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日記

kahoの日記: 終わりに代えて〜STAP論文調査委員会NGSデータの公開を求める一提案〜 20

日記 by kaho

私事によりここ数日は休暇を取り多忙であったため出遅れてのコメントになります。
そのつもりはなかったのですがこちらでの発言に対して匿名での(卑怯な)告発扱いをされたこともあり最近は実名でTwitter(@caripso)での発言だけにしていました。今回こちらに書くのは140文字では収まらないからですが,色々騒がせてしまったこともありこのアカウントはこのエントリで最後にしようかと考えているところです。

私は調査委員会そのものに呼ばれたことはなく,解析も担当していないため発言には制約を受けないと考えますので思うところを述べていきます。以下の発言は組織とは全く関係なく,私一個人の意見です。

調査報告書に示された残存サンプルの解析は情報量も解析内容も膨大かつ詳細で,感嘆せずにはいられませんでした。
関係者の皆様のご苦労をねぎらうとともに感謝を捧げたいと思います。

一方で,調査対象になった著者のうち事実と異なることを述べたのは誰か,という断定は出来る限り避けたいという意図があったように思えました。取得したデータのうち,内容を伏せている部分,論文と証言が明らかに矛盾することに触れていない部分があるからです。また科学的な証拠が不十分な点も散見されたと思っています。
時間が取れず読み込みが不十分で誤解もあるかと思いますし,質疑応答で取り上げられた部分もあるとは思いますが,報告書のみを見て私の専門に関係する部分で思うところを記します。

第一にNGSデータへの適用について。
16ページ2-3-1-2 3)において,残存していたChIP-seq inputからSTAP細胞として持ち込まれた細胞がES細胞に類似していることが示されています。STAP細胞は幹細胞化を行っておらず,増殖もほぼ起こらない細胞ですから「誰が」ES細胞をSTAP細胞と偽って解析に持ち込んだかは容易に分かると思います。この点について証言もなく,評価でも触れられていないのは残念です。

第二に16ページ,2-3-1-2 4)において,論文には用いられていない未登録RNA-seqデータとはどのような結果で,Letter Fig.2iは再現できないとはどういう意味かということです。
報告書には細胞の遺伝的背景のみが書かれていますが,遺伝子の転写パターンがどうであったかについての記載がなく,「データを取捨した…小保方氏と笹井氏」がどのようなデータを見て,どう考えたかを推測することができません。
詳細な内容を記述するより,細胞名とデータそのものを公開していただきたいと思います。
またRNA-seqは2012より行われていたと書かれていますが,2012年末から論文作成に参加されたという笹井先生が「取捨」に関わったのがいつのことなのか,また決して安くはないRNA-seqの費用がどこから出ていたのかも調べて公開していただけたらよかったと思いました。

第三に,スライド10ページ目の図です。
この図の説明は粗雑にすぎると思います。「同一といえるほど酷似」というのは明らかな言い過ぎであり,定量的な情報も示されていません。
例えば父親であるB6および母親である129において多型があり,同じ親から生まれた同腹のマウスであればここで示されたような類似(3染色体の一致)は十分あり得ます。
精力的に解析された方々に注文をつけるようで心苦しいですが,このように言う理由は公開NGSデータから私もどうようの特徴を既にみつけており,しかし検討の結果決定的なものとは言えないと参考程度にとどめていたことがあります。
B6と129で違いのあるSNPsについて染色体上に並べた解析を行い,ChIP-seq (H3K4me3)TruSeqSMARTerで染色体構造について調べていました。
このデータはスライド10ページに言う,第11, 12染色体における特徴的なSNPsの偏りを見つけ,メディアによる取材時にも少し話しましたが,トリソミーを持っていたSMARTer STAPもAcr-GFP/CAG-GFP由来であるのではないかと考えました。しかしこの細胞の親の遺伝型が推測できない以上,この類似性からどこまでのことが言えるのか自身が持てなかったため,単なる推測としてしか話さなかった経緯があります。

また,11ページ目に示したデータはFES1とFES2という2つの細胞の遺伝的関係が示されて初めて意味を成します。
FES1とFES2を,同系統のマウス(岡部研B6マウスと129X1SLCマウス)から得られた別の細胞を外郡として比較し,それらが遺伝的に近いのか遠いのかという基本データがあって初めて意味を成す情報になります。
これを調べるためのデータは既に解読された配列の中に含まれていますので,新たに調べる必要も調査委員会やそれに関わった方々が情報として解析する必要もなく,生データを公開することで明らかになると思います。

