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私が勘違いしているのかもしれませんが、DNA-Chipではなく、RNA seqのデータですよね。STAP細胞と比較しているCD45+細胞が、STAPの由来となった細胞とは違うということをおっしゃりたいのだと思います。ただ、一般的なCD45+細胞とmRNA発現パターンを比較しているとすれば、決定的な問題というわけでもなさそうです。もちろん、理想的には由来となったCD45+細胞をコントロールにするのが筋ではあります。TCRに関しては、元論文でも、TCRのrearrangementがSTAP細胞塊のうち、どの程度の頻度で起こっているのか分かりませんので、このRNA-Seqのデータのみ
だから、ゲノムだとしても、STAP細胞というものが、TCR rearrangementが起きてない細胞も含まれる雑多な集団だ、という逃げ道を著者らは言っていることを、コメント者は指摘しているのでしょ。でも雑多な細胞集団だとする場合、本当に多能性を持った所謂STAP細胞がT cell由来だという証拠がないことになるという自己矛盾を筆者らは抱えていると思うけども。
rearrangeしたT-cell 10%それ以外 90%で、酸処理でもこの比率がかわらないとしたら、rearrangeで抜け落ちるゲノムの領域にあたるNGSのshort readの数(か、k-merかなにか?)はrearrangeが本当に起こったT-cellが含まれる場合とrearrangeががあったT-cellが全く含まれなかった場合の比率は90:100になり、統計的にはっきり示せるかどうかですね。著者がゴネそうですね。
いや、あそうか、rearrageした境界に出現するような特別な配列を探せばよいのか。それならば、鋭敏にrearrangeを検出できるかも。
おっしゃるように著者側も最も肝心な証拠のひとつが提出できていない、ということになりますが。
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皆さんもソースを読むときに、行と行の間を読むような気持ちで見てほしい -- あるハッカー
決定的な問題との結論は早急か? (スコア:1)
私が勘違いしているのかもしれませんが、DNA-Chipではなく、RNA seqのデータですよね。STAP細胞と比較しているCD45+細胞が、STAPの由来となった細胞とは違うということをおっしゃりたいのだと思います。ただ、一般的なCD45+細胞とmRNA発現パターンを比較しているとすれば、決定的な問題というわけでもなさそうです。もちろん、理想的には由来となったCD45+細胞をコントロールにするのが筋ではあります。TCRに関しては、元論文でも、TCRのrearrangementがSTAP細胞塊のうち、どの程度の頻度で起こっているのか分かりませんので、このRNA-Seqのデータのみ
Re: (スコア:0)
だから、ゲノムだとしても、STAP細胞というものが、TCR rearrangementが起きてない細胞も含まれる雑多な集団だ、という逃げ道を著者らは言っていることを、コメント者は指摘しているのでしょ。
でも雑多な細胞集団だとする場合、本当に多能性を持った所謂STAP細胞がT cell由来だという証拠がないことになるという自己矛盾を筆者らは抱えていると思うけども。
Re:決定的な問題との結論は早急か? (スコア:3, 参考になる)
rearrangeしたT-cell 10%
それ以外 90%
で、酸処理でもこの比率がかわらないとしたら、rearrangeで抜け落ちる
ゲノムの領域にあたるNGSのshort readの数(か、k-merかなにか?)は
rearrangeが本当に起こったT-cellが含まれる場合
と
rearrangeががあったT-cellが全く含まれなかった場合
の比率は90:100になり、統計的にはっきり示せるかどうかですね。
著者がゴネそうですね。
いや、あそうか、rearrageした境界に出現するような特別な配列を探せばよいのか。それならば、鋭敏にrearrangeを検出できるかも。
おっしゃるように著者側も最も肝心な証拠のひとつが提出できていない、ということになりますが。