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P2Pでカルテを共有」記事へのコメント

  • バイオインフォマティックスの分野の方がP2Pの長所を生かせると思います。

    現在ゲノムのデータベースは世界でも3箇所にしか存在していません。アメリカのNCBI [nih.gov]、
    ヨーロッパのEMBL [embl.org]、そして日本のDDBJ [nig.ac.jp]だけです。バイオインフォマティックスや
    ジェノミックスの講義を取った時、データベースからゲノム配列のデータを検索・ダウンロードしたり、
    BLASTやEntrezなどのサー
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    「早くアレゲになりた〜い」by エセあれげ人間
    • >BLASTやEntrezなどのサービスを利用するのにタイムアウトの連続でした。

      む?
      Entrezは文献情報でNCBIを使っている限りタイムアウトの連続はあまりないと思うのですが
      BLASTでタイムアウトが発生してしまうのはDDBJのシステムの問題か投げた配列があまりに
      も長い配列だったり対象データベースを欲張った場合だけだと思います.
      asmodeus_mtさんがシステムを利用したのがどの時期かにもよると思いますが.

      またBLASTはソフトウェアが公開されており,配列データもFTPで入手できるので自前で構築
      することは容易なのです.(多少のUNIXと英語の知識があれば)
      なのでWEB
      --
      kaho
      • by Anonymous Coward
        バイオ屋さんって、さかんにIT屋さんにラブコール送るんだけど、結局はガクシャの狭い世界だし、簡単に短期間にお金にならないものがあまりに多いので、商売になかなかつながらず、結局はいまだに片思いで終わってるんだよね。

        IT屋さんからして見れば「はてしなく儲からないわりにうるさい人たちが多い分野」だから、赤字覚悟でないとできない。

        突出したゲノム関連研究はごく一部でやっていて、それも米国の研究所や製薬企業の膨大な研究量のごく一部。某独立行政法人の研究所ののアノテーションとかバイオインフォマティクス、システムズバイオロジーなんて国内じゃえ
        • えーと,これ,私に対する返信じゃないですよね?
          こういう経済雑誌レベルの批判はもう聞き飽きているので正直「やれやれ」と思いますが,

          >バイオ屋さんって、さかんにIT屋さんにラブコール送るんだけど

          >IT屋さんからして見れば「はてしなく儲からないわりにうるさい人たちが多い分野」だから、赤字覚悟でないとできない。

          >国内じゃえらそうなこと言ってるけど、国外に出ればどうってことない研究が多い。

          いやまあその通りの部分もありますけれど,これらに対応するような発言を私はしていませんし,
          #614282 [srad.jp]さんがみているのも,すごく狭い世界のような気がします.
          それこそ,「ラブコール送」っている人だけじゃないかと.

          能力があってちゃんとやっている人はIT屋さんにラブコール送るような馬鹿なことはしません.
          せいぜいウェブサイトの構築を頼むくらいで,自分でアルゴリズムを開発してコードを書いた
          方がずっと速いし正確だし,新しい課題も見えるので.

          別にバイオ分野を代表して擁護しなければならない義理は何もないですが,IT屋にバイオを
          学ばせるよりも生物屋にプログラムを学ばせた方が大抵はものになります.まずもって文献が
          読めないことが多いので.

          >いまだにBLASTが頼りの研究じゃ後追いばかり。

          BLASTなどのホモロジー検索は対象となるデータベースによって全く異なる結果を得ることが
          できますので,BLAST頼りの研究が後追いになるという根拠が全く分かりません.
          「OS頼りのプログラムはオリジナリティがない」「携帯頼りのビジネスはもう陳腐だ」みたいなもの?

          私が元コメントで言ったように自分でBLASTをインストールすれば,データベース自体を
          オリジナルなものに編集することができるので,BLASTの講義をする講座があるのなら,
          是非BLASTのインストールも講義して欲しいと思っています.まあ,そこまでのニュアンスは
          伝わらなかったでしょうが.
          --
          kaho
          親コメント

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