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単精度なりにがんばる方法がいくつか提案されてます。 http://www.netlib.org/utk/people/JackDongarra/papers.htm [netlib.org] でMixed Precisionをキーワードに探してみてください。Cellそのものをターゲットとしたものもあります。
あと最初のGRAPEは単精度どころか8ビット精度 [nao.ac.jp]でした。結局この辺を割り切って使うかもプログラマの腕の見せ所なんじゃないでしょう
有用な解までたどり着くのに現在のコンピュータでは圧倒的に性能が足りない分野もあるのです。
PS3でも動くFolding@Homeでやってるようなたんぱく質畳み込みは高々数十残基のものを対象にしていますが、さらに大きい100残基以上の巨大なたんぱく質を分子動力学でシミュレーションしたところで現在のシステムではマイクロ秒が精々です。本当に生体を理解し創薬などの応用に生かすためには最低ミリ秒、できれば秒レベルのシミュレーションが必要であり、ハードウェア・ソフトウェア両面のブレイクスルーが不可欠です。
バイオインフォマティクスでは自分の必要としている計算を実現するために生化学と計算機分野共に深い知識を持たないと仕事になりません。計算機ベンダーから降ってくる数値計算ライブラリやパッケージをただ口をあけて待っているような人間はスタートラインにすら立てません。
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ソースを見ろ -- ある4桁UID
単精度じゃ・・・ (スコア:1)
どうなんでしょうねぇ・・・
妖精哲学の三信
「だらしねぇ」という戒めの心、「歪みねぇ」という賛美の心、「仕方ない」という許容の心
Re:単精度じゃ・・・ (スコア:5, 興味深い)
単精度なりにがんばる方法がいくつか提案されてます。 http://www.netlib.org/utk/people/JackDongarra/papers.htm [netlib.org] でMixed Precisionをキーワードに探してみてください。Cellそのものをターゲットとしたものもあります。
あと最初のGRAPEは単精度どころか8ビット精度 [nao.ac.jp]でした。結局この辺を割り切って使うかもプログラマの腕の見せ所なんじゃないでしょう
Re:単精度じゃ・・・ (スコア:0)
普通の研究者にとっては、数値計算は目的ではなく手段ですから。
解が得られるなら手段はなんだっていいわけで、スケーラビリティもたかが知れてて将来性も怪しい専用ハードウェア向けにちまちまコードを書いて誤差評価に悩むより、書類を書いてスパコンを動かすお金を取ってくる方がずっと楽で、おまけに実績にもなる。
Re:単精度じゃ・・・ (スコア:3, 興味深い)
有用な解までたどり着くのに現在のコンピュータでは圧倒的に性能が足りない分野もあるのです。
PS3でも動くFolding@Homeでやってるようなたんぱく質畳み込みは高々数十残基のものを対象にしていますが、さらに大きい100残基以上の巨大なたんぱく質を分子動力学でシミュレーションしたところで現在のシステムではマイクロ秒が精々です。本当に生体を理解し創薬などの応用に生かすためには最低ミリ秒、できれば秒レベルのシミュレーションが必要であり、ハードウェア・ソフトウェア両面のブレイクスルーが不可欠です。
バイオインフォマティクスでは自分の必要としている計算を実現するために生化学と計算機分野共に深い知識を持たないと仕事になりません。計算機ベンダーから降ってくる数値計算ライブラリやパッケージをただ口をあけて待っているような人間はスタートラインにすら立てません。