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アメリカ合衆国

米国での新型肺炎の検査数の少なさは検査キットの開発トラブルが原因 24

ストーリー by hylom
そんなことが 部門より

Anonymous Coward曰く、

コロナウイルスによる新型肺炎(COVID-19)は米国でも感染者が出ているが、一方で米国ではこれに対する検査がほとんど行われてこなかった。検査が遅れた原因として、米疾病管理予防センター(CDC)の作成した検査キットに問題があったことが報じられている。

作成した検査キットを州や地方の研究所が試してみたところ、欠陥のある試薬が含まれていることが判明した。その結果、検査能力のある施設でも検査を行うことができなかったという。AXIOSの記事によれば、この検査キットを作成した研究室が汚染されていたのが原因だという。そのため米政府は、先月末から検査キットの運用や開発条件を大幅に緩和して、外部の施設などが独自判断で動けるようにした。これにより、来週の終わりまでに公衆衛生研究所が1日10,000回の検査を実行できるようになるだろうとしている(ScienceAXIOSSlashdot)。

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  • by Anonymous Coward on 2020年03月05日 12時54分 (#3773666)

    PCR検査っていうのは機械を使ってやるらしい検査に必要な消耗品かなにかなの?
    それとも、リトマス試験紙みたいな機器とか使わないで独立で検査できるもの?

    • by Anonymous Coward on 2020年03月05日 13時39分 (#3773695)

      現状では妊娠検査薬やインフルエンザの迅速検査みたいに、「サンプル採って5分後に判明」ってのはできません。

      コロナウィルスは遺伝情報をRNAに持っているRNAウィルスなので、以下のステップを踏みます。

      1)検体を処理してRNAを抽出(タンパク質などの不純物を除去)
      2)RNAを逆転写酵素でDNAに転写
      3)DNAをPCRで特定の配列だけ増やす
      4)アガロースゲル電気泳動で増えたDNAを検出

      最後のステップはPCRの代わりにrt-PCR(リアルタイムPCR)を使えばDNAを増やしながら定量検出もできます。
      ステップ3で使うのがPCRサーマルサイクラーという機械です。

      RNAは、環境中のRNAを壊す酵素(RNase)で簡単に壊れるし、最初のステップで綺麗にしとかないと以下のステップが進行しないし、DNAがコンタミすると間違った結果がでるし、結構大変です。

      キットは1-3のステップ用がそれぞれ市販されてます(キットと言っても、酵素と反応液のセットですが)。ステップ2-3にコロナウィルス用のプライマーオリゴヌクレオチドを別途用意して追加します。
      バイオハザード対策で安全キャビネットで操作しなきゃならないし、大変ですよー

      親コメント
      • by Anonymous Coward

        自動化を進めた高スループットな装置を買えば、多数のサンプルを並列に処理することが可能なので、
        1サンプル5分相当の時間で検査することは可能

        日本に高スループットな装置が導入されてるかは知らん

      • by Anonymous Coward

        で、これをどうやったらドライブスルーでできるの?
        それとも日本には無い別の方法が?

        • by Anonymous Coward

          問診と検体採取だけやって、結果は別途通知とかなら。

    • by Anonymous Coward on 2020年03月05日 13時26分 (#3773688)

      PCR法は遺伝子を増幅する方法
      検査対象者から取った検体を、目的配列をエンコードした試薬と混ぜて、試薬で大量にコピーさせる
      ファイルを”hylom”でgrepして結果がマッチしたら”hylom hylom”とマッチ部分を繰り返して置換させるようなイメージ
      段々容器がhylomhylomhylomhylomhylomと指定部分のDNAで一杯になってくる
      その目的DNA配列が大量にあることを確認できたら陽性で終わり
      いつまでも出てこなかったら多分陰性なんじゃねえかなってことになる

      なので目的のスニペットをエンコードして遺伝子アルファベットで「shingata-koronauirusu」と書いた試薬が必要
      また前の検査のウイルスが残っていると培養成功してしまうので念入りな清掃が必要だし
      このスペルが間違ってると検出できないし他のクエリ文字列が混ざってるとそっちを増幅し始めるから注意が必要

      PCR法では試薬で「新型にだけ入っている配列」を正しく指定できていれば誤増幅はノイズに埋もれて誤検出は起こりにくい
      リトマス試験紙のような抗体を使った簡易検査とは原理が違い精度は高い

      親コメント
      • by Anonymous Coward

        つまり、hylom という試薬を作ったつもりが、hyolmとか誤字っちゃってて、ちゃんと検出できない状態になってた、ってことか。
        なるほど。
        コンタミってことはhylom作ってたつもりが実はhedress作っちゃってた、ってこともあるのかな。

