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13802 story

理化学研究所がゲノムデータベース検索ソフトをGPLで公開 8

ストーリー by mhatta
バイオインフォマティクスというやつですか 部門より

jonykatz 曰く、

理化学研究所が 開発したゲノムデータベースの検索ソフト 「オミックスブラウズ」が GPLで公開された (Open Tech Pressの記事)。 このツールは、ゲノム上に存在する遺伝子などのさまざまな情報に 関するデータベース群を同時に検索して可視化するソフトで、膨大な ゲノムデータを統合するデータサーバと、ゲノム地図を可視化できる ビューワで構成される。 これによって誰でも自由にゲノム地図を利用できることになるとのことで、 さっそくいろいろと眺めてみたが、さすがに門外漢なのでこれが どのように応用できるのかよく分かりません。

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  • 全部FLASH (スコア:2, 参考になる)

    by phpoobar (26216) on 2006年11月02日 11時59分 (#1050259) ホームページ 日記
    この手のツールは、JavaScript(Ajax含む)だとか、Javaとかをふんだんに使っているサイトが多いけど、
    フルFLASHというのは、初めて見たかも。FLASHって、テキストベースのHTMLと違って、気軽に塩基配列など
    をコピペできない気がしないでもない。ま、解析ツールが沢山あるのは良いことです。
    --
    --- Dead Poet Social Club
    • Re:全部FLASH (スコア:2, すばらしい洞察)

      by Anonymous Coward on 2006年11月02日 12時33分 (#1050286)
      そうですね。FLASHを使っているということが最大の特徴かと。
      AJAXだとブラウザごとの非互換が問題になるし絵が描きにくい、全てサーバサイドでやろうとするとサーバに負荷がかかりすぎるしユーザビリティも低下する、JavaアプレットではJREのインストールをさせなければならないということで一つの解だな、と。
      これのいいところは自分の見ているデータをURLでメール添付で送れるので研究者同士で情報を交換するのに使いやすいというところですね。
      高解像度の画像の出力もできると論文に貼り付けやすいのですが、スタンドアロン版はどうなのかな?

      塩基配列などのコピペは、生の情報は基本的に他のデータベースへのリンクになっているのでそちらからやってくれ、ということかと。最新情報はそちらにあるでしょうし。

      個人的にはGPLで公開、というのがちょっと意外かも。
      ユーザーがコードを屠る必要が見えないのと、サーバにアクセスするコードをクラックされてDoSでもかけられたりしないのかな、と。
      まあ善意の研究者が善意の研究者のために公開しているということなのでしょうが。
      親コメント
      • by BonTf (8325) on 2006年11月02日 13時44分 (#1050332) 日記
        >個人的にはGPLで公開、というのがちょっと意外かも。
        GPLではありませんが、genomics関連のデータベース関連でのソースコードの公開は珍しくありません。
        GBrowseとか [sourceforge.net]はArtistic licenseです。 先行のgenomeデータベースであるEnsEMBL [ensembl.org]関連のコードも公開されています。
        (ライセンスはここ [ensembl.org]) 両方ともcvsのレポジトリを公開しています。

        また、gmod(GBrowse等)の方はアメリカ政府からのグラントで開発されていますし、EnsEMBLはそのまま、European Molecular Biology Laboratoryの一部です。
        さらに、開発者の中には、初期からのgenomeシークエンスプロジェクト参加者などもいます(大学関係者や政府研究所所属の人達など)。
        ユーザーの一部がそのまま開発者であり、その逆もまた真なのではないでしょうか。
        その内の一人 [cshl.org]は、CGI.pmの開発者でBioPerlのコア開発者でもあります。
        (上記のソフトウェアの殆どはperlで書かれています。)
        このように、もともとオープンな分野であるということも影響しているのではないかと思います。
        親コメント
      • Re:全部FLASH (スコア:1, おもしろおかしい)

        by Anonymous Coward on 2006年11月02日 13時13分 (#1050314)
        >個人的にはGPLで公開、というのがちょっと意外かも。

        GPLなコードをリンクしちゃったから、GPLで公開せざるを得なかっただけかもよ。

        親コメント
  • by Anonymous Coward on 2006年11月02日 12時27分 (#1050278)
    元ソースからオミック「ス」ブラウズって書いてあるけど、慣例で「ス」付けるものなのかなあ。
    某メイリングリストの OmicBrowse の話題漁ってみてもカタカナ表記が一人もいない…。

    # よけいなものということで :-)
  • by Anonymous Coward on 2006年11月04日 13時18分 (#1051441)
    何処?
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吾輩はリファレンスである。名前はまだ無い -- perlの中の人

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