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13904899 comment

shimotsukiのコメント: Re:Windowsでまともなファイルバックアップソフトウェアがほとんど存在しない理由 (スコア 3, 参考になる) 103

ファイル履歴は全角文字と半角文字を区別しないため、「File.txt」と「File.txt」を同一ファイルと誤認する。
そして、同一ファイルが同一フォルダに複数存在するとコケる。
でもそういうのがなくてもまともに動作しないですね。
パスの長さとかダメ文字とかなんだろうとは思いますが。
ファイルパスの余計な正規化処理が入っていて、それが国際化非対応なんでしょう。
何度も公式フォーラムで出ている話題ですが、全く改善される気配がありません。
公式フォーラムからのフィードバックしてないんでしょうね。

13723869 comment

shimotsukiのコメント: Re:億年後の日本列島は (スコア 1) 46

by shimotsuki (#3485169) ネタ元: 糸魚川北部にプレート境界なし

逆です。全部ユーラシアに引き寄せられます。他の島、大陸もほとんどがユーラシアに激突し、超大陸になると予想されています。それまでの過程で距離が大きくなる期間がないとは限りませんけど。

13606797 comment

shimotsukiのコメント: Re:未知のDNAってどうやって見つけるんだろ? (スコア 1) 19

わかりますよ。
色々な生物のDNAがごっちゃになっていても、各DNA分子をそれぞれ増幅して、増幅産物を網羅的に解読する技術があるんですよ(というか、それがなかったら環境DNA関連技術はここまで流行っていない)。

13606758 comment

shimotsukiのコメント: Re:未知のDNAってどうやって見つけるんだろ? (スコア 1) 19

魚か両生類か哺乳類か爬虫類かくらいはほとんどの場合わかります。
塩基配列さえ得られれば、「爬虫綱には含まれそうだが、爬虫綱内のどの目とも言えない未知の生物」という辺りまでいける可能性もかなりあります。
脊椎動物は既知のデータが多いですからね。

13598648 comment

shimotsukiのコメント: Re:論文投稿時にわかっていたことばかりのような (スコア 1) 38

サイレポの査読がザルだから、でいいんじゃないかな。
Nature系列のブランド力でPLOS ONEから地位を奪ったけど、平均的な質は高くないと思います(PLOS ONEも)。
元々緩い査読方針だし、査読の期限は「依頼日から10日間」しかなくて、すげー短いし(昨年査読やった)。
もしかしたら今はもっと短いかも。

13466632 comment

shimotsukiのコメント: うんこにはもっと良い個人特定情報が含まれている (スコア 1) 51

うんこをした本人のDNAがたっぷり入っているので、それを解読する方が手っ取り早いです。
「できるかもしれない」ではなく、確実にできますから。
記事でも、テーラーメイド医療には腸内細菌叢も考慮に入れる必要があるかも、と言っており、個人特定に使えるなどとは言っていない。
これはタレコミ人の拡大解釈です。

なお、当該論文はこちらです。
https://doi.org/10.1016/j.humic.2017.09.001

13230268 comment

shimotsukiのコメント: Re:PENTAX買収からたった6年、思ったより伸びなかったってこと? (スコア 1) 51

不動産屋が部屋の内装をWebから見られるようにするために使いまくっていますよ。
Webサイトに登録するとき、全天画像があると色々と優遇されるようになっているらしい。

13176259 comment

shimotsukiのコメント: Re:この方法で鶏と大豆の量比は推定できない (スコア 2) 79

ミトコンドリアDNAと葉緑体DNAなので、細胞数の比率ですらありませんよ。ミトコンドリアゲノムと葉緑体ゲノムの比率です。

ただ、他社より植物の混入が多そうだ、というのは言ってもいいかもしれません。

いずれにしろ、手法が適切ではない、あるいは結論が誇張されている、のは間違いないでしょう。

サブウェイには、重量比のわかっている鶏+大豆サンプルでDNAを定量してDNA量比から重量比を推定できるモデルを作成し、自社製品に適用してDNA量比から重量比を推定して自社の主張が正しいことを証明することをオススメします。

13176231 comment

shimotsukiのコメント: この方法で鶏と大豆の量比は推定できない (スコア 5, 参考になる) 79

CBCのNews記事
http://www.cbc.ca/news/business/subway-defends-its-chicken-after-cbc-marketplace-report-1.4005268
に方法を記したドキュメントが掲載されている。

