まあ、私の質問はkahoさんに共犯者を名指せと言っているようなもので、もともと無理があったかもしれません。 丹羽さん作成のES細胞については、慶応大の吉村教授も同様に西川さんからの伝聞を挙げておられます。 >一番心配なのはすべてを合理的に説明できるESの混入だ(ESは胎盤にならないとされているが、西川先生の話では理研では胎盤にまでなれるESも開発されているらしい)。 http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350 [immunoreg.jp] しかし、一方で、若山さんは以前ネイチャーへの返信で、胎盤にまでなるのは小保方さんが作った幹細胞だけだと言明しておられます。そこが特徴だと。 >He also notes that the cells produced by Obokata are the only ones known — aside from those in newly fertilized embryos — to be able to produce, for example, placentas, so could not have been substituted cells. http://www.nature.com/news/acid-bath-stem-cell-study-under-investigati... [nature.com]
もしES細胞なら、その出所 (スコア:2)
もしES細胞あるいはそれにきわめて近いものが使われているとなった場合は、その出所もわかるのでしょうか?つまり、マウスES細胞を小保方さんが作れるとも思えない。現在は売ってもいるそうですが、買うには、前もって倫理委員会への申請とかいるのでは?そのES細胞がどこから出たものか、誰が渡したものかまで分かるようになっているのですか?
Re:もしES細胞なら、その出所 (スコア:1)
2chではこんな書き込みもありましたが・・・・・
685 : 名無しゲノムのクローンさん [] 2014/03/03(月) 23:03:33.46
ESを胎盤に分化させる事が出来たのが、共著者のniwaさんの仕事だと、
西川センセがニコ堂で言ってたね。
niwaさんの仕事が追試されただけだったりして...。
686 : 名無しゲノムのクローンさん [sage] 2014/03/03(月) 23:04:30.53
>>685
つーか、niwaさんのESを使えば再現できる時点で
やばやばなんだよな
共著者だしniwaさん
Re:もしES細胞なら、その出所 (スコア:1)
まあ、私の質問はkahoさんに共犯者を名指せと言っているようなもので、もともと無理があったかもしれません。
丹羽さん作成のES細胞については、慶応大の吉村教授も同様に西川さんからの伝聞を挙げておられます。
>一番心配なのはすべてを合理的に説明できるESの混入だ(ESは胎盤にならないとされているが、西川先生の話では理研では胎盤にまでなれるESも開発されているらしい)。
http://new.immunoreg.jp/modules/pico_boyaki/index.php?content_id=350 [immunoreg.jp]
しかし、一方で、若山さんは以前ネイチャーへの返信で、胎盤にまでなるのは小保方さんが作った幹細胞だけだと言明しておられます。そこが特徴だと。
>He also notes that the cells produced by Obokata are the only ones known — aside from those in newly fertilized embryos — to be able to produce, for example, placentas, so could not have been substituted cells.
http://www.nature.com/news/acid-bath-stem-cell-study-under-investigati... [nature.com]
このふたつの命題を両方成り立たせるためには、小保方=丹羽でないとならない。それがプロトコールのコレスポが丹羽さんだったことの理由でもあるんですかね。先走りました。
ES細胞は本当に胎盤にまでなるのか? (スコア:1)
上記に関連しますが、丹羽さんやケンブリッジ大スラニー?のES細胞が胎盤にまでなるというのはすでに科学的成果として確認された事実なのでしょうか?上記の吉村さんや西川さんの言い方ではまだ伝聞や第一報告にすぎないようにも聞こえるのですが。
こうなってくると、そっちも捏造ではないかと疑わない理由はありません。
>STAP細胞はiPS細胞やES細胞ではほとんど作れない胎盤にもなる
(理研外部評価委員スミス・ケンブリッジ大教授)
http://apital.asahi.com/article/story/2014030600005.html [asahi.com]
ES細胞は胎盤にもなる、ならない、どっちの言説もまだ流通しているように見えます。しかも、なる派もならない派も、ちょっとだけなる、ほとんどならないみたいなあいまな表現。もうー、全員詐欺師か?
ここにきて、このSTAP論文騒動の背景にはiPS派とES派の争いがあることだ段々分かってきているので、「ESの優位性」を示す言明については厳しく問わねばなりません。
Re:もしES細胞なら、その出所 (スコア:1)
自己レスです。3月14日の会見によると、マウスES細胞は特別な管理はしていない、誰でも持ち出せる状態だったみたいですね。
以前の方法#2でもクラスタリングは分かれてました (スコア:2, 興味深い)
私は専門外ですがkahoさんの説得力ある解析に興味を持って勉強中です.最初にkahoさんが示された方法でTCR alpha, TCR beta付近の数Mbpの範囲をみるだけでも,CD45+だけが特別でES/STAP-SC/low-ph処理の3個はかなりちかい(とくにESとSTAP-SCが近い)というのはクラスタリングでみえました.今回のCNV解析はゲノムワイド調べて,もっと確実に判定したいという方向でしょうか.
