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STAP細胞の非実在について#2」記事へのコメント

  • 私が勘違いしているのかもしれませんが、DNA-Chipではなく、RNA seqのデータですよね。STAP細胞と比較しているCD45+細胞が、STAPの由来となった細胞とは違うということをおっしゃりたいのだと思います。ただ、一般的なCD45+細胞とmRNA発現パターンを比較しているとすれば、決定的な問題というわけでもなさそうです。もちろん、理想的には由来となったCD45+細胞をコントロールにするのが筋ではあります。TCRに関しては、元論文でも、TCRのrearrangementがSTAP細胞塊のうち、どの程度の頻度で起こっているのか分かりませんので、このRNA-Seqのデータのみ

    • by Anonymous Coward

      だから、ゲノムだとしても、STAP細胞というものが、TCR rearrangementが起きてない細胞も含まれる雑多な集団だ、という逃げ道を著者らは言っていることを、コメント者は指摘しているのでしょ。
      でも雑多な細胞集団だとする場合、本当に多能性を持った所謂STAP細胞がT cell由来だという証拠がないことになるという自己矛盾を筆者らは抱えていると思うけども。

      • rearrangeしたT-cell 10%
        それ以外 90%
        で、酸処理でもこの比率がかわらないとしたら、rearrangeで抜け落ちる
        ゲノムの領域にあたるNGSのshort readの数(か、k-merかなにか?)は
        rearrangeが本当に起こったT-cellが含まれる場合

        rearrangeががあったT-cellが全く含まれなかった場合
        の比率は90:100になり、統計的にはっきり示せるかどうかですね。
        著者がゴネそうですね。

        いや、あそうか、rearrageした境界に出現するような特別な配列を探せばよいのか。それならば、鋭敏にrearrangeを検出できるかも。

        おっしゃるように著者側も最も肝心な証拠のひとつが提出できていない、ということになりますが。

        親コメント

あつくて寝られない時はhackしろ! 386BSD(98)はそうやってつくられましたよ? -- あるハッカー

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