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shimotsukiのコメント: Re:億年後の日本列島は (スコア 1) 46

by shimotsuki (#3485169) ネタ元: 糸魚川北部にプレート境界なし

逆です。全部ユーラシアに引き寄せられます。他の島、大陸もほとんどがユーラシアに激突し、超大陸になると予想されています。それまでの過程で距離が大きくなる期間がないとは限りませんけど。

13606797 comment

shimotsukiのコメント: Re:未知のDNAってどうやって見つけるんだろ? (スコア 1) 19

わかりますよ。
色々な生物のDNAがごっちゃになっていても、各DNA分子をそれぞれ増幅して、増幅産物を網羅的に解読する技術があるんですよ(というか、それがなかったら環境DNA関連技術はここまで流行っていない)。

13606758 comment

shimotsukiのコメント: Re:未知のDNAってどうやって見つけるんだろ? (スコア 1) 19

魚か両生類か哺乳類か爬虫類かくらいはほとんどの場合わかります。
塩基配列さえ得られれば、「爬虫綱には含まれそうだが、爬虫綱内のどの目とも言えない未知の生物」という辺りまでいける可能性もかなりあります。
脊椎動物は既知のデータが多いですからね。

13598648 comment

shimotsukiのコメント: Re:論文投稿時にわかっていたことばかりのような (スコア 1) 38

サイレポの査読がザルだから、でいいんじゃないかな。
Nature系列のブランド力でPLOS ONEから地位を奪ったけど、平均的な質は高くないと思います(PLOS ONEも)。
元々緩い査読方針だし、査読の期限は「依頼日から10日間」しかなくて、すげー短いし(昨年査読やった)。
もしかしたら今はもっと短いかも。

13466632 comment

shimotsukiのコメント: うんこにはもっと良い個人特定情報が含まれている (スコア 1) 51

うんこをした本人のDNAがたっぷり入っているので、それを解読する方が手っ取り早いです。
「できるかもしれない」ではなく、確実にできますから。
記事でも、テーラーメイド医療には腸内細菌叢も考慮に入れる必要があるかも、と言っており、個人特定に使えるなどとは言っていない。
これはタレコミ人の拡大解釈です。

なお、当該論文はこちらです。
https://doi.org/10.1016/j.humic.2017.09.001

13230268 comment

shimotsukiのコメント: Re:PENTAX買収からたった6年、思ったより伸びなかったってこと? (スコア 1) 51

不動産屋が部屋の内装をWebから見られるようにするために使いまくっていますよ。
Webサイトに登録するとき、全天画像があると色々と優遇されるようになっているらしい。

13176259 comment

shimotsukiのコメント: Re:この方法で鶏と大豆の量比は推定できない (スコア 2) 79

ミトコンドリアDNAと葉緑体DNAなので、細胞数の比率ですらありませんよ。ミトコンドリアゲノムと葉緑体ゲノムの比率です。

ただ、他社より植物の混入が多そうだ、というのは言ってもいいかもしれません。

いずれにしろ、手法が適切ではない、あるいは結論が誇張されている、のは間違いないでしょう。

サブウェイには、重量比のわかっている鶏+大豆サンプルでDNAを定量してDNA量比から重量比を推定できるモデルを作成し、自社製品に適用してDNA量比から重量比を推定して自社の主張が正しいことを証明することをオススメします。

13176231 comment

shimotsukiのコメント: この方法で鶏と大豆の量比は推定できない (スコア 5, 参考になる) 79

CBCのNews記事
http://www.cbc.ca/news/business/subway-defends-its-chicken-after-cbc-marketplace-report-1.4005268
に方法を記したドキュメントが掲載されている。

DNAの抽出後、鶏DNA量は脊椎動物のミトコンドリアDNAを増幅するプライマーを用いて測定し、植物DNA量は葉緑体DNAを増幅するプライマーを用いて測定している。測定はPicoGreenとあるので、リアルタイム定量PCRではない可能性が高い。

ミトコンドリアDNAも葉緑体DNAも1細胞に多くのコピーが含まれており「検出」(含まれているか含まれていないかの判定)には適しているが、1細胞当たりや単位重量当たりのコピー数は種や部位によって大幅に異なるので、素材の重量比を復元するには適していない。つまり、そのDNA量比は何も表してはいない。また、鶏以外の脊椎動物にもマッチするユニバーサルプライマーを用いているので、鶏DNAには必ずしも適しておらず、増幅効率が良くない可能性もあるだろう。これは植物の定量に用いたプライマーにも言える。さらに言えば、定量したDNAが鶏と大豆かどうかも確実ではない。

鶏と植物の同定は、別のプライマーセットを用いてミトコンドリアCOI領域、葉緑体trnLイントロン領域を増幅し、ABI 3730で解読して得た配列を既知配列と比較して行っている。そのため、これらの配列が鶏と大豆(や他の植物)の配列であるのは間違いないだろう。しかし、前述のとおり、定量したときの増幅産物DNAが鶏と大豆のDNAかどうかは断言できない。

以上のように、方法に問題があるので、DNA量比は鶏と大豆の量比を反映しているとは言えず、サブウェイの言い分が正しい可能性は十分あるだろう。ただし、鶏と大豆の量比がわかっているサンプルに予めこの方法を適用し、DNA量から元の量比を推定するモデルを作成して当てはめているのであれば、別である。

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コンピュータは旧約聖書の神に似ている、規則は多く、慈悲は無い -- Joseph Campbell

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