TCR alphaはposition=54,000,000付近,TCR betaはposition=41,500,000付近をみるとCD45+だけ下がっていて,このプロットの範囲のデータでクラスタリングするときれいに分かれました.図を4枚添付します.
http://postimg.org/image/tizwl3me7/ [postimg.org]
http://postimg.org/image/8xl4t74tb/ [postimg.org]
http://postimg.org/image/yixct1s0v/ [postimg.org]
http://postimg.org/image/rbvnx6h3z/ [postimg.org]
データ処理は
http://d.hatena.ne.jp/biochem_fan/20140306/1394127619 [hatena.ne.jp]
の方法です.
Re:以前の方法#2でもクラスタリングは分かれてました (スコア:1)
データ処理の方法を書いた biochem_fan です。
私のブログを参考に試していただけたのはありがたいのですが、
この解析では {STAP, STAP-SC, ESC} 同士の関係は CD45+ との
関係よりも近いということは言えるとしても、{STAP, STAP-SC, ESC} が
同じ細胞に由来するということを断定することはできません。
depth の低さによるノイズが多いうえ、この近さが C57BL/6 x 129/sv という共通の
遺伝的背景に由来するものなのか、それ以上に近いのかという判断できないからです。
(CD45+ だけは C57BL/6 純系由来なので、他3つよりも遠くて当たり前)
kaho 氏の方法は、CNV というよりノイズが少ないシグナルに着目したこと、
別の文献から継代中に蓄積する CNV の量の見積もりを得たことで、この問題を
解決しているように思われます。
kaho さん、すばらしい解析、お疲れさまでした。
Re:以前の方法#2でもクラスタリングは分かれてました (スコア:1)
コメントありがとうございます.kahoさんの分析は,別の論文のデータをつかって適切なコントロールを得たことがすばらしいですね.CNVに着目してオッズ比の閾値を設定してるところもすばらしいですが,本当にCNVを計測できてるかについては検討が必要かもしれません.統計量の取り方については議論の余地があると思います.
Re: (スコア:0)
興味深いですね。
こういった解析データをマスコミももっと紹介してくれると良いのですが。。
データセット (スコア:2, すばらしい洞察)
”Xiao(3/11 10:13訂正)らの論文(Cell, 2012, GSE36114)”
Chang, Cell Res, 2014, GSE36294の間違いではありませんか?
Re:データセット (スコア:1)
その通りでした.すみません.訂正します.
kaho
Re: (スコア:0)
ここに書くのも何ですが、せっかくkahoさんがデータを子細に検討すれば(コピペや画像の使い回しの痕跡を探し回らずとも)
論文の価値を判断できるという可能性を示されたのに、「kahoさんは信頼できる人のようだからよくわからないけれどここに
書かれた内容は正しいのだろう」と判断して疑問を持たない人が多いように感じられることをいささか寂しく思ったりもします。
Re: (スコア:0)
コメントでの批判というか、指摘を受けて、前回のエントリ内容を「間違いでした」としているのでは?
間違っている部分も隠さずに掲載されていますし、かなり誠実な対応であるように感じましたが。
ぐっじょぶ (スコア:1)
今日のニュースを見て、やったんだなって思いました。
まだ途中でしょうから、ご武運をお祈りしております。
残念ながら、テクニカルな話はわからないんですが。
GJ & ES(129XB6) (スコア:1)
CNVによる解析、興味深いですね。
専門外なので詳細はわかりませんが、同じ遺伝的なバックグラウンドのマウスをつかっても、
造血肝細胞(HPC)とiPS細胞(MEF_iPS)の差が76あるにもかかわらず、
血液由来のSTAP細胞(STAP幹細胞ではない)及びSTAP幹細胞とES細胞との差が0,6
とかなのがおかしいということなのですね。
STAP細胞(STAP幹細胞ではない)にES細胞がちょっとコンタミしているというのではなく、
STAP細胞までもが、全てES細胞だっとということなのでしょうか?
