすごい。

      口ではいかようにも言うけれども根本では信用していないからなあ。
      上がITなんて信用していないから結局は人海戦術を要求されたし。
      一個一個遺伝子を調べていくことよりも一度に大量に処理するやり方に移っているから
      考えも改められるだろうけれども当分はぶつかり合いが続くのでしょう。

      /* 学生時代には大量のシーケンスデータを加工処理したり、
            そこからPCRプライマーセットを自動作成するプログラムを作っていたけれど
            遊んでいるように思われていて心外だった。確かに前科はあるんだけど(笑) */
      親コメント
      • by Futaro (2025) on 2004年02月14日 20時53分 (#495801) ホームページ 日記
        > 一個一個遺伝子を調べていくことよりも一度に大量に処理するやり方に移っているから

        現在、既に米国での研究の主流は、ゲノムの解析のみならず、それを細胞レベルで観察した時系列の大量データで観察して、統計的処理でそれぞれの事象のかかわりあいを探す、という「ネットワーク解析」に移りつつあるので、そうなると古いタイプのバイオのセンセイのやり方ではなんともしようがなくなるでしょう。もし、日本がこの流れについていけなければ、日本のライフサイエンスは沈没するだけ、と、私は見ていますけど。

        # ノバルティスの持つストレージは昨年初めごろの時点で既に1PBをとっくに越えたとか....
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    • なにやらバイオに対して個人的な恨みがあるように見受けられますが。

      >「これからはバイオとITの融合が必要です」

      間違ってないと思うけどなぁ。
      「ITとは手段であって目的ではない」という考えが前提ですけど。

      実際にバイオ(産業ではなく研究の方)業界を見ていると
      「この一次情報をうまく処理出来たら、きっと有用な(=お金になる可能性もある)二次、三次情報が取り出せるだろうに」
      と思う事が多々あります。そして、そのような可能性を秘めた一次情報は年々多くなっていってます。

      ただ、バイオの研究者は自分の研究で手一杯ですから
      >それにSEとプログラマの区別もつかないくらい、ITの業界を知らないし、
      >知りたいとも思っていない。
      それも当然で、知る必要もない。
      そんなこと勉強してる暇があれば、論文読め、実験しろ、と。

      ♯広く知識を持つ事は良い事ですが、深い専門知識が必要な業界では、
      ♯専門知識を深める方が優先されます。

      問題は、バイオとITの間をとりもつ人間がいないことだと思います。
      「お金にならない」のではなく「お金にする方法を知ってる人間」がいない。
      いわば「コンサルタント(うさんくさいなぁ)」の不在が問題。

      アメリカは、まだましなんですけどね。
      ゲノム関連のベンチャーがそれなりに成功をおさめてきてるのを見てもわかる通り。

      かたや日本は
      >お金にならないことがわかってるから、普通は行かない。
      こういう理解ですからね。

      (私の狭い理解の範囲では)日本のITバブルの時には『IT』が手段ではなく目的になってましたけどね。売り込む方も買う方も。
      それゆえ、バイオ業界の持つ情報、IT業界の人材&能力を活かす事が出来なかったのではないでしょうか?
      親コメント
      • >それも当然で、知る必要もない。
        >そんなこと勉強してる暇があれば、論文読め、実験しろ、と。
        >♯広く知識を持つ事は良い事ですが、深い専門知識が必要な業界では、
        >♯専門知識を深める方が優先されます。
        >問題は、バイオとITの間をとりもつ人間がいないことだと思います。

        なんでもそうですが、双方の広い知識をもってないと、仲介はできなのでそれを否定すると仲介する人材は生まれてこないと...

        仲介者が持たなければならない条件を否定して、その仲介者のみをほしがるのはどうでしょう?
        そしてこれが双方の業界に起こっているのなら、一生仲介者は生まれない気がするのですが..

