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shimotsukiのコメント: 新種は認定されない (スコア 1) 19

by shimotsuki (#4528612) ネタ元: 福井の羽毛恐竜化石を新種と認定

新種は「記載」されるものであって、「認定」されるものではありません。
そもそも認定機関も存在しません。
個々の研究者が心の中で認めていたり認めていなかったりすることはあるので、記載論文の査読者や担当編集者は認めている可能性はありますが、それも必ずしもそうとは限りません(体裁を満たしているかどうかしか確認しない研究者もいるので)。

なお、「新種」と呼べるのは記載論文発表直後のみ。
記載前は「未記載種」、発表から時間が経てば既知種。

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エドワード・O・ウィルソンが92歳で死去

タレコミ by shimotsuki
shimotsuki 曰く、
現地時間12月26日、進化生物学・生態学・生物多様性科学に多大な貢献をしたエドワード・O・ウィルソン(Edward Osbourne Wilson)が92歳で亡くなった(E.O.Wilson Biodiversity Foundation(PDF)、New York TimesReuter時事通信)。

エドワード・O・ウィルソンは、1963年にロバート・H・マッカーサーと共著で種数平衡理論に関する論文を発表し、1967年にこれを含む著名な書籍『The Theory of Island Biogeography』を著したことで生態学と進化生物学に新たな基礎理論を打ち立てた。また、1975年に出版された『Sociobiology: The New Synthesis (邦題:社会生物学)』は、長く続く論争の幕開けとなった。1978年の『On Human Nature (邦題:人間の本性について)』、および1990年にバート・ヘルドブラーと共同で出版した『The Ants (邦題:蟻の自然誌)』ではピューリッツァー賞を受賞している。日本との関係では、1993年に国際生物学賞、2021年にコスモス国際賞を受賞している。
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shimotsukiのコメント: Re:緑茶と烏龍茶と紅茶 (スコア 1) 32

by shimotsuki (#4153529) ネタ元: 紅茶の抹茶

典型的な間違った茶の説明です。
緑茶と烏龍茶と紅茶の違いは製法です。
製法に伴って発酵度合いのレンジはある程度絞られます(緑茶は不発酵)が、烏龍茶と紅茶の発酵度合いは物によって千差万別で、緑茶に見えるほど発酵が浅い紅茶(ダージリン春摘みなど)もあるし、紅茶のように発酵が進んでいる烏龍茶(東方美人など)もあります。
茶を色々飲んでいれば誰でも気付くレベルの明らかな間違いなのですが、長年日本では流布していますね。
一体何をどう間違ったらこんなことになるのか不思議でなりません。

15423040 comment

shimotsukiのコメント: Re:PCRとリアルタイムPCR (スコア 2) 50

どこの世界の話なんだそれは・・・。
病院の検査用に限定してるでしょそれは。

研究ではリアルタイムPCRである必要がない用途は多く、価格は1桁違うので、普通のPCR用サーマルサイクラーの方が今でも圧倒的多数派です(私の周辺では5:1かもっと差が大きい)。
リアルタイムPCR装置は200万からになりますが、通常のPCR用サーマルサイクラーは30万からですので(いずれも96サンプル未満しか扱えない機種はもっと安いものもあるが、ここでは除外)、必要がなければ通常のサーマルサイクラーを買うでしょう。
温度変化速度や設置面積など、通常のサーマルサイクラーの方が勝っている部分も多くあるので、必要がなければリアルタイムPCR装置を選ぶことはありません。

15336574 comment

shimotsukiのコメント: 個人的には助かる (スコア 2) 23

Firefoxで、誤ってダウンロードでなく閲覧を選んでしまったり、閲覧後にやっぱりダウンロードして保存する必要があるなと判断したりすることがよくある。
この方式にしてもらえると、私の場合はとても助かる。

13904899 comment

shimotsukiのコメント: Re:Windowsでまともなファイルバックアップソフトウェアがほとんど存在しない理由 (スコア 3, 参考になる) 103

ファイル履歴は全角文字と半角文字を区別しないため、「File.txt」と「File.txt」を同一ファイルと誤認する。
そして、同一ファイルが同一フォルダに複数存在するとコケる。
でもそういうのがなくてもまともに動作しないですね。
パスの長さとかダメ文字とかなんだろうとは思いますが。
ファイルパスの余計な正規化処理が入っていて、それが国際化非対応なんでしょう。
何度も公式フォーラムで出ている話題ですが、全く改善される気配がありません。
公式フォーラムからのフィードバックしてないんでしょうね。

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shimotsukiのコメント: Re:億年後の日本列島は (スコア 1) 46

by shimotsuki (#3485169) ネタ元: 糸魚川北部にプレート境界なし

逆です。全部ユーラシアに引き寄せられます。他の島、大陸もほとんどがユーラシアに激突し、超大陸になると予想されています。それまでの過程で距離が大きくなる期間がないとは限りませんけど。

