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バイオインフォマティクスプログラミングコンテスト BIP2004開催」記事へのコメント

  • slashdot的に楽しもう (スコア:1, おもしろおかしい)

    by harahara (20512) on 2004年02月15日 16時10分 (#496161)

    アメリカのBioinformatics研究層の厚みに比べて、日本のそれは質・量とも非常に薄いと評されてきたので、昨年"BIP2003"が公募されたときにはこの国のバイオ学会もいよいよ危機意識を顕にしてきたのだと頼もしく感じられた。

    情報処理の専門分野でアルゴリズムの探求を日々余儀なくされている(?)技術者の個人的余技に溢れた殴り込みがあるかも…と成果の発表を楽しみにもしていた。

    だから発表の結果が由緒正しき出処の方々で占められていたのには少々物足りなさを感じさせられもした。とはいえそれは課題が研究の最前線における真に重要で意義深いテーマであることの証左でもあるのだが…。

    だが審査委員の一人が政府の別のプロジェクトに公募されてきた書類をどのように審査していたかを詳しく知る程度の位置にあった者から言えば、このイベントはある種の胡散臭さも確かに否定できないところなのだ。せいぜいよくいって世知辛さといったところだろうか。

    実際問題、応募の告知から締め切りまでの期間の長さ(短さ)は、それぞれの課題の基盤となる研究で既にある程度結果を得ている研究室に審査対象を限定する方便ではないだろうかと考えた方はおられないだろうか。

    逆にいえば審査したい対象となる研究者が審査委員たちの念頭に既にあればバイオロジー的に意義深い課題の選定も自ずと決まってくるのではないのか。

    課題が発表されたのち、これにプロポーズする目的で研究を開始する技術者や研究室など現実問題として皆無なのではないか。

    もしこれが審査委員マフィア、実際この顔ぶれはこの国でこの領域の研究費配分を牛耳るマフィアなのだが…、によるSystematicで見栄えの良い御手盛り(最新型高性能パソコンの授与のことではない)なら、その審査形式はこれほど彼らに都合の良いものはない。

    まず第一に受賞者以外の研究アプローチが公表されないなら、受賞には及ばないまでもユニークな切り口のあるレポートが仮にあったとして、それは予定された対象者と審査委員に繋がりを持つ研究室の今後の研究課題に供されるのみである。

    ITの世界では情報の囲い込みよりも、その独自の解釈とユニークな応用が死命を制することが稀でない。情報の囲い込みが実際難しいという面に後押しされるがために急速な発展を余儀なくされるのだが。

    だがバイオの世界、とりわけ学術学会のシンジケートでは"情報を囲い込むこと"が主要な命題となっている。ウェットな分野では研究費の獲得具合によって実験そのものが立ち行かなくなるのでとりわけ深刻となる。いきおい"審査"に与る人脈ネットワークに基づいたマフィアが形成される。そしてその意味においてBIPの審査委員たちはそれぞれが生物情報処理の"ビッグボス"と言える。

    だがウェットな研究分野の慣例をBioinformaticsに自然体で適用する姿はどうだろう。

    第二には応募されてきたレポートのアプローチが、予定調和的に準備された対象者よりも真に優れていた結果、受賞対象に挙げられたとしても、先行する対象者のグループはそのアプローチを実際的にはパテントの心配無しに気軽に彼らの専門分野に利用できる点にある。


    「今年の1月7日から開催されている」


    「どなたでも参加できます」
    「応募締切 2004年 3月31日」
    「8月開催予定の特定領域研究ゲノム合同班会議 表彰式で公表されます」
    「表彰式以前に特許申請を行なって下さい」

    つまり「レポートを提出するどなたでも特許申請を行っておいてください」ということだろうか。だが予定調和された対象者がいれば何も問題は無い。

    もちろん他の研究結果を取り入れるのは科学の正当な行為といえる。しかし非対称な仕掛けを用意しおくことについてはどの程度まで正当だろうか。

    当初から受賞対象が既に審査委員の念頭に置かれているのは間違いが無い。それは例えばアカデミックなポストを学術誌で公募しても、意中の人物には既に根回しが済んでいる程度にありきたりな現実なのかもしれない。公募したものの学術的に一定水準に達している応募が皆無だったら…という現実的な心配もある。

