von_yosukeyanの日記: 名古屋大学・理研、専用計算機で分子立体構造解析を高速化
日記 by
von_yosukeyan
http://www.riken.jp/r-world/info/release/press/2004/041028/
いい加減な題でアレだが、タンパク質結晶の構造決定に必要なX線回折データ解析に、理研の開発したMDMと名大のアルゴリズムの組み合わせで、計算機解析法が本格的に実用化できそうだ、という話。開発したアルゴリズムを、近いうちにMDGRAPE-3に応用し、日経(朝刊紙面の話でスマソ)によると、MDGRAPE-3とセットで外販も検討しているそうだ
粒子専用計算機といえば東大のGRAPEシリーズが有名なんだが、理研のMDGRAPEシリーズは、応用範囲は全く違うが東大のGRAPEの兄弟分になるそうだ。正確に言えば、GRAPE-2から別系統で進化したもので、現行MDMの次世代システムの基盤になるMDGRAPE-3も、8月に名大と理研の共同開発という形で公表されている。日立のHDL4Nラインを使って生産され、FC-BGAにパッケージングされたチップは、単体で198GFLOPSの性能をたたき出すという。ただし、消費電力は350Mhz動作時で19Wもあるので、高集積な実装となると苦労しそうな感じがしなくもない
たんぱく質の立体構造解析は膨大な計算が必要になるため、米国の政府系研究機関とか金のあるバイオベンチャー(VCや製薬会社から金をもらってる)なんかは、SGIを大量に並べたり、ラックに大量のPCを押し込んで力任せに計算してるところもあるけど、粒子専用計算機を構造解析計算にも使えることを実証したという意味で興味深い
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