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製薬・医療系のシミュレーション利用(たとえばDFT計算)って実際結構あるそうですが、業界の都合あまりマテリアルサイエンス系の学会には情報は降りてこないので、本当のところの現場での利用方法は結構（シミュレーション界隈の）関係者でも不明な事が多いです。無論、まれに製薬系系業界の人が話すときもありますけど。学術的な意味では結構クローズドに感じることが多いです。（業界違いなだけかもしれないが）
で、彼らが、ごついスパコンを利用するようになって何が変わるか？というのは・・・なんだろ？当然、
1) 計算規模(モデルとして現実に近くなる)2) 近似の範囲(電子相関とかの近似の範囲をより現実に）
ってのがあると思いますが(2)はきりがないと言いますが、学術的な色彩の方が強いので、現場では(1)かと。で、問題は、ペタコンで何処までリソースを使わせてもらえるかにもよりますが、実際の並列化を考えると、既存のコードを超並列にぶち込んでもたいていは効率も悪くあまり意味もないです。並列の規模が大きくなると全くの別物。特にペタコンのような超並列系はかなりコードに依存する。大規模ならば大規模なりのコードが必要です。
ですが、その手のコードは公開されていても結構その筋の人がコードをいじりながらでないとまともに動かないことも多いですし、意外に一筋縄ではいきません。当然、製薬会社系がその手のコードを開発するわけはあり得なくて、どこかと共同研究になる。製薬会社的には、新薬開発でどこぞの大学と共同研究（しかも発表できない）って・・・なんか、敷居が高そうです。
で、もしくは、既存のコード(商用のコードとか)をつかって今までと似たような計算をする。つまりペタコンの莫大なノード・CPUを細切れにして、そこそこのリソースの計算機がたくさんあるという使い方です。これならば今までの方法論とコードのままで純粋に計算リソースが増えた状態になる。今までより時間が短縮できるというのは何か新しいと言うよりは、こっちの臭いを感じなくもない。
実際安いスパコンを数そろえた方が良いって議論もペタコン仕分けの時には結構あったと思うが、安いスパコンの数打ち作戦の方が有効な計算を・・・わざわざペタコンやるというのには、意味があるようなないような。
「その計算にペタコンを使う意味はあるのか？、今のスパコンで十分に出来る仕事だ」とか怒られそうです。計算時間短縮というよりは「ペタコンでないと出来ない」ことを求められることが多いので。製薬会社が使うとなると宣伝効果があるので、まぁ、その手のしばりは関係ないんだろうが。
いやまぁ、なんかもっと考えているのかもしれませんが。広告塔って印象がぬぐえないです。
いやぁ、何というか、実際のところ、本当に
> 「ペタコンでないと出来ない」
計算をしようとしている人がどの程度いるのか、っていう疑問もありますよ。ちなみに、この記事における計算は FMO を使ったタンパク質+基質の全原子の HF/DFT 計算というそれなりに規模がでかくて、(この手の計算の中では)並列効率をあげやすい部類に入るモノじゃないかなぁ。個々の計算はまぁそこまで大規模じゃないかも。個々の化合物は独立に計算できるはずなので、1 日に 100 化合物できるなら、別に京じゃなきゃ、ってわけでもないかな。まぁ、使えるだけ使って可能な限り速く結果を出したい、と考えたときには現時点での最善解は京になるかもしれない。
コードについては、審査の段階である程度の効率が見込めないと蹴落とされる、というウワサが聞こえてくるので、
> その筋の人がコードをいじりながら
やってると思います。既存のコードを使う場合でも、それを誰かが京用に直してないと使わせてもらえないと思う…?