ES細胞もふくめ、STAP,STAP-SCその他の細胞のバックグラウンドが129XB6なのもちょっと不明でしたね。
ES細胞の由来は、何なのでしょうか?以前にkahoさんが指摘されていたように、CAG-GFP?
kahoさんの解析でそのあたりは同定できるのでしょうか?
Re: (スコア:0)
今となっては若山教授の「私はSTAP-SCを129B6GFPマウスから樹立しました。その当時、我々はその系統のES細胞を持っていませんでした。」というコメントって意味深ですね(http://tokyocicada.blog.fc2.com/blog-entry-63.html)。
今回の論文について (スコア:1)
まず、STAP細胞の存在についてどうか以前に、あまりに論文の間違いが多いのでその時点で科学雑誌としてなりたっていないのは確かであり、論文の撤回は当然のことである。次にTCRについては、当時Natureのインパクトを挙げる為の虚偽であった事は確かであろう。最後にSTAP細胞の存在については、論文および彼女の公開しているこれまでのデータがあまりにいいかげん過ぎるので、もはや存在の有無を議論できる段階にすらないといえる。つまり、D論からもわかるように彼女はあまりに論文というものを重要視していないようにみえ、その結果もしかしたら本当は実在しているにもかかわらず、それを第三者に伝える形で論文を作っていないようにすらみえる(もしそうだとしたら共著者に対する冒涜もいいところである)。それぐらいレベルの低いねつ造というか間違ったデータの示し方である。めんどくさいからやったと思ってしまうレベルの内容である。したがって、Kahoさんが分析するのに用いた基データすべてがいいかげんであり、科学を議論できるレベルにないとすれば、STAP細胞の存在については今の所有るも無いも言えない。まずは、科学を議論できる、つまりは真実のデータなくして何も言えないのが現状だと思う。最大のポイントは著者を信じられなくなった時点で何も言えない。信頼が大切なこの世界におけるこの事件はあまりに大きく、撤回しなくてもSTAPのNatureの価値はすでにないし、もしSTAPが存在したとしても彼女は科学者としての信頼を取り戻すことは難しいだろう。
もうひとつの可能性、生データもコピペ (スコア:1)
もうひとつの可能性を考えてみました。
この塩基配列のデータがほんとに小保方さんがやった実験のデータならば、STAP=ESの可能性もあるのですが、
もともと成功したSTAP細胞の実験などないなら、生データを出せとうるさくせっつかれて、写真やなんかと同じように、生データも他人がやった実験のものをどっかからパクってきて、挙げたとうたら、ふつうにESのデータであるのは不思議でもなんでもない。STAPがESに似てるのではなく、たんにESの実験データなのでは。誰か他の人のやった。
もっと分かりやすい表現はないですかねえ? (スコア:0)
ってメディアに言われると思うので考えてたほうがいい。
Re:もっと分かりやすい表現はないですかねえ? (スコア:2, すばらしい洞察)
学者のいうことを、他の学者に聞くなどしてわかりやすく説明できないなら、
メディアってなんのために居るんです?
Re:もっと分かりやすい表現はないですかねえ? (スコア:1)
その結果本人の意図とは違う解説が出回ったりなんて事を考えると本人が最初に説明する時点で分かりやすく話したほうがいいと思う。
マスコミの発表が的外れでも俺には関係ないって本人が思うなら別にいいんだろうけど、とてもそう思ってるとは思えない。
難解な説明した挙句TV出演してるおっさんが意味不明なことコメントするのが目に見えてる
Re: (スコア:0)
phason氏はそういうの上手そうだな。残念ながら分野が違いそうだけど。
Re: (スコア:0)
改変すれば できあがり!?
うおー (スコア:0)
もしそういう方向に行きそうなのであれば、これはもう CDB はロックアウトして第三者機関の調査を入れないといけなくなると思います…
Nature ですか?
ありがとうございました (スコア:0)
私からもGood job!
kahoさんの解析、大変参考になりました。真摯に科学的視点から問題を追究される姿勢に勇気をもらいました。
しかしくれぐれも最後まで、気を付けてくださいね!
割と近くから応援させていただきます。
お疲れ様でした (スコア:0)
バイオインフォマティクスは委託するばかりで、データも満足に活用できていない研究者ですが、kahoさんのブログを読んで随分勉強になりましたし、面白いものだと思うようになりました。
今回の件は、理由、目的全てをできる限り明らかにして、膿を出し切って欲しいです。
まだまだ有志の方々のご尽力が必要だと思いますので、休息を取りつつがんばっていただきたいと思います。
kahoさんの姿勢に胸が熱くなりました。
最後まで応援します。
タイムリミット (スコア:0)
自主的に撤回出来るのは、今日3.11がタイムリミットでしょう。今晩にも海外からの圧力がかかってくる可能性も。
バカンティ教授が・・・ (スコア:2, 興味深い)
小保方さん本人とバカンティ教授がこの期に及んで、必死で抵抗しているようですね。
Natureの規定によれば、著者全員の同意がなければ論文は撤回できないんでしょう?