    ならばslashdotとして落とし処の対象者を予測する公募があったとしても、同様に意義深いのではと考える次第である。


    問題1

    アルゴリズムが既に存在している。

    http://www.google.co.jp/search?sourceid=navclient&hl=ja&ie=UTF-8&oe=UTF-8&q=%E5%A4%9A%E9%A0%BB%E5%BA%A6%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E3%83%91%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%81%AE%E5%AE%8C%E5%85%A8%E3%81%AA%E9%AB%98%E9%80%9F%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%83%8B%E3%83%B3%E3%82%B0%E6%89%8B%E6%B3%95

    http://www.google.co.jp/search?hl=ja&ie=UTF-8&oe=UTF-8&q=%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E3%83%91%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%B3+%E5%A4%A7%E9%98%AA%E5%A4%A7%E5%AD%A6%E7%94%A3%E6%A5%AD%E7%A7%91%E5%AD%A6&lr=

    特に人工知能学会誌にはアルゴリズムの詳細が日本語で紹介されている。

    人工知能学会分子生物情報研究会(SIGMBI)は日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)と連携があり、JSBiの役員はBIPの審査員と事実上同一である(名前が異なっていても兄弟舟関係にある研究者同士で席を持ち回っている)。

    以上より純粋なバイオ出身ではないものの受賞の資格は十分とみる。


    問題2

    ITの世界ではWEB検索を主要ターゲットとして研究されてきた分野のため関連技術からの応募を予想しがちだが、実は予想される落とし処は

    http://www.jij.co.jp/news/bio/art-20031120190221-LAPEFQDFZT.nwc

    のグループではなかろうか。東大先端研の井原・油谷教授らはなんといってもバイオの御仲間(GIW/etc.)で由緒も正しくパテントの実務処理も準備OKな気配を強くする。


    問題3

    これは…この人一派のために用意された課題といえる。

    http://www.k.u-tokyo.ac.jp/bi/japanese/faculty/bio_info/asai_main.html

    もともとはアメリカの大学研究室から持ち帰った文脈自由文法を利用するアルゴリズムなのですが、日本ではこの人のお家芸ということになっている。

    http://www.cbrc.jp/~asai/CB.U-TOKYO/lec-note2003-06.pdf

    筑波から東大に移られていたのですね。もちろん資格十分でしょう。

    • by Anonymous Coward on 2004年02月16日 18時00分 (#496761)
      ネタとしては面白いけど、マジレスすると、あんまり最前線の研究者が応募すると一般参加者とレベルが違いすぎるので応募しないでくれと言われています。私は末端に居るのでどのへんの研究室までダメって言われているのかは知りませんけど。

      #応募禁止の研究室に所属しているのでAC
      親コメント
      • > どのへんの研究室まで

         盃交わしてるの公然と知られてるところまで。。ですかね? :-)

            学会の発表では自分の在籍してる研究室の先生が座長やってると、
        研究発表の申請は慣習としてしないですよね。似た事情でしょうか。
        • 日本のライフサイエンスというのは、まともな競争もなく、衰退し、世界のバイオから遅れていくんだね。納得。
          • コンテストの競争と学問的な競争はまた別ですよ。そもそも今までバイオに興味が無かった人たちに少しでも興味を持ってもらおう、裾野を広げようというのがコンテストの趣旨ですから既に興味を持ってバリバリ前線で研究をしている人がコンテストに応募しても一般参加者が面白くないでしょう。

            そう

            • >今までバイオに興味が無かった人たちに少しでも興味を持ってもらおう、裾野を広げようというのがコンテストの趣旨です

              美しいマクラと都合の良い現実とがこの国のこの研究領域の先行きを暗示している・・。

              >直接主催者に伝えておきますよ。
              • > 内部におられるとやはり自分で疑問を感じることもなくなってくるんですね。

                つーかね、完全に自意識過剰でしょ、大元のコメントにしゃあしゃあと

                あんまり最前線の研究者が応募すると一般参加者とレベルが違いすぎるので応募しないでくれと言われています。

                なんて書いてるけど。日本の場合、IT系でも生物系でもどっちからもきちんと相手にしてもらえないような研究が「

      • でかい口たたくスラド厨には是非コンテストにも参加してもらうとして、
        定量評価の問3だけど、一般参加者の俺がやると1秒かかんないんだけどどうよ?最前線君
    • 参考になりすぎる。
    • いろいろ長く書いてあるけど、結局

      デキレース

      ということだね。

アレゲは一日にしてならず -- アレゲ研究家

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