        ※意図的に誤字入れてたってわけじゃない…よね?w

      • by Anonymous Coward

        >リトマス試験紙のような抗体
        これが生産できるようになったら特効薬ができたようなものな気がするのだがw

    • by Anonymous Coward on 2020年03月05日 13時58分 (#3773703)

      PCR検査は簡単に言えばPCR [wikipedia.org]という手法で、DNAを増やして、DNA鑑定する手法です。
      コロナウィルスはRNAウィルスでDNAはないので、RNAからDNAを作って増やして(RT-PCR) [wikipedia.org]とイロイロめんどくさい検査です。
      (PCR検査の時間は下準備や何回PCRするかでトータル時間は大幅に変わる。
      PCのセットアップでOSインストールのみか、アカウントやアプリ込みのキッティングまでするかで大幅に時間が違うのと一緒)
      日本のやり方は公開されてる [niid.go.jp]ので読むべし。
      DNAを増やすので原理上コンタミ(汚染)にシビアだし、何か不具合が有れば当然結果も大きく狂うわけで。
      そこに感染のリスクが有りながら、様々な機材と試薬(今回のストーリーはコレ)と時間が必要なので「検査をさせないようにしている」とか言う阿呆にキレる [niid.go.jp]わけ。

      親コメント
    • by Anonymous Coward

      PCR検査には機械と検査するウイルス毎に専用の試薬が必要で、
      その試薬を検査キットと呼ぶ。
      という理解でよさそう。

      説明して下さった方々ありがとうございます。

      • by Anonymous Coward

        追記
        ニュースを見ているだけだと、検査について「必要なも」と「大まかな手順」の説明が無い為、
        できるだけ検査しろとか外国から検査キットをもらったとか言うニュース内容をいまいち評価できずにいました。
        なので、PCR検査について知りたいと思っていた所についてちょうどよい長さの説明が得られてありがたい。

  • by Anonymous Coward on 2020年03月05日 13時07分 (#3773673)

    ただしスペイン風邪と同じくらいの高い致死率があって封じ込めたいですって話だろ

    それ以上にネットで何をああだこうだ揉めるのかさっぱり分からん
    頭がおかしい人には楽しいんだろうか

    • by Anonymous Coward

      え?風邪じゃ死なないでしょ? みたいな認識だからね
      風邪とそこからの肺炎で普段どれほど亡くなっているのか知らない

      • by Anonymous Coward on 2020年03月05日 15時44分 (#3773775)

        今年の冬の肺炎による死者は、例年と比べて激減してる気がするよな。
        まぁ暖冬のせいという話もあるけど、落ち着いたら統計を公表して欲しいね。

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      • by Anonymous Coward

        日本で年間9万人くらい?

        • by Anonymous Coward on 2020年03月05日 18時16分 (#3773900)

          厚労省の平成21年統計 [mhlw.go.jp]で11万2000人。死因順で4位。
          ただ、たぶん老人の誤嚥性肺炎がかなりの率を占めていると思う。
          高齢になって嚥下機能障害を起こすと誤嚥性肺炎を2、3回やってお陀仏ってケース。

          親コメント
        • by Anonymous Coward

          コロナウイルスによる新型肺炎(COVID-19)は現状12人。
          まあ、このまま流行るだろうけど万単位は行かないよね。
          そのつもりで、対応してるからね。

          80歳以上の入院患者数は40-50万人程度だけどこの2%なら1万人か?

          • by Anonymous Coward

            肺炎患者全員コロナウイルスの検査すればもっと増えるのでは?
            検査数が少ないので単純な統計上は感染者が少ない

            検査数の少なさを補正して未検査を含め全感染者数を推定するような統計をしないと

    • by Anonymous Coward

      最近マスコミの呼び名が新型肺炎からコロナウイルス感染症とかに変わった。それでも風邪とはいわないけどさ。
      だんだん見えてきたんだよ、正体が。

      • by Anonymous Coward

        幽霊の正体見たり枯れ尾花

    • by Anonymous Coward

      でも、ただより高い物はないって言うでしょ

    • by Anonymous Coward

      致死率3.4%をただの風邪と言い切れるのは凄いなあ

      • by Anonymous Coward

        馬鹿は大きな数字が好き

    • by Anonymous Coward

      老害が一掃されたら世の中良くなるまであるよなw

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私はプログラマです。1040 formに私の職業としてそう書いています -- Ken Thompson

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