どうなるのだろうか。
●「撤回理由ない」と米教授 STAP細胞論文、共著者
米紙ウォールストリート・ジャーナル電子版は10日、理化学研究所が撤回も検討している「STAP細胞」の論文について、共著者のチャールズ・バカンティ米ハーバード大教授が「私が持っている情報に基づけば、論文が撤回されなければならない理由は見あたらない」と語ったと報じた。
バカンティ氏は、論文の主執筆者である理研の小保方晴子研究ユニットリーダーの元指導教官。同紙によると、バカンティ氏は小保方氏と10日に話したことを明らかにした上で「(論文に)いくつかの誤りがあったが、結論には影響しない」と述べ、さまざまな組織に分化するSTAP細胞を作ったとの研究結果の正しさを訴えた。小保方氏も同じ立場だと説明した。
論文には画像や表現に不自然な点が指摘され、共著者の一人、若山照彦・山梨大教授が「信用できなくなった」と撤回を呼び掛けた。バカンティ氏は「仲間からの圧力でこのような大事な論文が撤回されるとすれば大変残念だ」と話した。(共同)
http://www.sponichi.co.jp/society/news/2014/03/11/kiji/K20140311007753... [sponichi.co.jp]
Re: (スコア:0)
これだけの証拠が揃って、既に遅過ぎる。
著者と理研は、我が国の科学技術を貶める論文を、
いつまで世界に晒しておくつもりなのか。
見方を変えると (スコア:0)
ちょっと、うがった見方をしても良いですか?
いくらなんでも自分の博士論文の時に使った写真をNatureの論文に使うでしょうか?実は、このねつ造のストーリーはS氏とN氏がしたてあげて、それから逃れられなくなったO氏がささやかな抵抗をした、と考えられなくはないでしょうか?誰か気づいてくれ、と。先週のprotocolの発表、そのあとの理研の対応を見ているとそんな気もしてきました。
Re: (スコア:0)
あんなにキラキラした瞳でプレスを前にプレゼンしてたんですよ?
ありえない。
いくらなんでも、ってことを山ほどやらかしてしまう特殊能力者なのですよ、彼女は。
Re: (スコア:0)
ここ一番のところで使うお気に入りの写真だったんじゃないのでしょうか。
そもそもD論からして不正が疑われているのですよ。今回だけが不正が疑われる論文ならば周りのせいかもと思いますが、
彼女の数少ない論文のほとんどがなんらかの疑いをもたれるものであるのだから、本人の問題じゃないのかな。
Re: (スコア:0)
人間をなめすぎです。純粋な動機だとしても、これぐらいのことはやりかねないのが人間です。
彼女はきちんとした訓練を受けていない、もしくは、嘘で塗り固めた人生を歩んできたかのどちらかだろうと推測しています。
彼女自身は、未だにSTAP細胞の実在を信じている可能性すらあるでしょう。
自分の直感を信じきって、これまでやってきたのでしょうから。
Re: (スコア:0)
小保方さんに不正があったという流れだが、本当にそうかもしれないが、
ただ、今の世の中の、情報操作って凄いからね。白いものを黒にしてしまうからね。
STAP細胞は触れてはいけないものだったのかもしれない。
最初はジャブ程度で論文撤回を求められたが、それに応じないと徹底的に潰された。
その流れを見ているとおもしろいよね。
昨日の画像転用は決定的だと思うけど、なぜあれだけ騒がれてたのにあの核心部の転用が今頃わかるの?
STAP論文は目だち過ぎて第3者が偽造できないけど、博士論文は可能かな。また若山教授もおかしいよね。善良な第3者になっているけどキメラマウスの確認なんてあの人の仕事じゃなの。
Re: (スコア:0)
過去に発表済みの論文が書き換えられたって言うのかい?
証拠を示したまえよ。
Re: (スコア:0)
自分の目で確かめてくれ。
ネット上に公開されている。
Re: (スコア:0)
黒か白かでもないかもしれませんよ。
しかし、基本的に、バレる捏造で得をするのは彼らに対立している人だけだということは
忘れてはいけないように思います。
Re:見方を変えると (スコア:1)
彼女のD論のBackground部分が、ほぼ全てNIHのStem Cell Informationページのコピペだったことが判明しています。
首尾一貫こういうことをやって生きてきたということでしょう。
D論のBackground→http://stapcells.up.seesaa.net/image/Background.pdf
コピペ元→http://stemcells.nih.gov/info/basics/pages/basics1.aspx
Re: (スコア:0)
つまり、東京女子医大のY氏が問題だということでしょうか
それともO氏?