13606797 comment

shimotsukiのコメント: Re:未知のDNAってどうやって見つけるんだろ? (スコア 1) 19

わかりますよ。
色々な生物のDNAがごっちゃになっていても、各DNA分子をそれぞれ増幅して、増幅産物を網羅的に解読する技術があるんですよ(というか、それがなかったら環境DNA関連技術はここまで流行っていない)。

13606758 comment

shimotsukiのコメント: Re:未知のDNAってどうやって見つけるんだろ? (スコア 1) 19

魚か両生類か哺乳類か爬虫類かくらいはほとんどの場合わかります。
塩基配列さえ得られれば、「爬虫綱には含まれそうだが、爬虫綱内のどの目とも言えない未知の生物」という辺りまでいける可能性もかなりあります。
脊椎動物は既知のデータが多いですからね。

13598648 comment

shimotsukiのコメント: Re:論文投稿時にわかっていたことばかりのような (スコア 1) 38

サイレポの査読がザルだから、でいいんじゃないかな。
Nature系列のブランド力でPLOS ONEから地位を奪ったけど、平均的な質は高くないと思います(PLOS ONEも)。
元々緩い査読方針だし、査読の期限は「依頼日から10日間」しかなくて、すげー短いし(昨年査読やった)。
もしかしたら今はもっと短いかも。

13466632 comment

shimotsukiのコメント: うんこにはもっと良い個人特定情報が含まれている (スコア 1) 51

うんこをした本人のDNAがたっぷり入っているので、それを解読する方が手っ取り早いです。
「できるかもしれない」ではなく、確実にできますから。
記事でも、テーラーメイド医療には腸内細菌叢も考慮に入れる必要があるかも、と言っており、個人特定に使えるなどとは言っていない。
これはタレコミ人の拡大解釈です。

なお、当該論文はこちらです。
https://doi.org/10.1016/j.humic.2017.09.001

13230268 comment

shimotsukiのコメント: Re:PENTAX買収からたった6年、思ったより伸びなかったってこと? (スコア 1) 51

不動産屋が部屋の内装をWebから見られるようにするために使いまくっていますよ。
Webサイトに登録するとき、全天画像があると色々と優遇されるようになっているらしい。

13176259 comment

shimotsukiのコメント: Re:この方法で鶏と大豆の量比は推定できない (スコア 2) 79

ミトコンドリアDNAと葉緑体DNAなので、細胞数の比率ですらありませんよ。ミトコンドリアゲノムと葉緑体ゲノムの比率です。

ただ、他社より植物の混入が多そうだ、というのは言ってもいいかもしれません。

いずれにしろ、手法が適切ではない、あるいは結論が誇張されている、のは間違いないでしょう。

サブウェイには、重量比のわかっている鶏+大豆サンプルでDNAを定量してDNA量比から重量比を推定できるモデルを作成し、自社製品に適用してDNA量比から重量比を推定して自社の主張が正しいことを証明することをオススメします。

13176231 comment

shimotsukiのコメント: この方法で鶏と大豆の量比は推定できない (スコア 5, 参考になる) 79

CBCのNews記事
http://www.cbc.ca/news/business/subway-defends-its-chicken-after-cbc-marketplace-report-1.4005268
に方法を記したドキュメントが掲載されている。

DNAの抽出後、鶏DNA量は脊椎動物のミトコンドリアDNAを増幅するプライマーを用いて測定し、植物DNA量は葉緑体DNAを増幅するプライマーを用いて測定している。測定はPicoGreenとあるので、リアルタイム定量PCRではない可能性が高い。

ミトコンドリアDNAも葉緑体DNAも1細胞に多くのコピーが含まれており「検出」(含まれているか含まれていないかの判定)には適しているが、1細胞当たりや単位重量当たりのコピー数は種や部位によって大幅に異なるので、素材の重量比を復元するには適していない。つまり、そのDNA量比は何も表してはいない。また、鶏以外の脊椎動物にもマッチするユニバーサルプライマーを用いているので、鶏DNAには必ずしも適しておらず、増幅効率が良くない可能性もあるだろう。これは植物の定量に用いたプライマーにも言える。さらに言えば、定量したDNAが鶏と大豆かどうかも確実ではない。

鶏と植物の同定は、別のプライマーセットを用いてミトコンドリアCOI領域、葉緑体trnLイントロン領域を増幅し、ABI 3730で解読して得た配列を既知配列と比較して行っている。そのため、これらの配列が鶏と大豆(や他の植物)の配列であるのは間違いないだろう。しかし、前述のとおり、定量したときの増幅産物DNAが鶏と大豆のDNAかどうかは断言できない。

以上のように、方法に問題があるので、DNA量比は鶏と大豆の量比を反映しているとは言えず、サブウェイの言い分が正しい可能性は十分あるだろう。ただし、鶏と大豆の量比がわかっているサンプルに予めこの方法を適用し、DNA量から元の量比を推定するモデルを作成して当てはめているのであれば、別である。

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UNIXはシンプルである。必要なのはそのシンプルさを理解する素質だけである -- Dennis Ritchie

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