        #それぞれ必要な、深い知識を持ってる人に仲介するのが、仲介者ですよね?
        親コメント
      • > そんなこと勉強してる暇があれば、論文読め、実験しろ、と。

        勉強、というほどのことはない程度の常識的な話だと思うが。もっとも、その程度のことをちゃんと教えないIT側の人も困る。

        > いわば「コンサルタント(うさんくさいなぁ)」の不在が問題。

        コンサルタントは、それが「短期的に」お金になればいつでも出てくる。でも、バイオの研究はタームの長いものが多い。すぐにお金になるものが少ない。でも、その中でも米国の研究は研究自体にお金のかかりかたが違う。だから、日本よりも「お金」に近い研究が非常に多い。

        > ゲノム関連のベンチャーが
        • 全体として何が言いたいのか、よくわからないですね。

          例えば
          「でも、その中でも米国の研究は研究自体にお金のかかりかたが違う。」

          「だから、日本よりも「お金」に近い研究が非常に多い。」
          がどう繋がるのかわからない。

          上場までこぎつけるのはだいたい3/1000と言われているから、まさに死屍累々の上の偶然に近い。成功したところは「たまたま成功した」といえなくもない確率。
          偶然かも知れないし、成功するほどのアイディアを持っていたのがその程度なのかも知れないし、その両方かもしれない。
          大手に吸収されることが必ずしも失敗とも言えない。
          日本の「ほぼ皆無」と比べれば「それなりの成功」だと思ってますが。

          それにね、
          少ないサンプルのみを取り出して全体が「成功した」といえるかどうか。
          そんなことを言ってるつもりはありません。
          「アメリカはまだまし」って書きましたよね。
          決して「アメリカのバイオベンチャーはすべからく成功をおさめている」とも「一部が成功してるからOK」とも書いてませんよ。

          ITが相手にしている「業界(学会?)」は、バイオだけではない。むしろバイオはITが相手にしている業界のごく小さな「部分」でしかない。
          当然でしょうね。
          バイオだけでなく、多くの分野に有効な「手段」ですから。

          もっと早く大きなお金になる業界があれば、そちらになびくのは仕方ないと思うが。
          当然でしょうね。
          私が言っているのは「バイオが金にならないのではなく、金になる方法を示すことが出来る人間がいない」って事です。

          バイオの業界よりもはるかに多くの人数がこの仕事に携わっている。
          だから何だとおっしゃりたいのですか?
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    • バイオからITに対しての「片思い」がすごい

      僕は逆に IT からバイオへの「片思い」を感じます. 昨年 12月に所謂「ばいおいんふぉまてぃくす」の学会があったのですが, 「バイオ」としてはお話にならない発表が物凄く多かったように 感じました.逆に分子生物学会の分科会では「バイオ」として 面白い IT 系発表が多かったように思います. ただし,IT として面白いのかどうかは良く分からなかった.

      バイオ的にあるとうれしい IT 基盤ってのがあるのは確かだし, バイオの幸せな共生関係も可能だと思うんだけど, 現状は IT な人が興味を引く部分と バイオな人が興味を引く部分にズレがあるために, お互いがお互いを胡散臭く見ているように思えます.

      BIP2004 に関しては,課題 2 がバイオ的には 面白くないものに感じられました.たんぱく質っぽい部分の 抽出にとどまらず,LocusID の付与あたりまでできると バイオ的に面白くなりそうなんだけどね.
      # 乱文失礼

      --
      Koichi
      親コメント
      • BIP2004 に関しては,課題 2 がバイオ的には 面白くないものに感じられました.たんぱく質っぽい部分の抽出にとどまらず,LocusID の付与あたりまでできるとバイオ的に面白くなりそうなんだけどね.
        PubMedあたりに組み込まれるとありがたいかもしれないですね。もちろん精度によりけりですが。
        親コメント
      • by Anonymous Coward on 2004年02月15日 1時55分 (#495959)
        昨年 12月に所謂「ばいおいんふぉまてぃくす」の学会があった
        はて、12月って有名なのありましたっけ?1月だとPSBだが(PSBもハワイに行くのが目的で出すような所で、IT系の場合質的にしょうもない論文が多い、あんまり大したことない学会だけど)。
        逆に分子生物学会の分科会では「バイオ」として面白い IT 系発表が多かったように思います.ただし,IT として面白いのかどうかは良く分からなかった.
        IT系の学会でやけにバイオインフォマティクスっぽい容を発表し、またバイオ系の学会でやけにITよりの発表をして業績を稼いでる輩がいますね。論文の数だけは増えるが内容はどっちつかず。結果として両方の世界からまともに相手にされない。

