「Folding@Homeの新GPUクライアントがオープンβテスト開始」記事へのコメント

解析には時間がかかる

[Anonymous Coward]

どんどん対応ハードウェアが増えていって、計算がはかどるのかなと思いますが、
具体的に計算終了までにはどれくらいかかるんでしょうか？

円周率計算のように終わりの無い計算だったりするんでしょうか？

Re:

[Mooolyeee (19868)]

蛋白質はアミノ酸がひも状に結合した高分子化合物でして、
で、そのひも状の高分子化合物が折り畳まれている構造によって、その蛋白質の個性が決定(特定の機能を持ったりする)する、という要素があるようでして。

恐らく、コンピュータ上で理論上実現可能な別の形の構造を追求したり、新しい蛋白質が発見or合成されれば、それも解析の対象となるのではないかと思います。
計算能力がアップすれば、より複雑な蛋白質の解析も可能なのではないかと。
そういうわけで、理論上終わりはあるのだと思いますが、実質終わりは無いと見ても良いのではないかと。

そんな風に私は理解してますが、間違ってない？
素人のいいかげんな理解なんですが。

Re:

[harutin_99 (34900)]

あまりにも計算量が大きすぎるんで、ランダムで構造を仮決めして、
そこからちょっとずつ動かしつつ、都度エネルギー状態を計算。
一番エネルギー状態が低い(安定な)状態へ落とし込んでいくという
ことをします。

最初のランダムな構造によっては、本当に一番エネルギー状態が
低いところに落ち着かず、違う谷間に落ち着くことがあるんで、
そのランダムな構造を何パターンもやって、その本当に一番低い
ところを探っていくということをします。

Re:解析には時間がかかる

[little( (31297)]

ああ、それで、プルプル震えて見えるのか。
今まで、演出か何かだと思ってた…