「ヒトゲノム全体を最速4秒で検索する新システム」記事へのコメント

検索専用とは

[Anonymous Coward]

>ゲノム検索専用のハードウェアを ってところに少し興味を惹かれますね。他の検索にも使えたりしないのかな？

Re:検索専用とは

[Anonymous Coward]

>他の検索にも使えたりしないのかな？
遅すぎて使う意味ないかも。
960Mbase/secってせいぜい0.5GB/secでしょ。
オンメモリならPCレベルにもなってない。

Re:検索専用とは

[Anonymous Coward]

Mbase≠Mbit。
日本語で書くと、9億6千万塩基対/秒。
絵的に描くと、
ATCGGTTC…
||||||||　　to 9億6千万pair。
TAGCCAAG…

因みに、塩基配列で言う所の検索とは、同一物を探してくるのでななく、類似物を探してくるので、通常のDBと同等に考えてはいけない。ような気がする。

クエリー配列には余計なギャップが含まれていることもあるし、色々な事情で紛らわしい配列もある。良く分からん配列もある。AともCとも言えぬ配列もある。
そんなんで色々と大変。なような気がする。

じゃあ、300Mbase/4秒は早いのか。
実をいうと、良く分からない。
私の斜め横に、PCベース(on HDD)のソレがあるのだけれど、私は使ったことがない。
ただ、前他人が使っているのを見た限りでは、0.4Mbaseの配列検索中にお茶を飲んでいたので、本当はもっとうんと時間が掛かるモノなのかも知れない。
たまたま、使っている人がその時、お茶を飲みたかっただけなのかもしれない。

分かりよく言うと、上の説明を読んで、どれだけ記述が確かなのかを960M文字/secで判断するような、まあそんな仕事ですよ。生き物相手ってのは。

#しかし、曲がりなりにもDB、それも機密性が必要である可能性が高いデータを扱うのに、USBって…。あーた。

Re:検索専用とは

[Anonymous Coward]

> Mbase≠Mbit。
> 日本語で書くと、9億6千万塩基対/秒。

A,G,C,T の 4 種類だから、 1base は最大 2bit ですね。
偏りがあればもっと小さくなるけど。

Re:検索専用とは

[Anonymous Coward]

UとかあるのはRNAでしたっけ？
undefined的なものもあるわけなんで，
もう数ビットは少なくともいるんじゃないでしょうか．

Re:検索専用とは

[Anonymous Coward]

データベースに含まれているかどうかはわかりませんが、修飾といって、メチル基がくっついたりするので2ビットでは全然足りません。

メチル基は特定の遺伝子が使われないようにする目的でくっつけられているのではないかと考えられています。突然変異や世代交代を待たずに使用する遺伝子セットを切り替ているわけです。

Re:検索専用とは

[Anonymous Coward]

検索とメモリの転送速度の区別が出来ないヴァカﾊｹｰﾝ