＞医薬品の通信販売規制は消費者のためでしょう？

その通りだと思います。でも、それは規制に反対する側を「消費者運動でない」とする理由にはならないですよね？
私はどちらも消費者運動としてありえると思いますし、一つの問題に対して意見の対立する消費者運動が立ち上がるのは別におかしなことではないと思いますが。

＞楽天のサイトとか見ると、いかにも知的弱者を食い物にしているという感じで、

まあその印象は私も否定しませんが、さすがにそんなあいまいな印象で「規制されて当然」と言ってしまうのはさすがに短絡的すぎませんか。
「虚偽のデータで煽っている」とか明確な理由があるならともかく…

#個人的には店頭販売・通信販売とも現状確かに問題点があると思うけど、いきなり禁止は影響が大きすぎだと思う

今回の医薬品の通信販売規制は明らかに消費者にとって不利益となる点があると思いますが、
それに反対する活動がなぜ消費者運動とは「逆」なんでしょうか。事業者を利するから？

確かに一般的に消費者運動は事業者に対して規制を求める方向性になることが多いとは思いますが、
それは結果的にそういう場合が多いだけであって、必ずしも消費者運動の条件ではないと思うんですが。