最後に感想として驚いたことを。
25ページ目

なお小保方氏への書面調査で、小保方氏はSTAP細胞を作製する際に若山氏から渡され たマウスの遺伝的背景を把握していなかったこと、また、若山氏から(Oct4-GFPを有す る)GOFマウスを渡されたものと思っていたことが明らかになった。

この説明は「明らかになった」で済ませることはしてはいけなかったと思います。あまりにも絶句してどう説明してよいか分かりませんが,論文の論理を根底から覆すことになるからです。
その認識が論文出版時まで同じであったとしたら,あの原稿は書けませんし読むことすらできないはずです。
CAG-GFPのSTAP細胞を得たのは,Oct4-GFPの細胞による観察に基づき細胞塊を取得することによって初期化した細胞が得られることを知っていたからというロジックですが,そのロジックを考えたのが筆頭著者ではないということになりますが,論文成立過程についてもっと調査が必要だったのではないかと思います。
本来なら著者間のメールのやりとりを開示させ,論文の成立過程を追うべきだったのではないでしょうか。CDBのメールサーバーには残っているはずですが,なぜそれをしなかったのか。法律家がそれを止めたのだとしたら非常に残念です。

この議論は賞味期限が切れたので、アーカイブ化されています。 新たにコメントを付けることはできません。
  • お疲れさまでした。私自身は当初はSTAP騒動には全く関心がなかったのですが、kaho日記のおかげで大事件であることを認識することができ、私なりに勉強を重ね、記者会見にも参加するほどにこの問題を追うことになりました。目の前で話すのを聞いていた笹井先生が亡くなるというのはショックでしたが、私としてはこの問題のおかげでいろいろな分子生物学系の先生方の活動や見識を知ることになり、非常に良い刺激を受けた一年になったと思っています。

    で、第一の疑問は、確かにこのあたりはて?な感じの報告に見えますが、全体としてもあちこちで、これができるのはあの人だけだろう... という言葉を書きたいように見えました。やはり法的な問題だと思います。スライドにわざわざ当時の若山研見取り図まで載せてるのは、これなら第三者の可能性もあるから、という逃げにも見えますし。

    • by Anonymous Coward

      スライドにわざわざ当時の若山研見取り図まで載せてるのはO氏が簡単にES細胞を混ぜることが出来たことを暗示したのでは思いました。

  • お疲れさまでした。ありがとうございました。

  • by Anonymous Coward on 2014年12月28日 18時59分 (#2735561)

    今回の問題に対するkaho先生の真摯なご対応に対しまして心から敬意を表します。

    私の専門は物理学ですので、問題の詳細につきましては理解できていないと思っております。それでも、3月にはSTAP細胞が真実である可能性が0.1%以下であると判断しておりました。従いまして、理研がとるべきは真相を徹底的に究明することと考えておりました。ところが、理研が行ったのは落ち度を表面的に認めるだけにして問題の本質を隠蔽することでした。その結果、笹井氏が自殺に追い込まれたのみならず、理研自体が深手を負うはめとなりました。このことは理研の自業自得と言えますが、日本の中で科学者に対する信頼を著しく低下させるとともに世界の中における日本の科学の権威を著しく傷つけるものです(死人を鞭打つようですが、理研が隠蔽行為に走ったことについては笹井氏も大きな責任があると考えております)。

    調査委員会の報告ではkaho先生のことが全く触れられておりません。そのことを不審に思っていたのですが、今回のエントリーを読んでそのからくりが理解できました。この期に及んでも理研が未だ真摯な態度を示さないことについては強い憤りを感じます。

    そのような組織に所属しながら真実を追求することがどれだけ勇気のいることであるかは想像に難くありません。日本の科学の健全性を維持するためには、kaho先生のような行為を断固として擁護しなければなりません。理研がkaho先生に対して不利益な対応をしないよう、日本学術会議や分子生物学会は注意深く監視すべきと考えます。

  • by Anonymous Coward on 2014年12月27日 1時03分 (#2734882)

    良いお年を。

    • by Anonymous Coward

      追伸。
      第一の疑問の答えは、調査委員会としてはESを「混入」したのが誰かであったので、触れられなかったんですよ。
      小保方さんがESの混入した細胞を持っていたとしても、混入させたのは明らかに出来なかったと。
      釈迦に説法かもしれませんが一応。

