von_yosukeyanの日記： 知的所有権(2)
種子の例で言えば、種子の製法（遺伝子配列だとか品種改良だとか諸々）は、特許権の範疇に入ります。特許権は、申請された時点で類似の特許が存在していたり、特許権が設定されていないものでも既知のものであれば特許権は認可されません。
ただ、ちとゲノム特許に関しては勉強中なのでよくわからない点が多いです。ゲノムの場合でも、ただ解読しただけでは特許権は発生しないというのが一般的です（日本/EUの場合）。
一方、ソフトウェアは著作権という一面もありますが、同時に特許権という一面もあります。また、GUI画面などは意匠権にも入るかもしれません。著作権は特許権と異なり、創作の時点で同時に権利が発生します。つまり、特に登録しなくても権利は発生し、保護されます。また放棄することも基本的にはできません。GPLやフリーソフトは、法的に言えば著作権行使を留保（保留）している状態と言えるでしょう。
特にソフトウェア著作権に関しては、クリーンルーム方式（ソフトウェアをそのままコピーするのではなく、仕様を解析して互換のソフトを新たに開発する）を使えば合法であるという判例があります。チップに関してもほぼ同じですが、回路配置法（米国では半導体チップ法）に基づき回路図面を登録する必要があります。
しかし、著作権がクリアされていても特許権が設定されている機能があれば、それは回避することはできません。
『農村の寓話』に適用してみると
A.農村で伝統的に栽培されていた作物（特許申請していれば基本特許）
B.食料企業がAを参考に改良し、特許申請した作物（周辺特許）
という二つの段階があると思います。ここで、特許権が認められるのはBのみで、Aは食料企業の特許料請求にはなり得ません。
例えば、判例（審決）ではある会社が独自の技術で改良した消防車を、納入してから数日後に特許申請した事例でも、「既知のものである」としたものがあります。