(iii) We have established multiple STAP stem cell lines from STAP cells derived from CD45+ haematopoietic cells. Of eight clones examined, none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process. This may be relevant to the fact that STAP cell conversion was less efficient when non-neonatal cells were used as somatic cells of origin in the current protocol.
(iii) We have established multiple STAP stem cell lines from STAP cells derived from CD45+ haematopoietic cells. Of eight clones examined, none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process. This may be relevant to the fact that STAP cell conversion was less efficient when non-neonatal cells were used as somatic cells of origin in the current protocol.
(iii) We have established multiple STAP stem cell lines from STAP cells derived from CD45+ haematopoietic cells. Of eight clones examined, none contained the rearranged TCR allele, suggesting the possibility of negative cell-type-dependent bias (including maturation of the cell of origin) for STAP cells to give rise to STAP stem cells in the conversion process. This may be relevant to the fact that STAP cell conversion was less efficient when non-neonatal cells were used as somatic cells of origin in the current protocol.
追記 (スコア:3, 興味深い)
プロトコル公開されました．
論文と矛盾する点が多いので，苦し紛れに見えます．
ゲノム再構成についてはこの部分でちゃんと述べています．
８つのサンプルのうちゲノム再構成がみられたものはなかった，だそうです．
これは私が提出した資料を見た可能性があります．そうだとすればこの数日のうちに書いたものでしょう．
だとすれば分化した細胞から作成されたという証拠はなくなるし，論文の図も誤っていることになります．数枚の図の訂正ではすまない「修正」が必要になるでしょうね．
次の日記で書こうと思っていましたが元々CD45はここで述べられているようにT細胞のマーカーではなく血球系の広い細胞のマーカーです．論文中でT細胞だと書いた部分は全て間違っており，ゲノム再構成についての記述も全て削除しなければならないでしょう．
最初はCD45+で細胞を選択した理由は単なる無知か，わざと（幹細胞を含む）雑多な細胞を混ぜるためだと思っていました．その中にSTAPとなりうる細胞が含まれているかもしれないからと．しかし恐らくそうではありません．他の研究者が理解しづらくするための煙幕だと，今は思っています．
kaho
ふむ (スコア:1)
他所がやると失敗すると聞いて、錬金術時代の、弟子がこっそり金を混ぜて師匠の実験「成功」を演出していたエピソードを思い出していたのですが、
そんなどころではなく、本当に金はないという事なのですね…
Re: (スコア:0)
ほかの多くの方も、CD45がＴ細胞マーカーの様に誤解されているようでした。
まったく、全体が詐欺のような論文ですね。
最初の記者会見でも、 Ｔ細胞に分化した細胞が酸で簡単にリプログラミングされてた。と、確かに言っていた、あるいは誤解させていました。
結局、 脾臓に紛れた幹細胞が選択されたことがあったかもしれないぐらいの、ジャンク論文ですね。（捏造がなかったとしても。）
Re: (スコア:0)
ちょっと違うと思う。
Re: (スコア:0)
「私が提出した資料」ってどこに出したどんなものですか？
中身を知りたいのでなく、唐突に出て来てるように見えるので。
#ネットに上げる資料をすべて作ってから上げた方がいいような・・・