Re: (スコア:0)
ボスがダメでも本人がしっかりしていたらもう少しきちんとしたものを出します.少なくとも研究者の卵としての自覚があればね。
子供じゃないのだから、全部本人の性質のなせる技でしょう。
Re: (スコア:0)
じゃあ、そこにセルシード社を投入。
まあ、自覚もなく言われるがままだったのは間違いないんだろう…
こわひ (スコア:0)
kaho先生good job!
obokata先生、Vacanti先生、往生際悪い。
Juuichijigen先生すごすぎる。鋭利で強靭な知性、素粒子理論家ですよね、きっと。
...Juuichijigen先生こわひ...
お詫び(素人として) (スコア:0)
おそらく、ここは、理科的に、科学的に、正しいかどうかを述べるためだけのブログだったのに、いらんこと書いてしまいましたね。
お詫びしておきます。
科学的な話としては、おそらく・・・
1、本件で問題となった論文(理研研究でできたSTAP細胞を、Y大学Y氏がさらにマウス実験)・・・STAP細胞って何者?(後述2との混合論文??)そもそも存在するのか???ES細胞系???
2、ニュースで出ている小保方氏の博士論文→これはSTAP細胞ではない???ES細胞系???
3、確定しているiSP細胞(京都大学)
4、ES細胞
の話でまとめるとわかりやすいですよね。
でも、基盤の理研のSTAP細胞確定の研究が崩れると、アメリカのハーバード大学研究チームやB教授のチームはどうなるのでしょう???そういう意味では理研のうろたえている状況は分かります。それとも、STAP細胞はあるが、それを確定するための論文が単純に悪かった、という落ち?
あるいは、STAP細胞ではないが、ES細胞の変化形の物が存在し、それをハーバードが利用しているわけなのか?さらにいえば、小保方氏の博士論文のほうが現在の理研のより優れており、小保方博士論文細胞(あるいはその変形)をハーバードが利用?小保方パニック?
・・・もう少し熟読して考えてみます。解説いただけるならお願いします。 HN:治空仙人
本文の肝がねつ造と指摘されています (スコア:0)
>本論と関係ない部分での画像流用が問題視されただけです。
いちばん重要な部分の画像のねつ造が指摘されていますよ。
だからこそ、論文撤回の検討が始まっています。
論文を読んでいないでしょう?
論文の内容とデータ、画像から、ねつ造とほぼ断定されているでしょう。悪あがきは見苦しいだけです。 (スコア:0)
論文の内容とデータ、画像から、ねつ造とほぼ断定されているでしょう。悪あがきは見苦しいだけです。
論文撤回でしょう (スコア:0)
ハーバードも調査していますし、Natureも調査しています。
本人がねつ造と認めなくても、調査の結果、Nature独自の判断で論文は削除できますよ。
Re: (スコア:0)
論文はバカンティが反対しているので、絶対に撤回されない。Natureでは、ずっとオープンアクセスでそのまま。
小保方さんが捏造を認めるとは思えないし(というか小保方さんはSTAP細胞を本気で信じてると思いますよ)、若山教授の所の調査が有耶無耶になれば、そこで終了だよね。
調査する連中を調査する必要があるんですよ。まじめにやるのかどうか?気になるのはNatureの調査だけですね。
論文の信頼性、研究倫理の観点 (スコア:0)
論文撤回を検討という理研のサイトにもありましたが、『論文の信頼性、研究倫理の観点』にもとる行為をした研究者と、論文を政治力云々は笑止千万です。あきれます。
Re: (スコア:0)
本文と関係する肝の部分の故意のねつ造でしょう (スコア:0)
>故意の捏造ではなく、ずさんな部分がありました、すみませんという形で収束させようとするはずです
>部分的な引用無しコピペが問題視され、本論と関係ない部分での画像流用が問題視されただけです。
本文の肝になる部分のfigureが故意のねつ造とされているから、問題視されて、論文撤回の方向なんでしょう。
日本分子生物学会声明もそのような、単純ミスではすまされない、作為的とのコメントです。
論文撤回だけなら、別に、STAP細胞論文が嘘とされるだけです。
処分うんぬんは別問題です。