「バイオインフォマティクスのプログラミングコンテスト」記事へのコメント

勉強会とかないかな

[Anonymous Coward]

こういうネタを利用して，プログラマー向けの生物学教室とか（ん？バイオインフォマティクス教室かな）をやってくれる人はいないものでしょうかね．「アプローチ手法の斬新さ，ユニークさ」を審査

Re:勉強会とかないかな

[y_tambe (8218)]

＃あらかじめ、僕もやんないってことだけは表明しておくけど

こういうネタを利用して，プログラマー向けの生物学教室とか（ん？バイオインフォマティクス教室かな）をやってくれる人はいないものでしょうかね

オライリーの本 [oreilly.co.jp]にしてもそうなんですが、バイオインフォマティクスの解説書って基本的にバイオ研究者（でコンピュータの初心者）向けのものばっかりなんですよね、確かに。逆のパターンの本があったら誰か教えてほしいですね。
バイオインフォマティクスに使われるよ

Re:勉強会とかないかな

[Anonymous Coward]

バイオインフォマティクスに使われるような生化学のことをプログラマが理解するのに比べたら、理解すべきことの分量は確かにその方が少ないようには思いますし

一応バイオインフォマティクスを本業にしている者ですが、
この業界では寧ろ、
コンピューターで使われるような情報科学のことを生化学屋が
理解するのに比べたらプログラマが理解すべき生化学の分量は
確かにその方が少ない、と思われている気がします。

情報科学をちょっとかじったことのある人だったら造作もない
ようなことを人の力で頑張っていたりするので、ちょっとくらい
生物が分かって、プログラムが書

Re:勉強会とかないかな

[T.Sawamoto (4142)]

# 生化学用語を知りたいというコメントではありません。

面白そうだな、とは思います。
しかし、本格的に生化学の勉強をするのはちょっと…と躊躇してしまうのも事実です。（『Newton』ぐらいは読んでますが(^^;)）
例えば、『問題 4』は生化学に関する知識は不要なわけですよね。ところが逆に、『問題 3』なんかは「ハイブリダイズって何よ？」となってしまうわけで…。
（あまりに基本的な用語なのか、Googleで調べても分からない。『二本鎖を形成』？　対にするってことかな？）
実際のところ命題を解くに当たって

Re:勉強会とかないかな

[Anonymous Coward]

ハイブリダイズは二本鎖を形成するという意味でよいかと。
Perlで言うと、$a に対して getsouhosa($a)という配列は $a の相補鎖と呼ばれていて、$a, getsouhosa($a) はくっついて 二本鎖を形成します。
sub getsouhosa{
my $s = shift;
$s =~ tr/ATGC/TACG/;
return join("",reverse(split(//, $s)));
}
SBH法はわりとまだ理論段階の話なので「誤差」のレベルに関して
はまだ未知数だと思います。またまたPerlで書きますが、 誤差がないSBH法の結果は
$moto="ATCCTTCGCGGGCCATGCCG"; # 元の配列の例
$k = 10; # 定数(今回は10)
for($i=0;$i+$k $p=s

Re:勉強会とかないかな

[poo (10689)]

SBHの誤差って(バルジ構造による)insertionとdeletionと
subsutitutionでいいんですかね。
  insertionとdeletionがなければ、結構簡単そうなんだけど。
　DNAのハイブリダイスのエネルギーを求める式があれば
insertionとdeletionとsubsutitutionが起こる比率が求められそう
どっかに転がってないですかね。

Re:勉強会とかないかな

[Anonymous Coward]

insertion/deletion/substitutionの比率は実験条件に よって全然変わってしまだろうし、substitutionだけで いいんじゃないかなぁ？