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PCR検査っていうのは機械を使ってやるらしい検査に必要な消耗品かなにかなの?それとも、リトマス試験紙みたいな機器とか使わないで独立で検査できるもの?
現状では妊娠検査薬やインフルエンザの迅速検査みたいに、「サンプル採って5分後に判明」ってのはできません。
コロナウィルスは遺伝情報をRNAに持っているRNAウィルスなので、以下のステップを踏みます。
1)検体を処理してRNAを抽出(タンパク質などの不純物を除去)2)RNAを逆転写酵素でDNAに転写3)DNAをPCRで特定の配列だけ増やす4)アガロースゲル電気泳動で増えたDNAを検出
最後のステップはPCRの代わりにrt-PCR(リアルタイムPCR)を使えばDNAを増やしながら定量検出もできます。ステップ3で使うのがPCRサーマルサイクラーという機械です。
RNAは、環境中のRNAを壊す酵素(RNase)で簡単に壊れるし、最初のステップで綺麗にしとかないと以下のステップが進行しないし、DNAがコンタミすると間違った結果がでるし、結構大変です。
キットは1-3のステップ用がそれぞれ市販されてます(キットと言っても、酵素と反応液のセットですが)。ステップ2-3にコロナウィルス用のプライマーオリゴヌクレオチドを別途用意して追加します。バイオハザード対策で安全キャビネットで操作しなきゃならないし、大変ですよー
自動化を進めた高スループットな装置を買えば、多数のサンプルを並列に処理することが可能なので、1サンプル5分相当の時間で検査することは可能
日本に高スループットな装置が導入されてるかは知らん
で、これをどうやったらドライブスルーでできるの?それとも日本には無い別の方法が?
問診と検体採取だけやって、結果は別途通知とかなら。
PCR法は遺伝子を増幅する方法検査対象者から取った検体を、目的配列をエンコードした試薬と混ぜて、試薬で大量にコピーさせるファイルを”hylom”でgrepして結果がマッチしたら”hylom hylom”とマッチ部分を繰り返して置換させるようなイメージ段々容器がhylomhylomhylomhylomhylomと指定部分のDNAで一杯になってくるその目的DNA配列が大量にあることを確認できたら陽性で終わりいつまでも出てこなかったら多分陰性なんじゃねえかなってことになる
なので目的のスニペットをエンコードして遺伝子アルファベットで「shingata-koronauirusu」と書いた試薬が必要また前の検査のウイルスが残っていると培養成功してしまうので念入りな清掃が必要だしこのスペルが間違ってると検出できないし他のクエリ文字列が混ざってるとそっちを増幅し始めるから注意が必要
PCR法では試薬で「新型にだけ入っている配列」を正しく指定できていれば誤増幅はノイズに埋もれて誤検出は起こりにくいリトマス試験紙のような抗体を使った簡易検査とは原理が違い精度は高い
つまり、hylom という試薬を作ったつもりが、hyolmとか誤字っちゃってて、ちゃんと検出できない状態になってた、ってことか。なるほど。コンタミってことはhylom作ってたつもりが実はhedress作っちゃってた、ってこともあるのかな。
※意図的に誤字入れてたってわけじゃない…よね?w
>リトマス試験紙のような抗体これが生産できるようになったら特効薬ができたようなものな気がするのだがw
PCR検査は簡単に言えばPCR [wikipedia.org]という手法で、DNAを増やして、DNA鑑定する手法です。コロナウィルスはRNAウィルスでDNAはないので、RNAからDNAを作って増やして(RT-PCR) [wikipedia.org]とイロイロめんどくさい検査です。(PCR検査の時間は下準備や何回PCRするかでトータル時間は大幅に変わる。PCのセットアップでOSインストールのみか、アカウントやアプリ込みのキッティングまでするかで大幅に時間が違うのと一緒)日本のやり方は公開されてる [niid.go.jp]ので読むべし。DNAを増やすので原理上コンタミ(汚染)にシビアだし、何か不具合が有れば当然結果も大きく狂うわけで。そこに感染のリスクが有りながら、様々な機材と試薬(今回のストーリーはコレ)と時間が必要なので「検査をさせないようにしている」とか言う阿呆にキレる [niid.go.jp]わけ。
PCR検査には機械と検査するウイルス毎に専用の試薬が必要で、その試薬を検査キットと呼ぶ。という理解でよさそう。
説明して下さった方々ありがとうございます。
追記ニュースを見ているだけだと、検査について「必要なも」と「大まかな手順」の説明が無い為、できるだけ検査しろとか外国から検査キットをもらったとか言うニュース内容をいまいち評価できずにいました。なので、PCR検査について知りたいと思っていた所についてちょうどよい長さの説明が得られてありがたい。
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ナニゲにアレゲなのは、ナニゲなアレゲ -- アレゲ研究家
検査キットって用語がよくわからん (スコア:0)
PCR検査っていうのは機械を使ってやるらしい検査に必要な消耗品かなにかなの?
それとも、リトマス試験紙みたいな機器とか使わないで独立で検査できるもの?
