カタログ燃費は排ガス認証試験時に計測した値以外使ってはならない決まりで、排ガス試験は実走したら条件のばらつきが大きくなり過ぎで現実的ではないのでシャシーダイナモ上で行います。
でもって、シャシーダイナモは走行負荷を設定して実走と(理屈上は)同じ条件で走るようにします。
その走行負荷は転がり抵抗と空気抵抗で決まりまして、今回はその両方の値を改ざんして試験を受けていた、ということのようです。

どこのレベルの人間まで知っていたかは推測できませんが、認証時に書面で転がり抵抗と空気抵抗(CdとA)を国交省に知らせなければならない(=そういう書類を作らなければならない)ので
実務者の判断というのは考えにくいのですが、それが当たり前になってるような会社ならありえなくはないのが怖い所。

以前のリコール隠しのことを書くと、いまだにそんなこと言ってるのかよ粘着うぜーアンチ乙などと言う人が出てきますが、
今回の事件を見るに、本質的な体質改善はやっぱり行われていなかったと考えるべきでしょう。

カタログ燃費と実燃費の乖離は全く別の話で、目標速度に対する公差を狭くしていけば両者は近づいていきますが、なぜそれをしないのか不明です。
現に目標速度を綺麗にトレースしないと怒られる北米では乖離は少ないです。