  • by Anonymous Coward on 2014年12月27日 7時40分 (#2734920)

    このたびSTAP細胞に関する研究論文の疑義について、「研究論文に関する調査委員会」の調査報告書が発表されました。問題の発覚から今日に至るまで、皆様に多大なご迷惑をおかけしたことを深く反省するとともにお詫び申し上げます。関係者の一人として、調査報告書に関し、所感を述べさせていただきます。

    実験に用いたSTAP幹細胞がすべてES細胞由来であったという点について
    「研究論文に関する調査委員会」の調査報告書で、実験に用いたSTAP幹細胞が、私の研究室で樹立されたES細胞由来であったことが明らかにされたことに驚愕しております。私がSTAP幹細胞の樹立に用いたSTAP細胞に、なぜES細胞が混入したかはわかりませんが、研究室の主宰者としては、たとえ研究室メンバーの自由な研究を妨げることになっても、細胞を保存している冷凍庫の管理を、より厳しくするべきであったと悔やまれます。

    新たに認定された2つの不正について
    調査委員会の報告書において、「(私が)指導監督を怠り、データの正当性、正確性について検証することなく、このような捏造を生じさせたことの責任は過失とはいえ重大である。」と指摘されました。私は科学者として、重要な新発見につながる可能性を示す根拠となる実験データを捏造することは有り得ないとの信念、並びに若い研究者を応援し、重要な新発見を世に出したいとの思いから、提示された実験データの不正を見抜くことが出来ませんでした。しかし研究室の長としての責任がある以上、たとえ博士号を持った客員研究員の出したデータであっても、しっかりと検証するべきでした。今回の調査報告書で、私については、「不正行為は認定されなかった。」と結論されましたが、「このような捏造を生じ
    させたことの(私の)責任は過失とはいえ重大である。」との調査委員会のご指摘はもっともであり、私はこれを真摯に受け止めます。

    STAP細胞に関する研究論文の疑義について真摯に向き合っていただいた調査委員会、並びに関係者の皆さまのご尽力のおかげで、論文のSTAP細胞、STAP幹細胞およびテラトーマがES細胞由来であったことが明らかにされました。皆さまに対し、大変申し訳なく思うとともに、ご尽力に心からお礼申し上げます。

    私は論文に疑義が見つかった時点で論文撤回を呼びかけ、疑義の調査にできる限りの協力をしてきたつもりです。今後は、本経験を踏まえ、このようなことが二度と起きないよう、質の高い研究と教育に全力を尽くすことで責任を果たしていきたいと思っております。

    • by Jubilee (20038) on 2014年12月27日 19時09分 (#2735141)

      最初に、お疲れ様でした。ありがとうございました。>kaho様

      私は科学者として、重要な新発見につながる可能性を示す根拠となる実験データを捏造することは有り得ないとの信念、並びに若い研究者を応援し、重要な新発見を世に出したいとの思いから、提示された実験データの不正を見抜くことが出来ませんでした。しかし研究室の長としての責任がある以上、たとえ博士号を持った客員研究員の出したデータであっても、しっかりと検証するべきでした。

      「常識の否定なくして進歩はない(Narihara, 1987)」とはいいますが、若手から常識をひっくり返すような「発見」を聞かされたベテランの取るべき行動は「それはすごい、やり方を教えてくれ、うまくいったら論文にしよう」である場合が多いでしょう。カッティングエッジ=現状の延長線上で寸刻を争うような性質ものならともかく、非常識なものならすぐに追いつかれる恐れはないわけですし。なので、「まず検証」が常識だと思います。

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      --
      Jubilee
      親コメント
      • by Anonymous Coward

        わたしは科学には素人ですが、ここのくだりはよく理解できる、もっともなことばかりです。理研にも問題があったとはいえ、たくさんの人が苦しい思いで過ごされてきたと思う。これからもまだまだ大変でしょうが、陰ながら応援、見守っていきたいです。やはり真実をより明らかにすることから、建て直しが始まっていけると思います。KAHOさん、ありがとうございました。

  • by Anonymous Coward on 2014年12月27日 8時36分 (#2734930)

    お疲れ様でした。そして、ほんとうにありがとうございます。
    この一年、kahoさんたちのおかげで、絶望せずにすみました。

    • by Anonymous Coward

      全くその通りでした。私も一読者としてkahoさんにはお礼を申し上げます。

      • 同じくありがとうございました。おつかれさまでした。

        --
        LIVE-GON(リベゴン)
        親コメント
        • by tea_cup (14249) on 2014年12月29日 13時07分 (#2735915) 日記