DNAの抽出後、鶏DNA量は脊椎動物のミトコンドリアDNAを増幅するプライマーを用いて測定し、植物DNA量は葉緑体DNAを増幅するプライマーを用いて測定している。測定はPicoGreenとあるので、リアルタイム定量PCRではない可能性が高い。

ミトコンドリアDNAも葉緑体DNAも1細胞に多くのコピーが含まれており「検出」(含まれているか含まれていないかの判定)には適しているが、1細胞当たりや単位重量当たりのコピー数は種や部位によって大幅に異なるので、素材の重量比を復元するには適していない。つまり、そのDNA量比は何も表してはいない。また、鶏以外の脊椎動物にもマッチするユニバーサルプライマーを用いているので、鶏DNAには必ずしも適しておらず、増幅効率が良くない可能性もあるだろう。これは植物の定量に用いたプライマーにも言える。さらに言えば、定量したDNAが鶏と大豆かどうかも確実ではない。

鶏と植物の同定は、別のプライマーセットを用いてミトコンドリアCOI領域、葉緑体trnLイントロン領域を増幅し、ABI 3730で解読して得た配列を既知配列と比較して行っている。そのため、これらの配列が鶏と大豆(や他の植物)の配列であるのは間違いないだろう。しかし、前述のとおり、定量したときの増幅産物DNAが鶏と大豆のDNAかどうかは断言できない。

以上のように、方法に問題があるので、DNA量比は鶏と大豆の量比を反映しているとは言えず、サブウェイの言い分が正しい可能性は十分あるだろう。ただし、鶏と大豆の量比がわかっているサンプルに予めこの方法を適用し、DNA量から元の量比を推定するモデルを作成して当てはめているのであれば、別である。

12835477 comment

shimotsukiのコメント: 論文 (スコア 5, 興味深い) 90

論文はこれ。
http://dx.doi.org/10.1111/jeb.12882
まだ自宅なので読めない・・・。

ちなみに、2年前に「日本生態学会誌」にて白亜紀末の絶滅特集があったので紹介しておく。
http://ci.nii.ac.jp/vol_issue/nels/AN00193852/ISS0000503176_ja.html
比較的最近の成果を日本語の総説で誰でも読める。

12832296 comment

shimotsukiのコメント: パワーメーターと連携した全自動変速 (スコア 1) 68

パワーメーターで負荷を監視して、それに応じて自動的に変速するシステムとかどうか。
従来通りレバーによる操作も可能で、乗り手のクセを学習して再生できるようになる、という感じで。
同じ乗り手でも体調によって変えたりしたいだろうし意図しない変速はウザいだろうから、レース向きではないかな。
かと言って一般人に売れるような価格にもならないか。
技術的には可能なはず、ということで。

あとは路面の荒れを振動で検知して、サスペンションの硬さを変化させる、とか。
パヴェやグラベルでは振動吸収優先でアスファルトでは力の伝達優先みたいな。

12762470 comment

shimotsukiのコメント: 掲載誌はNatureではない (スコア 1) 18

Nature Communicationsという姉妹誌です。

Nature Communicationsは最初から投稿することもできますが、Natureでリジェクトされた原稿が「査読を引き継ぎますよ」と言われて回される先になっています。
Nature系での序列だと、
Nature
Natureなんとか(Communications以外。各分野のトップジャーナル)
Nature Communications
Scientific Reports
となります(他にもあるけど省略)。
とは言え、かなりの影響力のあるジャーナルではあります。

最近は、上位のジャーナルを擁する出版社が「惜しい原稿」を金にするために、「査読を引き継げるオープンアクセス=著者からお金を取る姉妹誌」を沢山作っています。
Nature Communicationsはその中の一つです。
このようなジャーナルは、著者からお金を取ることで出版社にとって低リスクで「惜しいレベルの原稿」の他社への流出を防ぐことができ、著者にとっては査読内容を引き継いでもらえて早く結果が得られ、場合によっては「次点レベルのジャーナル」に載るというわけでかなり増えています。
ちなみに、Nature Communicationsの掲載料(Article Processing Charge)は66万1500円で、他国に比べてダントツに高いお値段となっています。
http://www.nature.com/ncomms/open_access/index.html#APC

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身近な人の偉大さは半減する -- あるアレゲ人

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