Dr. Knoefplerのブログのコメントに以下のリンクがありました。これはKahoさんがゲノムデータから解析した事実はすでに著者らが公表しているということでしょうか？ 何故Strainの異なるマウスから得たサンプルをコントロールとして使用したのか、全くわかりません。少なくとも実験系としてはきちんとコントロールされておらず、低レベルの杜撰なデータ解析であることは明らかです。
Fig.2 のi, Extended Fig.3 の b と c などは、Chip-seqではなく、RNA-seqのデータに基づいた図ではないでしょうか？ Chip-seqでは、CD45+細胞だけ、雄でOct-GFPマウス由来なのですが、 RNA-seqでは、CD45+細胞も、C57BL/6 x 129/svマウス由来で、STAP細胞、STAP-SC細胞も、C57BL/6 x 129/svマウス由来です。 （ただ、 TS cell は、CD1strain由来のようなので、それは問題かもしれません。）
データの読み方 (スコア:0)
kahoさんが本文中で示されたデータから、
「CD45+細胞だけがOct4-GFPのトランスジェニックマウスで，それ以外は違う細胞を使っています」
との結論に至る理由がわからないのですが、どなたか説明できますか？
Oct4-GFP TgマウスはOct4プロモータにGFPをつないだトランスジーンをゲノム上に複数個有するマウスだと理解しています。
解析例はChIP-Seqのinput リードをマウスのリファレンス配列にマッピングした結果だと思いますが、
Oct4プロモータ領域の配列だけが極端に多く読まれている、ということでしたら先の結論も納得できるのですが、そのような図には見えません。
私は理研とは全く関わりがありませんし、小保方氏の論文についても懐疑的ですが、気になったのでコメントさせていただきました。
Re: (スコア:1)
Dr. Knoefplerのブログのコメントに以下のリンクがありました。これはKahoさんがゲノムデータから解析した事実はすでに著者らが公表しているということでしょうか？
何故Strainの異なるマウスから得たサンプルをコントロールとして使用したのか、全くわかりません。少なくとも実験系としてはきちんとコントロールされておらず、低レベルの杜撰なデータ解析であることは明らかです。
CD45+cell(derived from Oct3/4::gfp C57BL/6)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393440 [nih.gov]
ESCell(derived from C57BL/6 x 129/sv )
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393446 [nih.gov]
STAP Cell(derived from C57BL/6 x 129/sv)
http://www.ncbi. [nih.gov]
Re: (スコア:1)
Nature LetterにはChip/RNA-seqのFigがあり、一方、Nature ArtcileにはChip/RNA-seqのFigが無いし本文でも言及されてない。それにも関わらずArtcileにもLetterと同様Chip/RNA-seqの方法が記載されている。ということでいいでしょうか？
ArticleでのBisulphite sequencingによるDNAメチル化解析(Fig2c)や、qPCR解析（Fig.2b）は、Oct4-GFP+のSTAP細胞をFACSで選別して実験している。一方、Chip-seq, RNA-seqでは、B6GFP(cag-gfp transgene) × 129/Svマウス由来である可能性が高く、Oct4-GFP+のSTAP細胞が選別されているわけではない。ということでよろしいでし
Re: (スコア:0)
# 専門外なので外したコメントをしているかもしれませんが…
問題となっているのは、Fig.2 のi, Extended Fig.3 の b と c、およびこれらに関する一連の記述で、
これらの図では CD45+ と STAP cells (また CD45+ と ES cells) に差があるように見えていますが
kaho 氏が http://srad.jp/journal/578591 [srad.jp] で指摘しているように、
「その原因が酸の処理が原因なのか遺伝子の違いによるのかが分かりません」、
ということだと思います。
# というか、そろえて実験すると、CD45+ と STAP cells が同じクラスタに入るんじゃないかと…
Re: (スコア:0)
Fig.2 のi, Extended Fig.3 の b と c などは、Chip-seqではなく、RNA-seqのデータに基づいた図ではないでしょうか？
Chip-seqでは、CD45+細胞だけ、雄でOct-GFPマウス由来なのですが、
RNA-seqでは、CD45+細胞も、C57BL/6 x 129/svマウス由来で、STAP細胞、STAP-SC細胞も、C57BL/6 x 129/svマウス由来です。
（ただ、 TS cell は、CD1strain由来のようなので、それは問題かもしれません。）
BioSample: SAMN02393426; Sample name: CD45+ cell RNA-seq; SRA: SRS559080
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393426 [nih.gov]
RNA-seqデータ一覧：
Re: (スコア:0)
ご指摘ありがとうございます。
確かに
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393440 [nih.gov]
と
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393426 [nih.gov]
とで、異なった由来が記載されていました。
てっきり、ChIP-seq と RNA-seq で同じ検体を用いているものと思っていました。
# このようなことは良く行われることなのでしょうか?
Re:データの読み方 (スコア:0)
あっ、ちょっと待って下さい。
この "strain" の記述の信憑性はどのくらいあるのでしょうか?
# 単に著者の自己申告ということだとちょっと引っかかります。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393440 [nih.gov]
と
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/2393426 [nih.gov]
が異なる検体で実験されたということを確認できる解析手法などはないのでしょうか?