今回の研究は日本人の集団構造を明らかにする，というのは副次的な目的と考えた方がよいと思います．
そうしないと仰るようにこれまでの研究を再実験しただけになってしまいますから．

大規模に調べることの重要性は，これからの研究の基礎となるデータを集めることにあります．
例えば遺伝病Xがあったときに，その病気の患者と健常者を集めて原因遺伝子を調べるためにそれぞれの
DNA配列を比べるという方法がとられます．（ケースコントロールスタディー）
日本人が構造化されていることを考慮に入れないで実験をすると，健常者と患者の違いを調べていた
つもりが，実は参加していただいたボランティアの出身地を調べていただけになってしまう可能性が
あるわけです．

そこでDNAのどの部分が地域性を表しているかを予め理解しておき，その部分を「病気と関わるDNA」
と誤解しないように予めリストアップしておくことができた，ということです．

また逆に，例えば沖縄で異常にに多くの発症率をもつ病気が存在したとき，沖縄型で特徴的な配列の
近くに原因となる遺伝子が存在するかもしれないという候補の絞り込みにも使えるかもしれません．