kahoの日記: アレルゲンは似ている
今日はちょっとMacworldの方のニュースを見ていてさぼりぎみだが,Nature Web Newsにアレルゲンは共通の形を持っているという記事が.
この記事はこの論文についてのものだが,既知の129種の植物アレルゲンについて3次構造予測ソフト(いくつかあるが,今回はMOLMOLというソフトウェアだが,現在はページがなくなっている)を用いて計算したところ,予測したよりもバリエーションが少なかったという内容だ.
Pfamというデータベースにおけるタンパク質の分類で,たった20のファミリーに収まり,全体の2/3は4つのファミリーだったという.これはアミノ酸配列の相同性から考えるとずっと少なかったと筆者は主張している.
この論文は現在読めないのだが,Pfamのファミリーというのがここにあるclanのことを指しているなら全体で30しかないのだから,たった129種のペプチドの構造を予測したのなら20に収まってもそう驚くことではないし,(俗化した)パレトーの2:8の法則を当てはめると2割のファミリー(6つ)に8割(103個)のアレルゲンがあってもおかしくないという気もする.
この記事ではあるタンパク質がアレルゲンとなるかどうかの予測として三次構造の解析が役に立つのではないかとしているが,逆にアレルゲンと同じファミリーに属していながらアレルゲンにならないタンパク質もあるのだし,recallとspecificityの両方を配列のホモロジーでの予測と比較しないとそこまではいえないはずだ.
というよりも今まで計算した人がいなかったということの方が驚きだったりするが.Googleで検索してもあまり見つからなかったし.
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