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目玉の数さえ十分あれば、どんなバグも深刻ではない -- Eric Raymond
専用コンピュータ (スコア:3, 興味深い)
スパコンも含む、汎用コンピュータよりスピードが出るのは当然だと思います。
何フロップスといった尺度で単純に比較するのは既に意味がないということでしょう。
Re:専用コンピュータ (スコア:2, 参考になる)
ベンチマークだけはやたらと早い(が、実際に使ってみると今一つ…)というならともかく、
今回は実際にターゲットとなる用途があって、その領域ではこれだけの演算能力があると
いうことなのですから。
計算能力の尺度がないと、どのくらいでシミュレーションが完了するのかの見積もできないし。
生体分子屋から見ると (スコア:5, 参考になる)
その辺はかなり微妙な問題を含んでいると認識しているのですが……。条件によってはFLOPS!=実演算速度なんですよこれ。
GRAPEの基本アルゴリズムは力場の計算にO(N^2)のアルゴリズムを使用しています。
天体計算の場合には同じアーキテクチャでもO(N log N)やO(N)のアルゴリズムを利用でき、GRAPEのトップ性能をほぼ引き出して計算を行うことが可能です。というわけで天体計算には、このFLOPS数はほぼそのまま計算速度と取って良い。
それに対して、生体分子の場合には若干事
Re:生体分子屋から見ると (スコア:1, 参考になる)
O(N log N)だとGRAPE以外の処理との比がO(log N)に減ってしまうのでO(N^2)の方がGRAPEの効果が大きいはず。
生体分子のシミュレーションで周期境界を使うのに計算速度以外の理由があるのでしょうか。結晶のようにターゲット自体に周期境界にする必然性がないなら、MDGRAPEで加速された孤立系計算でもよいのでは。