「PS3/Linuxでスーパーコンピュータをリプレース」記事へのコメント

単精度じゃ・・・

[YOUsuke (6796)]

ねぇ・・・
どうなんでしょうねぇ・・・

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妖精哲学の三信
「だらしねぇ」という戒めの心、「歪みねぇ」という賛美の心、「仕方ない」という許容の心

Re:単精度じゃ・・・

[Anonymous Coward]

単精度なりにがんばる方法がいくつか提案されてます。 http://www.netlib.org/utk/people/JackDongarra/papers.htm [netlib.org] でMixed Precisionをキーワードに探してみてください。Cellそのものをターゲットとしたものもあります。

あと最初のGRAPEは単精度どころか8ビット精度 [nao.ac.jp]でした。結局この辺を割り切って使うかもプログラマの腕の見せ所なんじゃないでしょうか。既存のアルゴリズムやライブラリにおんぶに抱っこなユーザーにはどだい無理な話でしょうけど。日本のHPC向けハードウェアはアメリカと肩を並べる技術力を持つのに対し、応用分野が極端に弱い原因はもしかしたらここらへんにあるのかもしれません。

Re:単精度じゃ・・・

[Anonymous Coward]

> 既存のアルゴリズムやライブラリにおんぶに抱っこなユーザーにはどだい無理な話でしょうけど。

普通の研究者にとっては、数値計算は目的ではなく手段ですから。

解が得られるなら手段はなんだっていいわけで、スケーラビリティもたかが知れてて将来性も怪しい専用ハードウェア向けにちまちまコードを書いて誤差評価に悩むより、書類を書いてスパコンを動かすお金を取ってくる方がずっと楽で、おまけに実績にもなる。

Re:単精度じゃ・・・

[Anonymous Coward]

有用な解までたどり着くのに現在のコンピュータでは圧倒的に性能が足りない分野もあるのです。

PS3でも動くFolding@Homeでやってるようなたんぱく質畳み込みは高々数十残基のものを対象にしていますが、さらに大きい100残基以上の巨大なたんぱく質を分子動力学でシミュレーションしたところで現在のシステムではマイクロ秒が精々です。本当に生体を理解し創薬などの応用に生かすためには最低ミリ秒、できれば秒レベルのシミュレーションが必要であり、ハードウェア・ソフトウェア両面のブレイクスルーが不可欠です。

バイオインフォマティクスでは自分の必要としている計算を実現するために生化学と計算機分野共に深い知識を持たないと仕事になりません。計算機ベンダーから降ってくる数値計算ライブラリやパッケージをただ口をあけて待っているような人間はスタートラインにすら立てません。

Re:単精度じゃ・・・

[nim (10479)]

＞書類を書いてスパコンを動かすお金を取ってくる方がずっと楽で、おまけに実績にもなる。

「お金を取ってくるのが楽ではない分野」でスパコンの演算能力を気軽に使えるとしたら、
いろいろと広がってくるものもありそうです。
なにしろ、一台4万円ですから、100台買っても400万です。

Re:単精度じゃ・・・

[Anonymous Coward]

その辺がトータルでの弱さになってるのかも。

研究なんて試行錯誤のスパイラルを何回も、何千回もやって研ぎあげていく
活動な訳ですけど、そこで既製品に縛られずにレイヤの壁を自在に通り抜けて
改善できるかできないかは実験科学者以外にも重要な補助的能力な気がする。
もちろん本筋は研究対象そのものに関する思考能力ですけど、それだけだと。

Re:単精度じゃ・・・

[Anonymous Coward]

そんなこと言っても時間は有限ですし、競争相手は待ってくれないですしね。
人に期待しないで、必要だと思う人が自分でやればいいんだと思いますよ。

Re:単精度じゃ・・・

[Anonymous Coward]

と、必要でもない人が横から冷や水ぶっかけてく訳ですね。

Re:単精度じゃ・・・

[Anonymous Coward]

> > そんなこと言っても時間は有限ですし、競争相手は待ってくれないですしね。
> > 人に期待しないで、必要だと思う人が自分でやればいいんだと思いますよ。

> と、必要でもない人が横から冷や水ぶっかけてく訳ですね。

まあこんな程度を冷や水と感じるなら、元から必要としてない人なんでしょう。

200近くコメントがついたのに、誰かに期待する人はいても、誰一人実際に試してみたとか
試してみようとか言わないあたりに必要性の実態が表れているのでは。

Re:単精度じゃ・・・

[Anonymous Coward]

だって、一般人に科学計算を必要とする人はまずいないですから。
Webとメールだけで十分でしょ。