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バイオインフォマティクスプログラミングコンテスト BIP2004開催」記事へのコメント

  • 先月 日記に書いた [srad.jp]ときにはこの話が出てきたら少し毒でも吐こうかと思っていましたが、
    トピックとは関係ない部分でも悪態をつく人が多いようなので辟易して止めます。

    このコンテストの審査員が文科省関連の方が多いのは主催(というか予算の流れ)
    からみても当たり前で、表彰式の行われる会場では文科省の方がスピーチをしたり
    するわけです。

    IT関連の人材発掘のために行われているように勘違いされている方も多いようです
    が、実際のところはこのコンテストの課題は現実に生物学における大量のデータ処
    理を行うに当たって必要な技術が求められており、これから生物学を志す学生や若
    --
    kaho
    • ここにぶらさげます。

      ウェットな実験をやっている立場からすると、正直、いわゆる「システムバイオロジー」の恩恵にこそあんまり期待してなかったりします。どっちかというと元データを捻出する側ですから。
      #ある意味、理論物理と実験物理との違いに似てるかも。

      それにシステムバイオロジーに組み込まれて、かつ信頼できる結果が出てくるほどの予測結果ならば、システムバイオロジーに頼らずとも辿り着ける可能性が大きいわけで。そこに至ってない部分を明らかにするのがこちらの仕事ですから。

      そういう意味では、むしろ旧来ながらのバイオ
      • 私は以前ウェットな実験をしていて今はドライの方なので、y_tambeさんのおっしゃ
        ることはよくわかります。
        実際、バイオインフォマティクス(このトピックにあわせてこちらの用語を使いま
        す)はまだウェットの実験の結果を使って解析したり新しい手法を開発したりとい
        う段階でそこからのフィードバックはまだまだですね。
        これは必ずしも日本には限りません。

        それはまだ信頼性のある結果を出せないドライ側の問題が大きいわけですが、お互
        いの意思の疎通を図るための様式というか言葉の問題が大きいように思うのですが
        それは研究の対象にはしにくいし、どうとりかかったらいいのかもよく
        --
        kaho
        • >でもRNAiの作動原理が分子レベルで解明されているとは限らない上に分子レベル
          >からのシミュレーションには複雑すぎるのでそういうシステムを構築するために
          >は多くの「失敗データ」を体系的に解析するしかないと思います
          (SNIP)
          >> #まぁ実際、やってる企業は社内に独自のデータベースとアルゴリズムを持っ >> ててデザインしてるわけなんですが。
          >うーん、日本の製薬会社はどうなんでしょうね。

          RNAi,siRNAだと、世界的な最大手がB-Bridge [b-bridge.com](リンク先はB-Bridgeジャパン)なのですが、ここが実際にそういうやり方をやってます。自社で蓄積したデータを元に予測から作成までを行ってて、立体構造的な理由などで元が難しいものでなければ、まず有効なものを作ってくれます。
          ただし当然、社内データは外部には完全非公開、会員登録すれば一部が利用できる、という感じのようです(というのは、登録してないから聞きかじっただけなのですが)

          上のコメントで「今、現在」と強調してるのは、そこらへんの理由もあって、これから後発でスタートさせてもまず既存のものに競合するのが難しいし、またそれまでにもっと新しいシステムが出来てくる可能性が高いんじゃないかと思ってるからです。
          親コメント

ハッカーとクラッカーの違い。大してないと思います -- あるアレゲ

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