Tellur52の日記: Avogadro 1
日記 by
Tellur52
ふと見つけた、3D分子モデルお絵かきソフトっぽい、Avogadro(http://avogadro.cc/wiki/Main_Page)が案外楽しい。
簡単な分子同士の分子動力学計算も(マシンパワーの許せる範囲で)やってくれるし、
現実には合成困難な仮想的な分子の構造の推定にも何とか使える。
もっとも、デフォルトだと分子のエネルギー計算による最適化は少々怪しいところもあって、例えば、bicyclo[3.3.1]nonaneを計算すると、1位と5位の水素の位置が妙だったっりするけど。
最適化 (スコア:1)
最適化は初期の構造にかなり依存するので、初期構造が大事。一般的に。
そのめんどくさい物質は配座がすごく多い気がするので、最安定な
配座を得るためには結構慎重に初期構造を選ばないといけないのかも。
そうしないと準安定な配座にひっかかってしまうような。
# 一応単なる炭化水素だからパラメータの問題ではないと思う…
一度最適化して妙な配置になった場合、問題の水素をそれっぽい方に
(手動で)動かしてもういっかい最適化したらうまくいく…かもしれない?
それでもダメなら相互作用のパラメータがダメなのかも。
あと、そのソフトは量子化学計算のインプット作成もできたりして
自分の周辺ではそっちの方で有名。