あと、薬屋さんは商売やってるんだし、彼らが開発にかけるカネは異常なモノがあるので(当たった時のリターンもすごいが)、クローズドになるのはしょうがないと思う。ていうかオープンにしてたら逆に心配になる。
製薬会社が非臨床試験を開始して、上市に至る割合は、およそ13%です。これをほんの0.13%増加できれば、期待される売上が1割増加します。製薬業界は人件費などに比べて製造原価がめちゃくちゃ低いのが特徴です。製薬業界の研究開発比/売上比率は12%です。上市できた新薬がたかだか1割増えただけで十分時間が立つとこの比率が半減します。
数値計算で勝率がほんの0.13%上昇するなら、会社全体の人件費の3割くらい余計に計算機屋に投資してもよいのです。
13%の一割は、1.3%なんだが。スパコン以前の問題だな。
うーん，どっちが正しいかわからないけど，上市に至る割合と売上上昇率は別と考えることも可能だよね．(勝敗が絡むので)'つーことで，親コメントの回答期待．勿論，親コメントの計算ミスというのもありますが．
君には日本語はちょーっと難しかったか
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Stableって古いって意味だっけ？ -- Debian初級
医療系 (スコア:2, 興味深い)
製薬・医療系のシミュレーション利用(たとえばDFT計算)って実際結構あるそうですが、業界の都合あまりマテリアルサイエンス系の学会には情報は降りてこないので、本当のところの現場での利用方法は結構（シミュレーション界隈の）関係者でも不明な事が多いです。無論、まれに製薬系系業界の人が話すときもありますけど。学術的な意味では結構クローズドに感じることが多いです。（業界違いなだけかもしれないが）
で、彼らが、ごついスパコンを利用するようになって何が変わるか？
というのは・・・なんだろ？当然、
1) 計算規模(モデルとして現実に近くなる)
2) 近似の範囲(電子相関とかの近似の範囲をより現実に）
ってのがあると思いますが(2)はきりがないと言いますが、学術的な色彩の方が強いので、現場では(1)かと。で、問題は、ペタコンで何処までリソースを使わせてもらえるかにもよりますが、実際の並列化を考えると、既存のコードを超並列にぶち込んでもたいていは効率も悪くあまり意味もないです。並列の規模が大きくなると全くの別物。特にペタコンのような超並列系はかなりコードに依存する。大規模ならば大規模なりのコードが必要です。
ですが、その手のコードは公開されていても結構その筋の人がコードをいじりながらでないとまともに動かないことも多いですし、意外に一筋縄ではいきません。当然、製薬会社系がその手のコードを開発するわけはあり得なくて、どこかと共同研究になる。製薬会社的には、新薬開発でどこぞの大学と共同研究（しかも発表できない）って・・・なんか、敷居が高そうです。
で、もしくは、既存のコード(商用のコードとか)をつかって今までと似たような計算をする。つまりペタコンの莫大なノード・CPUを細切れにして、そこそこのリソースの計算機がたくさんあるという使い方です。これならば今までの方法論とコードのままで純粋に計算リソースが増えた状態になる。今までより時間が短縮できるというのは何か新しいと言うよりは、こっちの臭いを感じなくもない。
実際安いスパコンを数そろえた方が良いって議論もペタコン仕分けの時には結構あったと思うが、安いスパコンの数打ち作戦の方が有効な計算を・・・わざわざペタコンやるというのには、意味があるようなないような。
「その計算にペタコンを使う意味はあるのか？、今のスパコンで十分に出来る仕事だ」とか怒られそうです。計算時間短縮というよりは「ペタコンでないと出来ない」ことを求められることが多いので。製薬会社が使うとなると宣伝効果があるので、まぁ、その手のしばりは関係ないんだろうが。
いやまぁ、なんかもっと考えているのかもしれませんが。
広告塔って印象がぬぐえないです。
Re:医療系 (スコア:2)
いやぁ、何というか、実際のところ、本当に
> 「ペタコンでないと出来ない」
計算をしようとしている人がどの程度いるのか、っていう疑問もありますよ。ちなみに、この記事における計算は FMO を使ったタンパク質+基質の全原子の HF/DFT 計算というそれなりに規模がでかくて、(この手の計算の中では)並列効率をあげやすい部類に入るモノじゃないかなぁ。個々の計算はまぁそこまで大規模じゃないかも。個々の化合物は独立に計算できるはずなので、1 日に 100 化合物できるなら、別に京じゃなきゃ、ってわけでもないかな。まぁ、使えるだけ使って可能な限り速く結果を出したい、と考えたときには現時点での最善解は京になるかもしれない。
コードについては、審査の段階である程度の効率が見込めないと蹴落とされる、というウワサが聞こえてくるので、
> その筋の人がコードをいじりながら
やってると思います。既存のコードを使う場合でも、それを誰かが京用に直してないと使わせてもらえないと思う…?
あと、薬屋さんは商売やってるんだし、彼らが開発にかけるカネは異常なモノがあるので(当たった時のリターンもすごいが)、クローズドになるのはしょうがないと思う。ていうかオープンにしてたら逆に心配になる。
Re:医療系 (スコア:1)
製薬会社が非臨床試験を開始して、上市に至る割合は、およそ13%です。これをほんの0.13%増加できれば、期待される売上が1割増加します。製薬業界は人件費などに比べて製造原価がめちゃくちゃ低いのが特徴です。製薬業界の研究開発比/売上比率は12%です。上市できた新薬がたかだか1割増えただけで十分時間が立つとこの比率が半減します。
数値計算で勝率がほんの0.13%上昇するなら、会社全体の人件費の3割くらい余計に計算機屋に投資してもよいのです。
Re: (スコア:0)
13%の一割は、1.3%なんだが。
スパコン以前の問題だな。
Re: (スコア:0)
うーん，どっちが正しいかわからないけど，上市に至る割合と売上上昇率は別と考えることも可能だよね．(勝敗が絡むので)
'つーことで，親コメントの回答期待．
勿論，親コメントの計算ミスというのもありますが．
Re: (スコア:0)
君には日本語はちょーっと難しかったか