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今となってはあまり意味がないかもですが、STAP細胞の元がCD45+脾臓由来細胞（多くがB細胞）なので、KahoさんのデータをいじくるとB細胞受容体（BCR）の再構成のデータも得られるのではないかと思っていじってみました（素人なもので勝手にいじってもよいのかですが、すみません）。
BCRの構成要素のひとつであるIgHの遺伝子座の情報はNCBIのサイト（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/111507）によると、Chr12:112,910K-116,350K bpにあるので、その情報をKahoさんの提示されているUCSCのサイトにいれると次のように出てきます。
BCR（IgH)http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367880223#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
これからすると、CD45+細胞とES細胞の比較でこの部分には広範囲な抜けがあることがわかりますが、一方STAP細胞もしくはSTAP幹細胞とES細胞の比較ではこの部分に抜けがなく、B細胞再構成も認められない細胞の可能性が示唆されます。（またT細胞のときにポジコンになったDPT細胞とFL細胞比較でも今回はネガコンとして働くはずでこの部分には抜けがありません）。
ただ一つ気になるのは、見ている範囲をたとえばこの１２番染色体全体にするとわかるのですが、CD45陽性細胞とES細胞の比較ではこれ以外にもいくつか広範囲な抜けが見つかるのです（おそらくB6と129/B6といったストレインの違いによるのではないでしょうか？）。（12番染色体全体）http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367880223#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
のような感じです。kahoさんが以前に指摘されていたTCR再構成のある染色体たとえば14番でもそうで、見ている範囲を14番染色体全体にすると以下のようにTCR以外の遺伝子座の部分にも抜けが見つかります。
（14番染色体全体）http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367879847#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
このことは、CD45+/ESCの比較のような差が、STAP/ESCとの比較で見られないからといって、TCR再構成がないとクリアにいいきれないということを意味するのではないかと思いますが、いかがでしょうか？
もう一つ気になる点はこれら１２番、14番染色体のリード数のパターンをみていると、CD45＋とES細胞及びSTAP幹細胞はかなり離れたものの気がしますが、STAP細胞はCD45＋細胞とES細胞の中間のような存在ではないかとおもいます。これはES細胞＝STAP細胞＝STAP幹細胞と分析されたCNVのデーターとは相関しない気がします。これはDepthが低いため信頼性がないということでしょうか？
自己レスです。サイト引用間違えました。すみません。以下が正式です。BCR(IｇH) http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367882651#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
Chr12全体 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367880223#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
Chr14全体 http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgs [ucsc.edu]
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「科学者は100%安全だと保証できないものは動かしてはならない」、科学者「えっ」、プログラマ「えっ」
STAP細胞 BCR再構成＆CNVデータとの相関性についての疑問 (スコア:0)
今となってはあまり意味がないかもですが、STAP細胞の元がCD45+脾臓由来細胞（多くがB細胞）なので、KahoさんのデータをいじくるとB細胞受容体（BCR）の再構成のデータも得られるのではないかと思っていじってみました（素人なもので勝手にいじってもよいのかですが、すみません）。
BCRの構成要素のひとつであるIgHの遺伝子座の情報はNCBIのサイト（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/111507）によると、Chr12:112,910K-116,350K bpにあるので、その情報をKahoさんの提示されているUCSCのサイトにいれると次のように出てきます。
BCR（IgH)
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367880223#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
これからすると、CD45+細胞とES細胞の比較でこの部分には広範囲な抜けがあることがわかりますが、一方STAP細胞もしくはSTAP幹細胞とES細胞の比較ではこの部分に抜けがなく、B細胞再構成も認められない細胞の可能性が示唆されます。（またT細胞のときにポジコンになったDPT細胞とFL細胞比較でも今回はネガコンとして働くはずでこの部分には抜けがありません）。
ただ一つ気になるのは、見ている範囲をたとえばこの１２番染色体全体にするとわかるのですが、CD45陽性細胞とES細胞の比較ではこれ以外にもいくつか広範囲な抜けが見つかるのです（おそらくB6と129/B6といったストレインの違いによるのではないでしょうか？）。
（12番染色体全体）
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367880223#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
のような感じです。kahoさんが以前に指摘されていたTCR再構成のある染色体たとえば14番でもそうで、見ている範囲を14番染色体全体にすると以下のようにTCR以外の遺伝子座の部分にも抜けが見つかります。
（14番染色体全体）
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367879847#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
このことは、CD45+/ESCの比較のような差が、STAP/ESCとの比較で見られないからといって、TCR再構成がないとクリアにいいきれないということを意味するのではないかと思いますが、いかがでしょうか？
もう一つ気になる点はこれら１２番、14番染色体のリード数のパターンをみていると、CD45＋とES細胞及びSTAP幹細胞はかなり離れたものの気がしますが、STAP細胞はCD45＋細胞とES細胞の中間のような存在ではないかとおもいます。これはES細胞＝STAP細胞＝STAP幹細胞と分析されたCNVのデーターとは相関しない気がします。これはDepthが低いため信頼性がないということでしょうか？
Re: (スコア:0)
自己レスです。サイト引用間違えました。すみません。以下が正式です。
BCR(IｇH)
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367882651#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
Chr12全体
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367880223#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]
Chr14全体
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgs [ucsc.edu]