「バイオインフォマティクスのプログラミングコンテスト」記事へのコメント

オープンソースあってのバイオインフォマティクス

[eureka (736)]

"研究成果をお互いに共有・検証・相互利用できるという観点から，学術研究分野とオープンソースの考え方は親和性が高いような気もしますね。"

bioinformatics はオープンソースによって支えられていますね。日常的に使うDNA/タンパク質配列解析プログラムBLAST [nih.gov], Wise [sanger.ac.uk], HMMER [wustl.edu]などソースが公開されているものがたくさんあります。

また、オープンソースで進められているプロジェクトも多数あります。

• BioDas [biodas.org] (ゲノム配列上の遺伝子に関する情報交換システム)
• BioPerl [bioperl.org] (バイオインフォマティクスのためのPerlモジュール)
• BioJava [biojava.org] (バイオインフォマティクスのためのJavaツール群)
• Ensembl [ensembl.org] (自動ゲノムアノテーションとゲノムビューア)

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-eu

こちらは経済産業省系

[Anonymous Coward]

でもね、その「成果」はお金になるから、全部は「オープン」じゃないんですね。結局今はこの段階だからオープンな部分も許される、という感じですか。ITから引き上げた投資家はまずこちらの方をみんな向いているからね。いまは「バイオ」というだけで投資家はうるさいよ。

日本でも、かなり前から経済産業省のお金で北野共生システムプロジェクト [jst.go.jp]がかなりいろいろやってるね。

表向き「

Re:こちらは経済産業省系

[y_tambe (8218)]

その「成果」はお金になるから、全部は「オープン」じゃないんですね。結局今はこの段階だからオープンな部分も許される、という感じですか。

「全部は」というところがポイントでしょうね。大体はその辺りを狙ってバイオベンチャーが出来たりしてるわけで。
ただソースを完全に公開はしなくても、少なくともアルゴリズムなどは＊まともな＊論文で公開したようなものでないと、結果そのものの「科学的な」信頼性に関わります。「よく判らないけど何か計算してる」ってソフトから出てきたデータを無邪気に信用して研究を進める、と

Re:こちらは経済産業省系

[Anonymous Coward]

肝心な処理のアルゴリズムがオープンであったとしても、高速化／効率化や、UIや使い勝手に工夫がされて研究のスピードアップに役立つものであれば十分商品価値はあると思います。

アルゴリズムはそうそう思いつきませんが、UI/使い勝手程度だと 直ぐみんなに真似されてしまうので儲からなくないですか？

Re:こちらは経済産業省系

[y_tambe (8218)]

＞アルゴリズムはそうそう思いつきませんが、UI/使い勝手程度だと 直ぐみんなに真似されてしまうので儲からなくないですか？

儲かる保証はできませんから「そうかもしれない」としか言えませんね (^^;

でも例えばMOE [rsi.co.jp]というシステムでは分子や蛋白質の立体構造予測などに関するデータベースをうまいこと統合して、研究者がやっていく一連の操作がスムーズになるような工夫がされています。一つ一つの機能はオンラインで無料でやっていけないこともないことばかりですから、「普通の」研究室レベルではさすがに導入コストがもったいないかもしれないけど、扱うべきデータが多くスピード勝負のところ、例えば製薬会社などには結構入ってると聞いてます。

＃MOEの場合さらに蛋白立体構造予測のコンテストでいい成績出したって話もあるんで、アルゴリズム自体の評価もあるんでしょうけど。まぁそういう例もあるよ、ってことで。

Re:こちらは経済産業省系

[Anonymous Coward]

蛋白立体構造予測のコンテストってCASP？