          卒業後も、口うるさいOBとして、スラッシュドットを見守っていただけると、一参加者としてうれしいです。

          親コメント
        • by Anonymous Coward

          一般市民です。制約の多い苦しいお立場でここまで結論が出してくださった事に感謝申し上げます。
          医療人ですが、kahoさんのような方がいてこの業界も救われました
          本当にありがとうございます。

          • by Anonymous Coward

            ありがとうございました。
            今年1月末の例の記者会見をTVで見ていた夫(100%文系です)が「何かの間違いだと思う」とつぶやき、それがきっかけで、私も素人ながら、Kaho先生はじめ研究者の皆さんのBlogやTwitterを追った一年でした。本当にご苦労さまでした。Twitterでのチェスタトンの引用は心に染みました。
            ますますのご活躍を祈念しています。

    • by Anonymous Coward

      真実を知りたいという気持ちから読者になり、応援しておりました。
      kahoさんはじめ、真相解明に尽力された方々には科学者の良心を示していただきました。
      ありがとうございました。一層のご活躍をお祈りします。

  • by Anonymous Coward on 2014年12月28日 10時32分 (#2735326)

    色々と参考になりました。
    今から思うと3月に論文取り下げていればO氏の再起もあったでしょうに、O氏とB氏が取り下げをゴネて問題を大きくしました。
    理研上層部は事態収拾を急ごうと、真相解明はせず論文不正で処理しようと考えたが、Kaho氏、日本分子生物学会始めとした科学コミュニティの自浄作用が働いた結果、真相解明につながったかと思います。

    常識があれば、3月にO氏・B氏は論文取下げすべきところ、何を思ったかゴネて問題を大きくし、結果S氏の自死等関係者に多大な影響を与えた事を理解しているとは思われません。確か今年9月にもSTAPプロトコール出しており、なんじゃこりゃと思いました。
    恐らくO氏、B氏は何の罪の意識も無く、これまで通りノウノウと活動出来るものと考えているようですが、O氏は学位剥奪で良いかと思いますが、B氏についても虚言を振りまき問題を大きくした行為に対し何らかの対応が必要かと思いました。

  • by Anonymous Coward on 2014年12月28日 12時32分 (#2735349)

    貴日記は初めから拝読させていただいておりました。あまりにもでたらめでほっておけないという怒りが強く伝わってくる内容でした。外部からの批判と異なり、組織の中の人間として難しいお立場であったと拝察いたしますが、科学者・研究者としての良心が、理研という指導的な研究機関の一員としての誇りが行動のエネルギーになったのではないでしょうか。この問題は日記が「これで最後」といった5月の時点で、普通なら解決していたはずです。2月でも3月でも、現場保存と遺留品の調査という当たり前の事をして、解析を進めていたら、「なあんだ」ということがすぐわかり、笹井先生からの証言も得られて一件落着ということになっていたと思います。ドジで未熟の研究者が筆頭著者だけれど「根幹は揺るがない」などと悪あがきしたり、笹井先生のように「一部に問題はあるが、合理的な仮説だ」などと、みっともなくずるずると引っ張ることもなかったと思います。現場検証や遺留品の調査などは、犯罪を疑われている人間に対してやることで、科学者に対してすることではないと、相澤先生が反対したから当然のことができず問題を大きくしたのでしょうか。
    ところで、ヘンドリック・シェーンの事件でも、データは廃棄したとか超伝導のチップは沈没したコンテナーの中だとか言っていました。今回の調査報告は、不正認定を避けるためにはデータを捨てればよい、小渕さんの側近がPCにドリスで穴を開け破壊したようにやれば安全・安心だということを、第2の小保方さんを目指す危ない研究者に保証したことになるのではと心配です。
    それにしても、調査委員会から「われわれはES細胞が混入したという証拠を持っています。」と言われて、「絶対、私は混入していません。」と答えた小保方さんは同時並行で行われていた「再現実験」にどんな気持ちで取り組んでいたのでしょう。ピペットの先にちょっとESをつければ再現できるのにと悔しい思いだったのかもしれません。反対意見が多い中で強行され、「できなければ本人もあきらめるだろう」などと小保方さんの気がすむことも目的に入ったこころやさしいこの「再現実験」は、まれに見る茶番としか言いようがありません。

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ナニゲにアレゲなのは、ナニゲなアレゲ -- アレゲ研究家

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