#要は落ち着いて作業をしないとだれもが損する。
#まあお茶でも飲んで、落ち着いて （ ^-^）ｏ旦~~~~
Re:追記 (スコア:1)
文中およびコメントを読むに、理研の連中でしょう。
とコメントしつつ。
私でもわかるかなーと思って読んだけどダメだった。己の学のなさが残念。
Re: (スコア:0)
Kaho様。DNA配列情報からTCRの再構成を検出されるとは慧眼です。すごい技術だと思います。この英文を書いた方もCD45とT細胞を混同していると思います。なぜならCD45+のうちT細胞は10％もないでしょう。８個程度のクローンでは何も言えません。それでもわざわざTCRを調べてコメントしているのはT細胞から造ったSTAP由来のSTAP幹細胞（ややこしい）と思って解析しているだと思います。論文でもCD45+なのかT細胞がよくわからない箇所があります。もしKaho様の言われるようにSTAP細胞にもTCR再構成の痕跡がないのであればこれはやはりSTAPおよびSTAP幹細胞ともに組織幹細胞由来ということになるでしょう。その場合は論文の主旨である分化した細胞でもストレスで万能細胞になった、という主張は崩れます。それ以上のことは憶測になるので言えません。
Re:ご指摘どおり！ (スコア:0)
Kahoさま。詳細な解析、コメントすばらしいです！客観的にみて、kahoさんの言うとおりだと私は思います。しかも、やることなすことすべて、データ改ざんもこのプロトコールも糊塗しようとすればするほど、ご自分達の首を絞めているように思えます。当初は、むしろ被害者のように見えた共著者も、ここまで隠蔽に荷担するともう立派な共犯者ですね。学者としては一流（だった？）かもしれませんが、人間としては3流以下、サイエンスの「事実」を認めることの出来ない人達は科学者としても3流以下です。これだけ根本的なTCRのゲノム再構成問題のくだりは、広島大学の難波先生の指摘、kahoさんの指摘どちらを見ても、逃れようはありません。日本人科学者の恥です、本当に悲しい。
ふざけないでまじめに書いてください (スコア:0)
このページは誰でも閲覧できる世界共通の道具です。事実、このレスは日本国外の遥か遠方から書いています。あなたが本当にSTAP細胞がないと思っているならば、Natureにその意見を書かなければなりません。Natureは筆頭著者にあなたの原稿を送り、30日以内に小保方さんの回答を求めます。その両者が同じEditionに出版され、両方の意見が同時に世界の科学者に裁かれます。まじめな対応とはこういうことです。ネットサーフで第三者の意見をコピペをしないで、あなたの実名でNatureに投稿するのが科学の手法です。小保方論文の間違いを公論の下に指摘して正すこです。投稿方法はNatureのホームページにあり、投稿料は無料です。ホームページを見てください。私は分野の違う現場の科学者ですが、あなたの原稿をNatureでお待ちします。
kahoさん、論文をしっかり読んでいますか？ (スコア:0)
私は、以前、別のところ（#5だと思う）で「STAP = ES ?」の記載をした者です。
（CVN解析結果の矛盾を指摘した者です）
kahoさんを含め、多くの皆さんはTCR再構成の話について理解不十分だと思います。
（おそらく、著名な大学教授さん達の多くも。）
article論文内でTCR再構成の話が通用するのは、Fig.1i（例の電気泳動画像）とExtended Data Fig.1～3までです。
論文をしっかり読んでいただくとわかりますが、この部分だけはCD45+ & CD90+選抜した細胞（＝T-cell）を使っていますが、それ以外のほとんどはCD45+選抜しただけの細胞です。即ちT-cell以外も含まれています。だ
Re: (スコア:0)
プロトコル公開されました．
論文と矛盾する点が多いので，苦し紛れに見えます．
ゲノム再構成についてはこの部分でちゃんと述べています．
８つのサンプルのうちゲノム再構成がみられたものはなかった，だそうです．
これは私が提出した資料を見た可能性があります．そうだとすればこの数日のうちに書いたものでしょう．
だとすれば分化した細胞から作成されたという証拠はなくなるし，論文の図も誤っていることになります．数枚の図の訂正ではすまない「修正」が必要になるでしょうね．
次の日記で書こうと思っていましたが元々CD45はここで述べられているようにT細胞のマーカーではなく血球系の広い細胞のマーカーです．論文中でT細胞だと書いた部分は全て間違っており，ゲノム再構成についての記述も全て削除しなければならないでしょう．
最初はCD45+で細胞を選択した理由は単なる無知か，わざと（幹細胞を含む）雑多な細胞を混ぜるためだと思っていました．その中にSTAPとなりうる細胞が含まれているかもしれないからと．しかし恐らくそうではありません．他の研究者が理解しづらくするための煙幕だと，今は思っています．
プロトコル公開されました．
論文と矛盾する点が多いので，苦し紛れに見えます．
ゲノム再構成についてはこの部分でちゃんと述べています．
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