私も仕事その他諸々でCVS使ってますが、
ソース中のSJISテキストであれば問題ないみたいです。
commit logに入れる場合はEUCじゃないとダメだったと思いますが。

# unixからcommitするかwindowsからcommitするかで
# 若干誤差があったようななかったような……。