Re:検査キットって用語がよくわからん (スコア:5, 参考になる)
現状では妊娠検査薬やインフルエンザの迅速検査みたいに、「サンプル採って5分後に判明」ってのはできません。
コロナウィルスは遺伝情報をRNAに持っているRNAウィルスなので、以下のステップを踏みます。
1)検体を処理してRNAを抽出(タンパク質などの不純物を除去)
2)RNAを逆転写酵素でDNAに転写
3)DNAをPCRで特定の配列だけ増やす
4)アガロースゲル電気泳動で増えたDNAを検出
最後のステップはPCRの代わりにrt-PCR(リアルタイムPCR)を使えばDNAを増やしながら定量検出もできます。
ステップ3で使うのがPCRサーマルサイクラーという機械です。
RNAは、環境中のRNAを壊す酵素(RNase)で簡単に壊れるし、最初のステップで綺麗にしとかないと以下のステップが進行しないし、DNAがコンタミすると間違った結果がでるし、結構大変です。
キットは1-3のステップ用がそれぞれ市販されてます(キットと言っても、酵素と反応液のセットですが)。ステップ2-3にコロナウィルス用のプライマーオリゴヌクレオチドを別途用意して追加します。
バイオハザード対策で安全キャビネットで操作しなきゃならないし、大変ですよー
Re: (スコア:0)
自動化を進めた高スループットな装置を買えば、多数のサンプルを並列に処理することが可能なので、
1サンプル5分相当の時間で検査することは可能
日本に高スループットな装置が導入されてるかは知らん
Re: (スコア:0)
で、これをどうやったらドライブスルーでできるの?
それとも日本には無い別の方法が?
Re: (スコア:0)
問診と検体採取だけやって、結果は別途通知とかなら。
Re:検査キットって用語がよくわからん (スコア:2, 参考になる)
PCR法は遺伝子を増幅する方法
検査対象者から取った検体を、目的配列をエンコードした試薬と混ぜて、試薬で大量にコピーさせる
ファイルを”hylom”でgrepして結果がマッチしたら”hylom hylom”とマッチ部分を繰り返して置換させるようなイメージ
段々容器がhylomhylomhylomhylomhylomと指定部分のDNAで一杯になってくる
その目的DNA配列が大量にあることを確認できたら陽性で終わり
いつまでも出てこなかったら多分陰性なんじゃねえかなってことになる
なので目的のスニペットをエンコードして遺伝子アルファベットで「shingata-koronauirusu」と書いた試薬が必要
また前の検査のウイルスが残っていると培養成功してしまうので念入りな清掃が必要だし
このスペルが間違ってると検出できないし他のクエリ文字列が混ざってるとそっちを増幅し始めるから注意が必要
PCR法では試薬で「新型にだけ入っている配列」を正しく指定できていれば誤増幅はノイズに埋もれて誤検出は起こりにくい
リトマス試験紙のような抗体を使った簡易検査とは原理が違い精度は高い
Re: (スコア:0)
つまり、hylom という試薬を作ったつもりが、hyolmとか誤字っちゃってて、ちゃんと検出できない状態になってた、ってことか。
なるほど。
コンタミってことはhylom作ってたつもりが実はhedress作っちゃってた、ってこともあるのかな。
※意図的に誤字入れてたってわけじゃない…よね?w
Re: (スコア:0)
>リトマス試験紙のような抗体
これが生産できるようになったら特効薬ができたようなものな気がするのだがw
Re:検査キットって用語がよくわからん (スコア:1)
PCR検査は簡単に言えばPCR [wikipedia.org]という手法で、DNAを増やして、DNA鑑定する手法です。
コロナウィルスはRNAウィルスでDNAはないので、RNAからDNAを作って増やして(RT-PCR) [wikipedia.org]とイロイロめんどくさい検査です。
(PCR検査の時間は下準備や何回PCRするかでトータル時間は大幅に変わる。
PCのセットアップでOSインストールのみか、アカウントやアプリ込みのキッティングまでするかで大幅に時間が違うのと一緒)
日本のやり方は公開されてる [niid.go.jp]ので読むべし。
DNAを増やすので原理上コンタミ(汚染)にシビアだし、何か不具合が有れば当然結果も大きく狂うわけで。
そこに感染のリスクが有りながら、様々な機材と試薬(今回のストーリーはコレ)と時間が必要なので「検査をさせないようにしている」とか言う阿呆にキレる [niid.go.jp]わけ。
Re: (スコア:0)
PCR検査には機械と検査するウイルス毎に専用の試薬が必要で、
その試薬を検査キットと呼ぶ。
という理解でよさそう。
説明して下さった方々ありがとうございます。
Re: (スコア:0)
追記
ニュースを見ているだけだと、検査について「必要なも」と「大まかな手順」の説明が無い為、
できるだけ検査しろとか外国から検査キットをもらったとか言うニュース内容をいまいち評価できずにいました。
なので、PCR検査について知りたいと思っていた所についてちょうどよい長さの説明が得られてありがたい。