        バイオ系学会で発表されるIT系論文は、本当に難しい問題に正面から取り組んでいるものを除くと、アルゴリズムや技術的にはひどいもの(もともと簡単に解ける問題にしか取り組まない、そもそも問題の設定が有用とは思えない、発想が単純、既知の手法なのに関連研究の事前調査が不足して新規と主張、技術的な面の評価が偏向していて一方的、等々)が多いっす。それを見抜けず通してしまう、おそらくITのバックグラウンドを持たない査読者たちにも哀しいものがありますがね。

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        • 12月の学会ってのはGIW2003 のことです.それはともかく

          アルゴリズムや技術的にはひどいもの(もともと簡単に解ける問題にしか取り組まない
          現状の問題って,上記に集約されていると思う. つまり,バイオな人の IT に求める技術って実は 大したことは無い・IT 論文のネタには成り立たないものが多いのです. 極端に言えばバイオな人はアルゴリズム・(IT)技術には 興味は無く,生物学的に何が分かるのかに興味があるので, どんなにアルゴリズムが稚拙で技術的に酷い IT 系論文・発表でも生物学的に新しい・面白い知見が得られていれば 査読者は通しちゃいます. 一方,IT な人はアルゴリズム・技術に興味があって 生物学的なところには興味が薄い様に思えます. 良く例に挙げられる BLAST やデータベースは 両者の興味が幸運にも同じ方向を向いていたのだと思う.

          バイオな人の興味と IT な人の興味が同じ方向を向く 別のアプリケーションってのは無いのかなぁ? (IT の)アルゴリズム・技術的には面白くないけど, 実現したらバイオ的にはハッピーなトピックは いくつかあるんだけどね.

          --
          Koichi
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      • バイオからITに対しての「片思い」がすごい


        僕は逆に IT からバイオへの「片思い」を感じます.


        結局のところ,バイオ側の研究者の中にも,IT側(統計などもまた然り)の研究者の中にも
        お互いが「自分がのび太,相手がドラえもん」だと思っている人間が
        相当数いるところに問題があるのでは,と思います.
        「たとえ相方が途中でいなくなっても1人で仕事をやり遂げられる」
        くらいまで相手の考えを理解できる人でないと
        この例に限らず,こういった学際的な研究は難しいでしょう.
        そしてそういった努力目標を掲げるだけでなく,協同作業の環境の中に
        ある種のプロジェクトの組織としてのロバスト性を持たせるには,
        ということを考える必要があるかもしれません.
        たとえばオントロジー構築による知識共有の促進は1つの方法かもしれませんが,
        それだけではまだ何かが足りないと個人的には考えています.

        BIPにしても,単なるプログラマの発掘で終わってはまずいでしょう.
        もっとも,純粋なプログラミングとしての興味で参加する人は
        それほどいないと思われるので,無駄にはならないと思いますが.
        親コメント
    • ITって単に情報解析や情報収集の事でしょう?
      だから現在のバイオの核であろう(?独断で偏見)ゲノムの解析にはITが重要だって言っているだけでは?
      # 情報の分析が必要の無い分野なんて無いでしょう?

      本来ITってのは情報を扱うってだけの分野なだけのはずなのだから、
      ITのお金来たれ
      • by Futaro (2025) on 2004年02月14日 20時44分 (#495796) ホームページ 日記
        > ITのお金来たれって言うのは変な気がする。

        本当にその通りです。

        でも、バイオのセンセイたちのうち、特に質の悪いのが、ITバブルのときそれを横目で見て内心よだれたらしてた人がかなりいたんですよ。ああ、俺たちの分野にもあんな投資が来ないかなー、って。で、それがいまだに尾を引いていて、政府が「今年はライフサイエンスを重点分野に」なんて言い出すと、待ってましたとばかり予算要求始めるんですね。なんかこんな姿見てると「さもしい」って、言葉が浮かんできてしまって。。。。

        あと、新薬の開発は試験も含めて平均で15年かかる、と言われてます。ITに比べて成果が出てくるまでのタームが非常に長い。本当は地道な貧乏も必要な分野なんですけどね。なかなか人間というのは隣の芝生が青く見えるのはしょうがない、ということで。
        親コメント

あと、僕は馬鹿なことをするのは嫌いですよ (わざとやるとき以外は)。-- Larry Wall

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