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バイオインフォマティクスプログラミングコンテスト BIP2004開催」記事へのコメント

  • 先月 日記に書いた [srad.jp]ときにはこの話が出てきたら少し毒でも吐こうかと思っていましたが、
    トピックとは関係ない部分でも悪態をつく人が多いようなので辟易して止めます。

    このコンテストの審査員が文科省関連の方が多いのは主催(というか予算の流れ)
    からみても当たり前で、表彰式の行われる会場では文科省の方がスピーチをしたり
    するわけです。

    IT関連の人材発掘のために行われているように勘違いされている方も多いようです
    が、実際のところはこのコンテストの課題は現実に生物学における大量のデータ処
    理を行うに当たって必要な技術が求められており、これから生物学を志す学生や若
    --
    kaho
    • ここにぶらさげます。

      ウェットな実験をやっている立場からすると、正直、いわゆる「システムバイオロジー」の恩恵にこそあんまり期待してなかったりします。どっちかというと元データを捻出する側ですから。
      #ある意味、理論物理と実験物理との違いに似てるかも。

      それにシステムバイオロジーに組み込まれて、かつ信頼できる結果が出てくるほどの予測結果ならば、システムバイオロジーに頼らずとも辿り着ける可能性が大きいわけで。そこに至ってない部分を明らかにするのがこちらの仕事ですから。

      そういう意味では、むしろ旧来ながらのバイオ
      • 私は以前ウェットな実験をしていて今はドライの方なので、y_tambeさんのおっしゃ
        ることはよくわかります。
        実際、バイオインフォマティクス(このトピックにあわせてこちらの用語を使いま
        す)はまだウェットの実験の結果を使って解析したり新しい手法を開発したりとい
        う段階でそこからのフィードバックはまだまだですね。
        これは必ずしも日本には限りません。

        それはまだ信頼性のある結果を出せないドライ側の問題が大きいわけですが、お互
        いの意思の疎通を図るための様式というか言葉の問題が大きいように思うのですが
        それは研究の対象にはしにくいし、どうとりかかったらいいのかもよく
        --
        kaho
        • >その通りだと思います。BLASTがいい例ですよね。そういう意味で

          BLASTがいちばんの成功例だというのは揺るぎない真実だと思います。ただし、個人的には(自分がやってることもあって)タンパク質質量解析データベースがとても興味深いです。田中耕一氏のノーベル賞受賞で有名になったMALDI-TOF/MSによるペプチドMSフィンガープリント法の解析に使うやつです。

          原理として簡単に言うと、未知タンパク質の試料をトリプシンで消化してその断片の質量を測定するもので、トリプシンがどのアミノ酸のところで切断するかが判っているから、タンパク質データベースにあるアミノ酸配列を切ったときに出来ると予想されるペプチド断片の質量との比較で試料を推定するというものです。

          (実際には末端修飾とかいろいろ条件が付加されるけど)アルゴリズム的にはそこまで高度なものではなくても、タンパク質のアミノ酸配列から(あるいは翻訳前の核酸データベースからでも)、既存の膨大で信頼できるデータをそのまま流用できるというのが、即、実用につながった勝因なのだと思いますね。

          また、アルゴリズムの違いに依存したのでしょうが、オンラインでやっている複数のサービスで結果に差が出てくるのもユニークでした。例えばMS-FIT [ucsf.edu]ではfalse positiveが多いが見落としが少ないが、Mascot [matrixscience.com]ではその逆だ、とか。

          #結局は両方使うんですけどね。
          親コメント

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