BLASTと比較してどれくらい速い？ (#996011) | ヒトゲノム全体を最速4秒で検索する新システム | スラド

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「ヒトゲノム全体を最速4秒で検索する新システム」記事へのコメント

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BLASTと比較してどれくらい速い？ (スコア:2, 興味深い)

by Anonymous Coward on 2006年08月13日 20時47分 (#996011)

ゲノムの相同性検索ではNCBI BLAST [nih.gov](Debianパッケージ [debian.org])およびその亜流のアルゴリズム・ソフトが業界標準として使われています。同じクエリを投げてどれくらい違うのか知りたいです。
- Re:BLASTと比較してどれくらい速い？ (スコア:0)
  
  by Anonymous Coward
  
  "亜流"に含まれるが、現状BLAT [ucsc.edu]が断然早く周囲では標準になりつつある気がする。
- Re:BLASTと比較してどれくらい速い？ (スコア:0)
  
  by Anonymous Coward
  
  確かに、BLASTパッケージの中にmegablastはあるけど、ゲノム配列が対象ならSSAHAとか別の手段を使うんじゃないのかな？BLASTはBasic Local Alignment Search Toolなので、ゲノムのような長い配列を使う場合は必ずしも標準ではないと思うのだけど ...

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