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kahoさんが本文中で示されたデータから、「CD45+細胞だけがOct4-GFPのトランスジェニックマウスで,それ以外は違う細胞を使っています」との結論に至る理由がわからないのですが、どなたか説明できますか?
Oct4-GFP TgマウスはOct4プロモータにGFPをつないだトランスジーンをゲノム上に複数個有するマウスだと理解しています。解析例はChIP-Seqのinput リードをマウスのリファレンス配列にマッピングした結果だと思いますが、Oct4プロモータ領域の配列だけが極端に多く読まれている、ということでしたら先の結論も納得できるのですが、そのような図には見えません。
私は理研とは全く関わりがありませんし、小保方氏の論文についても懐疑的ですが、気になったのでコメントさせていただきました。
Dr. Knoefplerのブログのコメントに以下のリンクがありました。これはKahoさんがゲノムデータから解析した事実はすでに著者らが公表しているということでしょうか?何故Strainの異なるマウスから得たサンプルをコントロールとして使用したのか、全くわかりません。少なくとも実験系としてはきちんとコントロールされておらず、低レベルの杜撰なデータ解析であることは明らかです。
CD45+cell(derived from Oct3/4::gfp C57BL/6) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393440 [nih.gov] ESCell(derived from C57BL/6 x 129/sv ) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393446 [nih.gov] STAP Cell(derived from C57BL/6 x 129/sv) http://www.ncbi. [nih.gov]
これ私もみました。コメントに引用してある理研プロトコールの文章、“C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carryingRosa26-gfp (2 of 2), and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16)”.から推測すると、
CD45+細胞がOct4-gfp由来,STAP細胞,STAP-幹細胞,ES細胞がcag-gfp由来であることが疑われ、
kahoさんの分析通りな気がします。
なぜ一部の細胞だけOct4-gfp由来なんでしょうか?少なくともノプラーさんのところのコメントにもあるように、ES細胞のコンタミの可能性を否定する証拠としては弱い気がします。
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kahoさんが本文中で示されたデータから、
「CD45+細胞だけがOct4-GFPのトランスジェニックマウスで,それ以外は違う細胞を使っています」
との結論に至る理由がわからないのですが、どなたか説明できますか?
Oct4-GFP TgマウスはOct4プロモータにGFPをつないだトランスジーンをゲノム上に複数個有するマウスだと理解しています。
解析例はChIP-Seqのinput リードをマウスのリファレンス配列にマッピングした結果だと思いますが、
Oct4プロモータ領域の配列だけが極端に多く読まれている、ということでしたら先の結論も納得できるのですが、そのような図には見えません。
私は理研とは全く関わりがありませんし、小保方氏の論文についても懐疑的ですが、気になったのでコメントさせていただきました。
Re: (スコア:1)
Dr. Knoefplerのブログのコメントに以下のリンクがありました。これはKahoさんがゲノムデータから解析した事実はすでに著者らが公表しているということでしょうか?
何故Strainの異なるマウスから得たサンプルをコントロールとして使用したのか、全くわかりません。少なくとも実験系としてはきちんとコントロールされておらず、低レベルの杜撰なデータ解析であることは明らかです。
CD45+cell(derived from Oct3/4::gfp C57BL/6)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393440 [nih.gov]
ESCell(derived from C57BL/6 x 129/sv )
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393446 [nih.gov]
STAP Cell(derived from C57BL/6 x 129/sv)
http://www.ncbi. [nih.gov]
Re:データの読み方 (スコア:0)
これ私もみました。コメントに引用してある理研プロトコールの文章、“C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying
Rosa26-gfp (2 of 2), and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16)”.から推測すると、
CD45+細胞がOct4-gfp由来,
STAP細胞,STAP-幹細胞,ES細胞がcag-gfp由来であることが疑われ、
kahoさんの分析通りな気がします。
なぜ一部の細胞だけOct4-gfp由来なんでしょうか?
少なくともノプラーさんのところのコメントにもあるように、ES細胞のコンタミの可能性を否定する証拠としては弱い気がします。